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- PDB-3wlx: Crystal structure of low-specificity L-threonine aldolase from Es... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wlx
タイトルCrystal structure of low-specificity L-threonine aldolase from Escherichia coli
要素Low specificity L-threonine aldolase
キーワードLYASE / Threonine aldolase / Low specificity / Pyridoxal-5'-phosphate / stereoselectivity
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylserine aldolase activity / low-specificity L-threonine aldolase / L-allo-threonine aldolase activity / threonine catabolic process / glycine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Low specificity L-threonine aldolase / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Low specificity L-threonine aldolase / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PLG / Low specificity L-threonine aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Qin, H.-M. / Imai, F.L. / Miyakawa, T. / Kataoka, M. / Okai, M. / Hou, F. / Ohtsuka, J. / Nagata, K. / Shimizu, S. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure analysis of L-threonine aldolase from Escherichia coli unravels the low-specificity and thermostability
著者: Qin, H.-M. / Imai, F.L. / Miyakawa, T. / Kataoka, M. / Okai, M. / Ohtsuka, J. / Hou, F. / Nagata, K. / Shimizu, S. / Tanokura, M.
履歴
登録2013年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Low specificity L-threonine aldolase
A: Low specificity L-threonine aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6904
ポリマ－73,0772
非ポリマー6122
水4,053225
1
B: Low specificity L-threonine aldolase
A: Low specificity L-threonine aldolase
ヘテロ分子

B: Low specificity L-threonine aldolase
A: Low specificity L-threonine aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,3808
ポリマ－146,1554
非ポリマー1,2254
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area14700 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area42860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.730, 100.340, 174.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11CHAIN A
21CHAIN B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PLG / End label comp-ID: PLG / Auth seq-ID: 1 - 401 / Label seq-ID: 1

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1CHAIN AAB - D
2CHAIN BBA - C

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要素

#1: タンパク質 Low specificity L-threonine aldolase / Low specificity L-TA


分子量: 36538.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0870, JW0854, ltaE, ybjU / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA(DE3)
参照: UniProt: P75823, low-specificity L-threonine aldolase
#2: 化合物 ChemComp-PLG / N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] / N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 306.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M calcium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 28% (v/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→20 Å / Num. obs: 23010 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 19.27 Å2 / Rsym value: 0.05
反射 シェル最高解像度: 2.51 Å / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.103 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→19.681 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8521 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.71 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2319 1181 5.13 %RANDOM
Rwork0.1829 ---
obs0.1855 23007 99.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.14 Å2 / Biso mean: 28.1 Å2 / Biso min: 9.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→19.681 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5038 0 40 225 5303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035166
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7247011
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4751873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026791
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003918
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2865X-RAY DIFFRACTION11.162TORSIONAL
12B2865X-RAY DIFFRACTION11.162TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5092-2.62320.27131470.19552615276297
2.6232-2.76110.23591460.190227002846100
2.7611-2.93360.28811470.194926892836100
2.9336-3.15930.25991470.203727372884100
3.1593-3.47560.23891510.189627102861100
3.4756-3.9750.22281470.166327482895100
3.975-4.99450.17861660.157427392905100
4.9945-19.68120.23681300.193228883018100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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