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万見
- PDB-3wjs: Crystal structure of GYE (old yellow enzyme) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wjs
タイトルCrystal structure of GYE (old yellow enzyme)
要素NADH oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE ACTIVATOR / G oxydans / old yellow protein / C=C oxydation
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Alkene reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconobacter oxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Yin, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of GYE (old yellow enzyme)
著者: Yuan, Y.A. / Yin, B.
履歴
登録2013年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7444
ポリマ－39,2871
非ポリマー4573
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: NADH oxidase
ヘテロ分子

A: NADH oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4888
ポリマ－78,5742
非ポリマー9146
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area3880 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area22160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.886, 138.886, 145.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 NADH oxidase


分子量: 39287.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア)
遺伝子: nox / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1E8I9
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 400, KCl, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.009 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 12332 / Num. obs: 12332 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 23.1 %
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→46.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 28.56 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.559 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24514 630 4.9 %RANDOM
Rwork0.17405 ---
obs0.17726 12332 99.89 %-
all-12332 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.038 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.44 Å21.44 Å2-0 Å2
2--1.44 Å2-0 Å2
3----4.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→46.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2404 0 18 0 2422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9771.9563358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92535437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1375314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.07723.545110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.38715387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9351520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02565
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.298→3.383 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 51 -
Rwork0.251 869 -
obs--99.46 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -43.719 Å / Origin y: 46.4215 Å / Origin z: -10.5741 Å
111213212223313233
T0.0332 Å2-0.044 Å20.0059 Å2-0.0687 Å2-0.006 Å2--0.0042 Å2
L0.3582 °20.2878 °20.0145 °2-0.5059 °2-0.0037 °2--0.5163 °2
S0.0094 Å °-0.0152 Å °0.0311 Å °0.0068 Å °-0.0117 Å °0.0211 Å °0.0174 Å °0.0211 Å °0.0023 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 315
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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