[日本語] English
万見
- PDB-3wiz: Crystal structure of Bcl-xL in complex with compound 10 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wiz
タイトルCrystal structure of Bcl-xL in complex with compound 10
要素Bcl-2-like protein 1
キーワードAPOPTOSIS / REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ovarian follicle development / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / endocytosis / RAS processing / male gonad development / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / nuclear membrane / in utero embryonic development / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LC6 / PHOSPHATE ION / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Sogabe, S. / Igaki, S. / Hayano, Y.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Discovery of potent Mcl-1/Bcl-xL dual inhibitors by using a hybridization strategy based on structural analysis of target proteins.
著者: Tanaka, Y. / Aikawa, K. / Nishida, G. / Homma, M. / Sogabe, S. / Igaki, S. / Hayano, Y. / Sameshima, T. / Miyahisa, I. / Kawamoto, T. / Tawada, M. / Imai, Y. / Inazuka, M. / Cho, N. / Imaeda, Y. / Ishikawa, T.
履歴
登録2013年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7336
ポリマ－40,7692
非ポリマー1,9644
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area15060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.661, 152.661, 152.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

PO4

21A-502-

PO4

31B-502-

PO4

41B-502-

PO4

51B-601-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 20384.369 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-44, 85-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07817
#2: 化合物 ChemComp-LC6 / 7-(4-{[(4-{[(2R)-4-(dimethylamino)-1-(phenylsulfanyl)butan-2-yl]amino}-3-nitrophenyl)sulfonyl]carbamoyl}-2-methylphenyl)-3-[3-(naphthalen-1-yloxy)propyl]pyrazolo[1,5-a]pyridine-2-carboxylic acid


分子量: 887.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H46N6O8S2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AMINO ACID NUMBERING BASED ON WILDTYPE HBCL-XL, GENEBANK ACCESSION CODE CAA80661

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Na-K phosphate pH 6.5, 0.72M sodium malonate, 0.84% MEGA-8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976486 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976486 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 21817 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 54.3 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.892 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YXJ

2yxj


解像度: 2.45→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 14.001 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23849 1112 5.1 %RANDOM
Rwork0.19562 ---
obs0.19774 20655 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.687 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2300 0 136 17 2453
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192502
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4551.9833396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0025278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.19824130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.14815380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0141516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.8297.5751124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.62912.711398
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.8488.8011378
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined20.48236.8223945
LS精密化 シェル解像度: 2.452→2.516 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 86 -
Rwork0.285 1487 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32480.00060.24270.259-0.26020.5731-0.04390.0383-0.0644-0.00360.0268-0.0002-0.05820.02020.01710.04150.00250.0070.0366-0.00510.053243.83247.8217-26.6658
20.19950.02660.2380.3583-0.20760.52970.041-0.00580.01440.0361-0.03790.06260.00180.0575-0.00310.0480.0040.00640.0465-0.00480.027445.97095.6551-11.4798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 196
2X-RAY DIFFRACTION1A501
3X-RAY DIFFRACTION2B3 - 196
4X-RAY DIFFRACTION2B501

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る