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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wir | ||||||
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タイトル | Crystal structure of kojibiose phosphorylase complexed with glucose | ||||||
![]() | Kojibiose phosphorylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / (alpha/alpha)6 barrel / Phosphorylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() kojibiose phosphorylase / kojibiose phosphorylase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Okada, S. / Yamamoto, T. / Watanabe, H. / Nishimoto, T. / Chaen, H. / Fukuda, S. / Wakagi, T. / Fushinobu, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and mutational analysis of substrate recognition in kojibiose phosphorylase 著者: Okada, S. / Yamamoto, T. / Watanabe, H. / Nishimoto, T. / Chaen, H. / Fukuda, S. / Wakagi, T. / Fushinobu, S. #1: ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2011 タイトル: Enzymatic properties of recombinant kojibiose phosphorylase from Caldicellulosiruptor saccharolyticus ATCC43494 著者: Yamamoto, T. / Nishio-Kosaka, M. / Izawa, S. / Aga, H. / Nishimoto, T. / Chaen, H. / Fukuda, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 634.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 522.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 508.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 546.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 117.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 168.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88685.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43494 / DSM 8903 / 遺伝子: Csac_0444 / プラスミド: pRSET0439-C-His / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-BGC / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.46 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 5mM D-glucose, 5mM sodium phosphate, 10%(v/v) 2-propanol, 10%(w/v) PEG3350, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月24日 |
放射 | モノクロメーター: Fixed exit double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 209616 / Num. obs: 203954 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 22589 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 96.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1H54 解像度: 2.05→46.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 5.21 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.756 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.26 Å
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拘束条件 |
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