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- PDB-3wi1: P453H/I471T mutant of PB2 middle domain from influenza virus A/Pu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wi1
タイトルP453H/I471T mutant of PB2 middle domain from influenza virus A/Puerto Rico/8/34(H1N1) with m7GTP
要素Polymerase basic protein 2
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza A virus / PB2 / middle domain / cap binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / vRNA Synthesis ...cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / vRNA Synthesis / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / vRNP Assembly / Viral Messenger RNA Synthesis / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / Viral mRNA Translation / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.931 Å
データ登録者Tsurumura, T. / Yoshida, T. / Tsuge, H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Conformational Polymorphism of m7GTP in Crystal Structure of the PB2 Middle Domain from Human Influenza A Virus
著者: Tsurumura, T. / Qiu, H. / Yoshida, T. / Tsumori, Y. / Hatakeyama, D. / Kuzuhara, T. / Tsuge, H.
履歴
登録2013年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1752
ポリマ－19,6361
非ポリマー5391
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.672, 107.672, 138.302
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 19635.779 Da / 分子数: 1 / 断片: middle domain of PB2, UNP residues 318-484 / 変異: P453H, I471T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03428
#2: 化合物 ChemComp-MGT / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7,8-ジヒドロ-7-メチルグアノシン5′-三りん酸


分子量: 539.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20N5O14P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.2M NaCl, 2.5% (v/v) ethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→19.28 Å / Num. all: 30542 / Num. obs: 30518 / % possible obs: 99.92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 34.26 Å2
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / % possible all: 99.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VQZ

2vqz


解像度: 1.931→18.891 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 1278 9.03 %
Rwork0.175 --
obs0.1784 22116 94.71 %
all-22120 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.99 Å2 / Biso mean: 41.2693 Å2 / Biso min: 18.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.931→18.891 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1289 0 33 233 1555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0761806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.918519
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006227
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9307-1.97890.30031420.27771461160397
1.9789-2.03240.29821440.23741477162198
2.0324-2.09210.26811550.21511450160598
2.0921-2.15950.21321510.20581449160097
2.1595-2.23660.22661500.18241446159697
2.2366-2.3260.23231450.18341451159696
2.326-2.43170.20251410.17071441158296
2.4317-2.55960.21371350.17771453158896
2.5596-2.71950.2511330.18661444157795
2.7195-2.92880.25231420.18481429157194
2.9288-3.22220.24081450.18161423156893
3.2222-3.68540.1961410.16211412155392
3.6854-4.63190.15581390.13891389152890
4.6319-18.89190.20961350.17761393152887
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.08640.7165-0.90415.80762.70517.6227-0.0132-0.2503-0.62680.4389-0.1728-0.2641.54240.21950.1740.4119-0.01950.03390.2910.07450.4057-36.703489.300623.4987
23.23190.9951-0.05945.67143.23279.4178-0.028-0.1315-0.41220.07-0.0043-0.41710.75670.06530.00740.1869-0.07460.04560.21420.05260.3154-36.459894.589923.619
33.303-0.4446-0.99656.08650.28919.0619-0.02220.1351-0.0465-0.1819-0.06050.01790.22460.25750.05810.1239-0.04420.01980.192-0.04620.2166-35.621398.353115.5821
42.02984.5084-7.3224.6952-3.6835.6920.3976-0.27720.56790.4115-0.33180.116-0.41260.1434-0.14390.22610.009-0.02290.238-0.01420.2287-47.0883102.625132.1873
52.62831.41760.19862.006-7.67867.48420.1045-0.13190.1997-0.00460.18930.5822-0.0397-0.4562-0.29060.1944-0.02490.00590.1873-0.05220.2866-43.0065102.314725.8294
64.68780.5485-3.16052.84691.72939.74130.4279-0.15470.4404-0.22770.1395-0.3744-0.91870.9521-0.55350.2732-0.0782-0.00470.25450.02070.2066-30.1062106.079111.1068
72.9815-0.834-1.21745.76460.75988.13160.07240.3582-0.0264-0.4223-0.1244-0.0555-0.260.11820.03410.1839-0.0371-0.02160.2853-0.02430.1851-32.3598104.4574.875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 322:345)A322 - 345
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 346:369)A346 - 369
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 370:413)A370 - 413
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 414:429)A414 - 429
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 430:440)A430 - 440
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 441:458)A441 - 458
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 459:483)A459 - 483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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