PDB-3whk: Crystal structure of PAN-Rpt5C chimera

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3whk

タイトル

Crystal structure of PAN-Rpt5C chimera

要素

Proteasome-activating nucleotidase, 26S protease regulatory subunit 6A

キーワード

HYDROLASE / Four-helix bundle / Proteasome ATPase subunit / ATP Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

proteasome-activating nucleotidase complex / proteasome regulatory particle assembly / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Satoh, T. / Saeki, Y. / Hiromoto, T. / Wang, Y.-H. / Uekusa, Y. / Yagi, H. / Yoshihara, H. / Yagi-Utsumi, M. / Mizushima, T. / Tanaka, K. / Kato, K.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural basis for proteasome formation controlled by an assembly chaperone nas2.
著者: Satoh, T. / Saeki, Y. / Hiromoto, T. / Wang, Y.H. / Uekusa, Y. / Yagi, H. / Yoshihara, H. / Yagi-Utsumi, M. / Mizushima, T. / Tanaka, K. / Kato, K.

履歴

登録	2013年8月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月16日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月8日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3whk.ent.gz	319.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3whk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3whk_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3whk_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	3whk_validation.xml.gz	70.4 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/3whk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/3whk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3whjC 3whlC 3h4mS 2dzn 3acp 3vld 3vle 3vlf C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4its-d 3tcx-3 1vhy-2 1dml-4 4bqn-2 4bqo-1 5doi-2 3tcx-13 3tcx-12 4lea-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#166 - 2013年10月
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
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グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
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登録構造単位

A: Proteasome-activating nucleotidase, 26S protease regulatory subunit 6A

B: Proteasome-activating nucleotidase, 26S protease regulatory subunit 6A

C: Proteasome-activating nucleotidase, 26S protease regulatory subunit 6A

D: Proteasome-activating nucleotidase, 26S protease regulatory subunit 6A

E: Proteasome-activating nucleotidase, 26S protease regulatory subunit 6A

F: Proteasome-activating nucleotidase, 26S protease regulatory subunit 6A

G: Proteasome-activating nucleotidase, 26S protease regulatory subunit 6A

H: Proteasome-activating nucleotidase, 26S protease regulatory subunit 6A

ヘテロ分子

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1

A: Proteasome-activating nucleotidase, 26S protease regulatory subunit 6A

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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.04, 85.76, 105.26
Angle α, β, γ (deg.)	90.04, 90.03, 89.89
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	A	A	168 - 424	4 - 260
2	1	ALA	ALA	B	B	168 - 424	4 - 260
1	2	LYS	LYS	A	A	168 - 428	4 - 264
2	2	LYS	LYS	C	C	168 - 428	4 - 264
1	3	LYS	LYS	A	A	168 - 426	4 - 262
2	3	LYS	LYS	D	D	168 - 426	4 - 262
1	4	SER	SER	A	A	168 - 429	4 - 265
2	4	SER	SER	E	E	168 - 429	4 - 265
1	5	ALA	ALA	A	A	168 - 424	4 - 260
2	5	ALA	ALA	F	F	168 - 424	4 - 260
1	6	LYS	LYS	A	A	168 - 428	4 - 264
2	6	LYS	LYS	G	G	168 - 428	4 - 264
1	7	LYS	LYS	A	A	168 - 426	4 - 262
2	7	LYS	LYS	H	H	168 - 426	4 - 262
1	8	ALA	ALA	B	B	168 - 424	4 - 260
2	8	ALA	ALA	C	C	168 - 424	4 - 260
1	9	ALA	ALA	B	B	168 - 424	4 - 260
2	9	ALA	ALA	D	D	168 - 424	4 - 260
1	10	ALA	ALA	B	B	168 - 424	4 - 260
2	10	ALA	ALA	E	E	168 - 424	4 - 260
1	11	ARG	ARG	B	B	168 - 425	4 - 261
2	11	ARG	ARG	F	F	168 - 425	4 - 261
1	12	ALA	ALA	B	B	168 - 424	4 - 260
2	12	ALA	ALA	G	G	168 - 424	4 - 260
1	13	ALA	ALA	B	B	168 - 424	4 - 260
2	13	ALA	ALA	H	H	168 - 424	4 - 260
1	14	SER	SER	C	C	168 - 427	4 - 263
2	14	SER	SER	D	D	168 - 427	4 - 263
1	15	LYS	LYS	C	C	168 - 428	4 - 264
2	15	LYS	LYS	E	E	168 - 428	4 - 264
1	16	ALA	ALA	C	C	168 - 424	4 - 260
2	16	ALA	ALA	F	F	168 - 424	4 - 260
1	17	LYS	LYS	C	C	168 - 428	4 - 264
2	17	LYS	LYS	G	G	168 - 428	4 - 264
1	18	SER	SER	C	C	168 - 427	4 - 263
2	18	SER	SER	H	H	168 - 427	4 - 263
1	19	SER	SER	D	D	168 - 427	4 - 263
2	19	SER	SER	E	E	168 - 427	4 - 263
1	20	ALA	ALA	D	D	168 - 424	4 - 260
2	20	ALA	ALA	F	F	168 - 424	4 - 260
1	21	SER	SER	D	D	168 - 427	4 - 263
2	21	SER	SER	G	G	168 - 427	4 - 263
1	22	SER	SER	D	D	168 - 427	4 - 263
2	22	SER	SER	H	H	168 - 427	4 - 263
1	23	ALA	ALA	E	E	168 - 424	4 - 260
2	23	ALA	ALA	F	F	168 - 424	4 - 260
1	24	LYS	LYS	E	E	168 - 428	4 - 264
2	24	LYS	LYS	G	G	168 - 428	4 - 264
1	25	LYS	LYS	E	E	168 - 426	4 - 262
2	25	LYS	LYS	H	H	168 - 426	4 - 262
1	26	ALA	ALA	F	F	168 - 424	4 - 260
2	26	ALA	ALA	G	G	168 - 424	4 - 260
1	27	ALA	ALA	F	F	168 - 424	4 - 260
2	27	ALA	ALA	H	H	168 - 424	4 - 260
1	28	SER	SER	G	G	168 - 427	4 - 263
2	28	SER	SER	H	H	168 - 427	4 - 263

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Proteasome-activating nucleotidase, 26S protease regulatory subunit 6A / PAN / Proteasomal ATPase / Proteasome regulatory ATPase / Proteasome regulatory particle / Tat- ...PAN / Proteasomal ATPase / Proteasome regulatory ATPase / Proteasome regulatory particle / Tat-binding protein homolog 1 / TBP-1 分子量: 30023.271 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fusion protein of residues 125-309 FROM Proteasome-activating nucleotidase (PAN, UNP Q8U4H3), linker (EF), and residues 356-434 from 26S protease regulatory subunit 6A (Rpt5, UNP P33297). 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: DSM 3638, S288c 遺伝子: pan, PF0115, O3258, RPT5, YOR117W, YOR3258W, YTA1 プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3) / 参照: UniProt: Q8U4H3, UniProt: P33297
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 8% PEG3350, 0.1M Bis-Tris (pH6.0), 0.1M magnesium formate, 3mM CHAPSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月18日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 76400 / Num. obs: 73505 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 44 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 3769 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3H4M

3h4m

解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 13.635 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.968 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.275	3681	5 %	RANDOM
R_work	0.242	-	-	-
all	0.243	69725	-	-
obs	0.243	69725	96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.513 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.03 Å²	-0.18 Å²	-0.76 Å²
2-	-	-0.55 Å²	-0.67 Å²
3-	-	-	-6.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15342	0	248	83	15673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	15846
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	15537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	2.003	21448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.075	3	35789
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.855	5	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.922	24.563	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.312	15	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.893	15	127
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	17571
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15720	0.04
1	2	B	15720	0.04
2	1	A	15842	0.04
2	2	C	15842	0.04
3	1	A	15749	0.05
3	2	D	15749	0.05
4	1	A	16102	0
4	2	E	16102	0
5	1	A	15709	0.04
5	2	F	15709	0.04
6	1	A	15886	0.04
6	2	G	15886	0.04
7	1	A	15899	0.04
7	2	H	15899	0.04
8	1	B	15571	0.04
8	2	C	15571	0.04
9	1	B	15588	0.04
9	2	D	15588	0.04
10	1	B	15665	0.03
10	2	E	15665	0.03
11	1	B	15968	0.01
11	2	F	15968	0.01
12	1	B	15612	0.03
12	2	G	15612	0.03
13	1	B	15745	0.03
13	2	H	15745	0.03
14	1	C	15745	0.05
14	2	D	15745	0.05
15	1	C	15785	0.04
15	2	E	15785	0.04
16	1	C	15560	0.04
16	2	F	15560	0.04
17	1	C	15949	0.03
17	2	G	15949	0.03
18	1	C	15851	0.03
18	2	H	15851	0.03
19	1	D	15716	0.05
19	2	E	15716	0.05
20	1	D	15581	0.04
20	2	F	15581	0.04
21	1	D	15732	0.04
21	2	G	15732	0.04
22	1	D	15844	0.04
22	2	H	15844	0.04
23	1	E	15654	0.04
23	2	F	15654	0.04
24	1	E	15830	0.03
24	2	G	15830	0.03
25	1	E	15842	0.04
25	2	H	15842	0.04
26	1	F	15603	0.03
26	2	G	15603	0.03
27	1	F	15736	0.03
27	2	H	15736	0.03
28	1	G	15808	0.03
28	2	H	15808	0.03

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	256	-
R_work	0.343	4977	-
obs	-	-	95.28 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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