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- PDB-3whe: A new conserved neutralizing epitope at the globular head of hema... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3whe
タイトルA new conserved neutralizing epitope at the globular head of hemagglutinin in H3N2 influenza viruses
要素
  • (immunoglobulin ...) x 2
  • Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Fujii, Y. / Sumida, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Conserved neutralizing epitope at globular head of hemagglutinin in H3N2 influenza viruses.
著者: Iba, Y. / Fujii, Y. / Ohshima, N. / Sumida, T. / Kubota-Koketsu, R. / Ikeda, M. / Wakiyama, M. / Shirouzu, M. / Okada, J. / Okuno, Y. / Kurosawa, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2013年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: reflns_shell / struct_conn
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22020年3月4日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _chem_comp.type
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
M: immunoglobulin heavy chain
O: immunoglobulin heavy chain
Q: immunoglobulin heavy chain
S: immunoglobulin heavy chain
U: immunoglobulin heavy chain
W: immunoglobulin heavy chain
Y: immunoglobulin heavy chain
1: immunoglobulin heavy chain
3: immunoglobulin heavy chain
5: immunoglobulin heavy chain
7: immunoglobulin heavy chain
9: immunoglobulin heavy chain
N: immunoglobulin light chain
P: immunoglobulin light chain
R: immunoglobulin light chain
T: immunoglobulin light chain
V: immunoglobulin light chain
X: immunoglobulin light chain
Z: immunoglobulin light chain
2: immunoglobulin light chain
4: immunoglobulin light chain
6: immunoglobulin light chain
8: immunoglobulin light chain
0: immunoglobulin light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,268,21096
ポリマ－1,228,16636
非ポリマー40,04460
水00
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
M: immunoglobulin heavy chain
O: immunoglobulin heavy chain
Q: immunoglobulin heavy chain
N: immunoglobulin light chain
P: immunoglobulin light chain
R: immunoglobulin light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,05324
ポリマ－307,0419
非ポリマー10,01115
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
S: immunoglobulin heavy chain
U: immunoglobulin heavy chain
W: immunoglobulin heavy chain
T: immunoglobulin light chain
V: immunoglobulin light chain
X: immunoglobulin light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,05324
ポリマ－307,0419
非ポリマー10,01115
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
Y: immunoglobulin heavy chain
1: immunoglobulin heavy chain
3: immunoglobulin heavy chain
Z: immunoglobulin light chain
2: immunoglobulin light chain
4: immunoglobulin light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,05324
ポリマ－307,0419
非ポリマー10,01115
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
5: immunoglobulin heavy chain
7: immunoglobulin heavy chain
9: immunoglobulin heavy chain
6: immunoglobulin light chain
8: immunoglobulin light chain
0: immunoglobulin light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,05324
ポリマ－307,0419
非ポリマー10,01115
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)391.037, 241.173, 223.214
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 55221.602 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP RESIDUES 25-517 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Aichi/2-1/1968 (H3N2) / 遺伝子: 126567434, HA / プラスミド: pBAC-3 / 細胞株 (発現宿主): SF+
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: T2HNI1

-
抗体 , 2種, 24分子 MOQSUWY13579NPRTVXZ24680

#2: 抗体
immunoglobulin heavy chain


分子量: 24187.277 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: protein selected by phage display / プラスミド: pCMVscript
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO-K1
#3: 抗体
immunoglobulin light chain


分子量: 22938.275 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: protein selected by phage display / プラスミド: pCMVscript
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO-K1

-
糖 , 4種, 60分子

#4: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG8000, KCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月22日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→30 Å / Num. obs: 142111 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.905 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Net I/σ(I): 6.35
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 2.1 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge F obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
4-4.250.2710.669131923989235282.43398.1
4.25-4.50.5411.267309218999186541.27698.2
4.5-50.7291.9910608027505270230.8398.2
5-5.50.8422.827115918425181240.57398.4
5.5-60.8773.354939312817126010.47998.3
6-70.9545.816138215944156790.27498.3
7-80.98610.1834473897488300.15198.4
8-100.99722.7333998892387630.06298.2
10-200.99936.6731022825580920.03498
20-300.99948.96296912318170.02566.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
CNS1.3精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HA0

1ha0


解像度: 4→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 17247948 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3084 7106 4.9 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.236 142111 98.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 146.958 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 381.87 Å2 / Biso mean: 205.8505 Å2 / Biso min: 87.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.8 Å0.8 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.25 Å1.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数85488 0 2664 0 88152
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.023
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it7.44315
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it11.61620
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it11.53620
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it16.93825
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)Rfactor Rfree error
4-4.140.39726860.3959129641365094.4
4.14-4.310.38367080.3969135121422098.3
4.31-4.50.40357090.3901134931420298.4
4.5-4.740.3697090.38134991420898.4
4.74-5.040.37697110.373135021421398.5
5.04-5.420.35737160.3534135371425398.6
5.42-5.960.34987130.3512135681428198.6
5.96-6.820.30527150.2975135801429598.6
6.82-8.560.27897180.2545136401435898.7
8.56-300.230972150.2237137101443198.50.012
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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