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- PDB-3whc: Crystal structure of a transcriptional regulator FadR from Bacill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3whc
タイトルCrystal structure of a transcriptional regulator FadR from Bacillus subtilis in complex with stearoyl-CoA
要素Fatty acid metabolism regulator protein
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional regulator / fatty acid degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid catabolic process / fatty acid metabolic process / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator YsiA, C-terminal / YsiA-like protein, C-terminal region / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...Transcription regulator YsiA, C-terminal / YsiA-like protein, C-terminal region / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
STEAROYL-COENZYME A / Fatty acid metabolism regulator protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fujihashi, M. / Nakatani, T. / Miki, K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structural characterization of a ligand-bound form of Bacillus subtilis FadR involved in the regulation of fatty acid degradation.
著者: Fujihashi, M. / Nakatani, T. / Hirooka, K. / Matsuoka, H. / Fujita, Y. / Miki, K.
履歴
登録2013年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid metabolism regulator protein
B: Fatty acid metabolism regulator protein
C: Fatty acid metabolism regulator protein
D: Fatty acid metabolism regulator protein
E: Fatty acid metabolism regulator protein
F: Fatty acid metabolism regulator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,24912
ポリマ－132,0456
非ポリマー6,2046
水2,072115
1
A: Fatty acid metabolism regulator protein
B: Fatty acid metabolism regulator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0834
ポリマ－44,0152
非ポリマー2,0682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
2
C: Fatty acid metabolism regulator protein
D: Fatty acid metabolism regulator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0834
ポリマ－44,0152
非ポリマー2,0682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area16090 Å2
手法PISA
3
E: Fatty acid metabolism regulator protein
F: Fatty acid metabolism regulator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0834
ポリマ－44,0152
非ポリマー2,0682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area16100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.305, 88.762, 199.952
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Fatty acid metabolism regulator protein


分子量: 22007.488 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: fadR, ysiA, BSU28550 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P94548
#2: 化合物
ChemComp-ST9 / STEAROYL-COENZYME A / ステアロイルCoA


分子量: 1033.996 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H70N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 25%(w/v) polyethyleneglycol 3350, 200mM lithium sulfate, 100mM Tris-Cl (pH 9) , VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50.04 Å / Num. obs: 61396 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.256 / % possible all: 86.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMACrefmac_5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WHB

3whb


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 15.51 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2711 3105 5.1 %RANDOM
Rwork0.2386 ---
obs0.2403 61322 94.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.34 Å2 / Biso mean: 35.8671 Å2 / Biso min: 12.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.43 Å20 Å2-0 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----3.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8774 0 402 115 9291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0199286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9632.01812535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.57651126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.5825.838382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.162151693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6321533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.21472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026527
LS精密化 シェル解像度: 2.198→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 193 -
Rwork0.298 3844 -
all-4037 -
obs--85.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.08420.74111.17962.4384-0.95468.10810.0970.0445-0.222-0.202-0.1178-0.04240.8786-0.08350.02090.2048-0.02350.0160.1264-0.040.1978-8.11583.8316-60.2119
21.35770.27060.18942.61450.27193.4016-0.11580.04530.21570.13780.033-0.2261-0.24540.12050.08270.04030.007-0.03710.12650.02180.237-3.021716.6518-41.7869
34.3773-0.53820.60142.24130.45993.7928-0.2758-0.18950.31020.22760.2094-0.1173-0.43250.0790.06640.09330.0343-0.02880.07120.01360.1632-2.153911.8642-30.1291
416.65986.49397.70988.86230.09594.9757-0.547-0.17620.1221-0.15870.2717-0.5973-0.3797-0.13490.27530.1952-0.08460.09930.2708-0.0820.30668.239913.683-42.6412
54.35060.0759-1.46588.03540.70263.76170.13950.043-0.22570.0820.0144-0.52350.16490.1506-0.15390.0266-0.0070.00230.09-0.00580.272915.9782-15.9206-44.1733
61.2591-1.0554-1.40092.05441.57784.6496-0.0871-0.2666-0.08370.32210.1618-0.23630.24510.1756-0.07460.06690.0154-0.03650.12410.0120.29829.5181-1.6855-26.9539
73.44820.5732-1.27842.8943-1.09984.9567-0.1307-0.14970.24230.25490.1291-0.2836-0.35360.04420.00160.06270.019-0.07890.0618-0.03950.26888.202410.4753-28.8499
82.0493-2.6644-1.97055.49830.29954.6372-0.3244-0.3815-0.04140.63080.48770.18680.06360.1251-0.16320.10320.05460.00940.34160.02930.2015-1.6159-2.3667-30.307
94.72781.2865-0.73463.0966-1.05879.64740.00590.16280.09730.1589-0.04190.0924-0.3599-0.16210.03590.02290.0178-0.01750.1810.00310.2143-26.5383-0.756-28.3331
101.37440.7633-0.09643.2334-2.15414.72650.0210.1481-0.2403-0.1745-0.0771-0.02830.6974-0.05710.05620.19490.0019-0.01280.1707-0.05640.2571-27.4214-13.7999-9.1921
112.0783-0.547-0.06753.1108-0.98264.62380.0375-0.0507-0.16310.1752-0.0935-0.01390.3780.11210.0560.07290.0341-0.01110.0976-0.01220.2043-24.5776-9.56282.0366
125.6709-3.666-0.33844.34714.35238.9888-0.0261-0.3815-0.49950.2248-0.01090.33730.7557-0.56070.0370.3178-0.0605-0.0450.2509-0.01860.2865-38.0295-10.4176-6.7911
134.70731.02941.74418.0142-1.14651.01730.03170.15890.1936-0.23790.03010.6143-0.016-0.0883-0.06180.18130.1193-0.03740.33180.03740.3646-43.475119.8228-5.4753
141.6056-1.0321.97482.6298-2.41383.4791-0.097-0.18170.10270.29260.13910.1289-0.4563-0.2188-0.04210.16150.01060.0140.1657-0.02020.2738-33.9374.54638.5955
153.67810.54581.0792.6076-0.25744.58020.0058-0.088-0.0940.19820.04970.11180.2279-0.2491-0.05550.1-0.01140.02740.1067-0.01480.2211-34.2401-7.586.3055
160.8937-1.9177-1.888.17710.89426.5212-0.0398-0.11140.05960.3416-0.0703-0.4937-0.39410.50480.11010.3492-0.0508-0.02920.1081-0.01090.2532-24.39184.33922.3578
173.3233-0.5424-0.3950.6341.10876.28730.27820.0671-0.3763-0.0826-0.18290.03110.53530.0299-0.09530.1973-0.0244-0.07520.2150.01150.27032.8591.03934.5309
180.90120.77590.00182.93540.42594.5055-0.0049-0.04950.1379-0.04090.15710.1197-0.2736-0.4222-0.15220.0623-0.0097-0.00290.25670.06660.2429-0.759613.029823.7979
193.0043-0.11280.09942.52710.63754.30280.0149-0.05780.07890.1350.09230.1728-0.0032-0.684-0.10720.0608-0.0648-0.02760.3030.10020.1963-4.55567.721434.1626
204.9105-0.81174.87774.87542.56938.36330.1324-0.10280.1440.41080.117-0.29920.0889-0.0852-0.24940.2293-0.03690.05080.1750.04350.21349.82210.566827.3554
216.80331.81621.144713.3438-0.06691.34050.12010.1383-0.0155-2.16070.2353-2.01880.17960.6868-0.35540.9792-0.14980.44670.4665-0.24480.803817.9077-19.030828.2757
223.1799-1.8635-1.32044.68291.99013.483-0.2898-0.0221-0.3738-0.12650.19270.00851.024-0.26040.09710.4549-0.15870.03090.14490.0350.24055.1852-5.454141.7126
234.89390.6591-1.08942.0315-0.87656.5087-0.1188-0.02190.0078-0.17110.20690.10070.2449-0.6489-0.08810.0337-0.0437-0.04280.09040.03050.17294.82446.594939.6192
242.866-5.69232.392111.826-4.21322.5906-0.17010.0555-0.17180.437-0.08530.69860.018-0.04390.25540.3334-0.13680.05230.43610.00040.3938-3.0973-6.151934.2219
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2A58 - 143
3X-RAY DIFFRACTION3A144 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4A201
5X-RAY DIFFRACTION5B6 - 57
6X-RAY DIFFRACTION6B58 - 143
7X-RAY DIFFRACTION7B144 - 193
8X-RAY DIFFRACTION8B201
9X-RAY DIFFRACTION9C5 - 57
10X-RAY DIFFRACTION10C58 - 143
11X-RAY DIFFRACTION11C144 - 194
12X-RAY DIFFRACTION12C201
13X-RAY DIFFRACTION13D6 - 57
14X-RAY DIFFRACTION14D58 - 143
15X-RAY DIFFRACTION15D144 - 193
16X-RAY DIFFRACTION16D201
17X-RAY DIFFRACTION17E4 - 57
18X-RAY DIFFRACTION18E58 - 143
19X-RAY DIFFRACTION19E144 - 193
20X-RAY DIFFRACTION20E201
21X-RAY DIFFRACTION21F7 - 57
22X-RAY DIFFRACTION22F58 - 143
23X-RAY DIFFRACTION23F144 - 192
24X-RAY DIFFRACTION24F201

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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