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- PDB-3web: Crystal structure of a Niemann-Pick type C2 protein from Japanese... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3web
タイトルCrystal structure of a Niemann-Pick type C2 protein from Japanese carpenter ant in complex with oleic acid
要素Niemann-Pick type C2 protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / immunoglobulin-like beta-sandwich fold / carrier protein / Oleic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol binding / sterol transport / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sterol transport protein NPC2-like / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / Niemann-Pick type C2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Camponotus japonicus (クロオオアリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Fujimoto, Z. / Tsuchiya, W. / Ishida, Y. / Yamazaki, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Niemann-Pick type C2 protein mediating chemical communication in the worker ant
著者: Ishida, Y. / Tsuchiya, W. / Fujii, T. / Fujimoto, Z. / Miyazawa, M. / Ishibashi, J. / Matsuyama, S. / Ishikawa, Y. / Yamazaki, T.
履歴
登録2013年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Niemann-Pick type C2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2102
ポリマ－14,9271
非ポリマー2821
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.849, 103.177, 39.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Niemann-Pick type C2 protein


分子量: 14927.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camponotus japonicus (クロオオアリ)
遺伝子: CjapNPC2 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W5JXD9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.2mM sodium chloride, 0.1M HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月16日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→31.268 Å / Num. obs: 16234 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 16.308 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique all: 1576 / Rsym value: 0.443 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3WEA

3wea


解像度: 1.7→31.268 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 2.48 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26662 814 5 %RANDOM
Rwork0.21616 ---
obs0.21863 15380 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----0.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.128 Å0.125 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1045 0 20 125 1190
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.021090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.142.0081465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5745131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.28725.85441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05315207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.997152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022784
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 67 -
Rwork0.257 1058 -
obs--94.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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