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- PDB-3we0: L-Amino acid oxidase/monooxygenase from Pseudomonas sp. AIU 813 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3we0
タイトルL-Amino acid oxidase/monooxygenase from Pseudomonas sp. AIU 813
要素L-amino acid oxidase/monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavin-containing monoamine oxidase family / Rossmann Fold / Oxidoreductase (oxidase and monooxygenase)
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine 2-monooxygenase activity / tryptophan 2-monooxygenase activity / tryptophan 2-monooxygenase / auxin biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 - #40 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 - #40 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Tryptophan 2-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Im, D.H. / Matsui, D. / Fukuta, Y. / Fushinobu, S. / Isobe, K. / Asano, Y.
引用
ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2014
タイトル: Mutational and crystallographic analysis of l-amino acid oxidase/monooxygenase from Pseudomonas sp. AIU 813: Interconversion between oxidase and monooxygenase activities
著者: Matsui, D. / Im, D.H. / Sugawara, A. / Fukuta, Y. / Fushinobu, S. / Isobe, K. / Asano, Y.
#1: ジャーナル: J. Biosci. Bioeng. / 年: 2012
タイトル: Purification and characterization of an L-amino acid oxidase from Pseudomonas sp. AIU 813
著者: Isobe, K. / Sugawara, A. / Domon, H. / Fukuta, Y. / Asano, Y.
履歴
登録2013年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-amino acid oxidase/monooxygenase
B: L-amino acid oxidase/monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,6054
ポリマ－129,0342
非ポリマー1,5712
水7,278404
1
A: L-amino acid oxidase/monooxygenase
B: L-amino acid oxidase/monooxygenase
ヘテロ分子

A: L-amino acid oxidase/monooxygenase
B: L-amino acid oxidase/monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,2108
ポリマ－258,0674
非ポリマー3,1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area16100 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area74540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.926, 141.353, 75.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 L-amino acid oxidase/monooxygenase


分子量: 64516.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: AIU 813 / 遺伝子: laao / プラスミド: pET15b-laao / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3IVI6*PLUS, L-amino-acid oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER FOR THIS SEQUENCE IS AB830473.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 8% polyethylene glycol (PEG) 4000, 0.1M Na-acetate(pH4.6), pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月13日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 101012 / Num. obs: 98486 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4930 / Rsym value: 0.507 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→30.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 0.002 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25402 4899 5 %RANDOM
Rwork0.20947 ---
obs0.21169 93180 97.02 %-
all-98486 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.961 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.149 Å0.156 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8476 0 106 404 8986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.09
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 337 -
Rwork0.276 6802 -
obs--97.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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