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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wdv | |||||||||
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タイトル | The complex structure of PtLic16A with cellotetraose | |||||||||
![]() | Beta-1,3-1,4-glucanase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / 1 / 3-1 / 4-beta-glucanase / 3(4)-beta-glucanase / PtLic16A / beta-jellyroll fold | |||||||||
機能・相同性 | ![]() licheninase activity / licheninase / glucan catabolic process / side of membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Cheng, Y.S. / Huang, C.H. / Chen, C.C. / Huang, T.Y. / Ko, T.P. / Huang, J.W. / Wu, T.H. / Liu, J.R. / Guo, R.T. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and mutagenetic analyses of a 1,3-1,4-beta-glucanase from Paecilomyces thermophila 著者: Cheng, Y.S. / Huang, C.H. / Chen, C.C. / Huang, T.Y. / Ko, T.P. / Huang, J.W. / Wu, T.H. / Liu, J.R. / Guo, R.T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 266.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 212.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 56.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 86 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32224.182 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose #3: 糖 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate, 30%(w/v) PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→25 Å / Num. obs: 94075 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 9289 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3WDT 解像度: 1.936→25 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 35.3406 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.2452 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.936→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.936→1.99 Å /
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