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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wdk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 4-phosphopantoate-beta-alanine ligase complexed with reaction intermediate | ||||||
![]() | 4-phosphopantoate--beta-alanine ligase | ||||||
![]() | LIGASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-phosphopantoate-beta-alanine ligase / acid-amino acid ligase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kishimoto, A. / Kita, A. / Ishibashi, T. / Tomita, H. / Yokooji, Y. / Imanaka, T. / Atomi, H. / Miki, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of phosphopantothenate synthetase from Thermococcus kodakarensis 著者: Kishimoto, A. / Kita, A. / Ishibashi, T. / Tomita, H. / Yokooji, Y. / Imanaka, T. / Atomi, H. / Miki, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 169 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29891.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: KOD1 / 遺伝子: TK1686 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5JIZ8, 4-phosphopantoate-beta-alanine ligase #2: 化合物 | ChemComp-PTJ / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 詳細: 50% Tacsimate, 1% PEG 3350, 100mM sodium acetate trihydrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月21日 |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 64483 / Num. obs: 64483 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 98.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.676 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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