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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wcl | ||||||
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タイトル | The complex structure of HsSQS wtih ligand,BPH1344 | ||||||
![]() | Squalene synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / isoprenoids / drug discovery | ||||||
機能・相同性 | ![]() squalene synthase / farnesyl-diphosphate farnesyltransferase activity / farnesyl diphosphate metabolic process / squalene synthase activity / Cholesterol biosynthesis / farnesyltranstransferase activity / steroid biosynthetic process / ergosterol biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) ...squalene synthase / farnesyl-diphosphate farnesyltransferase activity / farnesyl diphosphate metabolic process / squalene synthase activity / Cholesterol biosynthesis / farnesyltranstransferase activity / steroid biosynthetic process / ergosterol biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / PPARA activates gene expression / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shang, N. / Li, Q. / Ko, T.P. / Chan, H.C. / Huang, C.H. / Ren, F. / Zheng, Y. / Zhu, Z. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Squalene synthase as a target for Chagas disease therapeutics. 著者: Shang, N. / Li, Q. / Ko, T.P. / Chan, H.C. / Li, J. / Zheng, Y. / Huang, C.H. / Ren, F. / Chen, C.C. / Zhu, Z. / Galizzi, M. / Li, Z.H. / Rodrigues-Poveda, C.A. / Gonzalez-Pacanowska, D. / ...著者: Shang, N. / Li, Q. / Ko, T.P. / Chan, H.C. / Li, J. / Zheng, Y. / Huang, C.H. / Ren, F. / Chen, C.C. / Zhu, Z. / Galizzi, M. / Li, Z.H. / Rodrigues-Poveda, C.A. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Veiga-Santos, P. / de Carvalho, T.M. / de Souza, W. / Urbina, J.A. / Wang, A.H. / Docampo, R. / Li, K. / Liu, Y.L. / Oldfield, E. / Guo, R.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 430.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 352.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 696.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 743.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 87.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 125.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3wc9C ![]() 3wcaC ![]() 3wcbC ![]() 3wccC ![]() 3wcdC ![]() 3wceC ![]() 3wcfC ![]() 3wcgC ![]() 3wchC ![]() 3wciC ![]() 3wcjC ![]() 3wcmC ![]() 1ezfS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41288.988 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 31-370 / 変異: K248L, K315L, K318L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-BH3 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE EXPERIMENT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2 詳細: 0.2M sodium citrate, 28% PEG 3350, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97622 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.24→25 Å / Num. obs: 110868 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 28 |
反射 シェル | 解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 3.67 / Num. unique all: 10570 / % possible all: 94.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1EZF 解像度: 2.24→25 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.24→25 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.24→2.32 Å / Rfactor Rfree: 0.324 / Rfactor Rwork: 0.279 |