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- PDB-3wc7: Carboxypeptidase B in complex with EF6265 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wc7
タイトルCarboxypeptidase B in complex with EF6265
要素Carboxypeptidase B
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CPB inhibitor / EF6265 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase B / metallocarboxypeptidase activity / cytoplasmic vesicle / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase B, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase ...Carboxypeptidase B, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EF1 / Carboxypeptidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yoshimoto, N. / Itoh, T. / Inaba, Y. / Yamamoto, K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for inhibition of carboxypeptidase B by selenium-containing inhibitor: selenium coordinates to zinc in enzyme.
著者: Yoshimoto, N. / Itoh, T. / Inaba, Y. / Ishii, H. / Yamamoto, K.
履歴
登録2013年5月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2974
ポリマ－34,7401
非ポリマー5573
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.360, 79.360, 100.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Carboxypeptidase B


分子量: 34739.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P09955, carboxypeptidase B
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EF1 / (2S)-7-amino-2-{[(R)-hydroxy{(1R)-2-methyl-1-[(3-phenylpropanoyl)amino]propyl}phosphoryl]methyl}heptanoic acid / EF6265 / EF-6265


分子量: 426.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H35N2O5P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 % / Mosaicity: 0.57 °
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM sodium cacodylate (pH 5.3-6.8), 100mM zinc acetate, 5-15% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月22日
放射モノクロメーター: TRIANGULAR SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→62.202 Å / Num. all: 25909 / Num. obs: 25909 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-213.50.3490.3362.15013437050.0950.3490.3369.7100
2-2.1213.60.2330.2243.24758435050.0630.2330.22413.8100
2.12-2.2713.60.1770.1714.24492333110.0480.1770.17117100
2.27-2.4513.60.1360.1315.54221030950.0370.1360.13120.7100
2.45-2.6913.80.1120.1086.83957628620.030.1120.10824.6100
2.69-3140.0830.088.93660126080.0220.0830.0830.9100
3-3.47140.060.05711.73244923210.0160.060.05740.6100
3.47-4.2513.80.0470.04513.82731519850.0130.0470.04549.6100
4.25-6.0113.30.0480.04613.32104515820.0130.0480.04650.8100
6.01-27.01811.70.0490.04712.4108959350.0140.0490.0474599

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WAB

3wab


解像度: 1.9→27.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.1921 / WRfactor Rwork: 0.1697 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8838 / SU B: 6.517 / SU ML: 0.085 / SU R Cruickshank DPI: 0.1762 / SU Rfree: 0.1357 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2071 1287 5 %RANDOM
Rwork0.1812 ---
obs0.1824 25832 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.24 Å2 / Biso mean: 30.8698 Å2 / Biso min: 22.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2436 0 31 325 2792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0222566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8251.9593492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4645303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.84324.068118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.05315395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7981510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8441.51510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03922433
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.931056
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1674.51059
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.25932566
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 96 -
Rwork0.225 1755 -
all-1851 -
obs--99.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8295-0.1184-0.27510.65840.21390.9110.0354-0.03580.0443-0.05070.009-0.0259-0.06740.0728-0.04430.1953-0.1044-0.09620.2006-0.09540.20515.187-19.39220.9335
20000000000000000.2111-0.0835-0.09850.2103-0.15920.267423.8894-33.6955-7.583
30000000000000000.1619-0.0775-0.0910.206-0.1020.17667.1521-21.13034.821
40.9469-0.2064-0.18450.80470.00261.14580.0139-0.040.052-0.014-0.00280.0008-0.03860.0414-0.01110.2524-0.1273-0.13530.2406-0.12060.275614.7239-19.96070.1676
528.5522-0.1008-18.4972.25196.677631.41910.3865-0.95221.690.2943-0.17490.36470.55350.5195-0.21160.1629-0.0829-0.09240.1604-0.06360.50622.4565-20.67643.7476
60000000000000000.2037-0.0853-0.13630.2271-0.11950.56328.8444-29.868511.32
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 308
2X-RAY DIFFRACTION2A401
3X-RAY DIFFRACTION3A402
4X-RAY DIFFRACTION4A501 - 824
5X-RAY DIFFRACTION5A403
6X-RAY DIFFRACTION6A825

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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