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万見
- PDB-3wbf: Crystal Structure of meso-diaminopimelate dehydrogenase from Symb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wbf
タイトルCrystal Structure of meso-diaminopimelate dehydrogenase from Symbiobacterium thermophilum co-crystallized with NADP+ and DAP
要素Diaminopimelate dehydrogenaseジアミノピメリン酸デヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / domain motion / thermo-stable / d-amino acid dehydrogenase (D-アルギニンデヒドロゲナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


ジアミノピメリン酸デヒドロゲナーゼ / diaminopimelate dehydrogenase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate dehydrogenase, Ddh / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase, C-terminal / Diaminopimelic acid dehydrogenase C-terminal domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド ...Diaminopimelate dehydrogenase, Ddh / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase, C-terminal / Diaminopimelic acid dehydrogenase C-terminal domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Symbiobacterium thermophilum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Liu, W.D. / Li, Z. / Huang, C.H. / Guo, R.T. / Wu, Q.Q. / Zhu, D.M.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2014
タイトル: Structural and mutational studies on the unusual substrate specificity of meso-diaminopimelate dehydrogenase from Symbiobacterium thermophilum.
著者: Liu, W. / Li, Z. / Huang, C.H. / Guo, R.T. / Zhao, L. / Zhang, D. / Chen, X. / Wu, Q. / Zhu, D.
履歴
登録2013年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diaminopimelate dehydrogenase
B: Diaminopimelate dehydrogenase
C: Diaminopimelate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,21225
ポリマ－99,9373
非ポリマー4,27422
水25,3291406
1
A: Diaminopimelate dehydrogenase
B: Diaminopimelate dehydrogenase
C: Diaminopimelate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Diaminopimelate dehydrogenase
B: Diaminopimelate dehydrogenase
C: Diaminopimelate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,42350
ポリマ－199,8746
非ポリマー8,54944
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area41220 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area61870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.351, 99.687, 67.172
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Diaminopimelate dehydrogenase / ジアミノピメリン酸デヒドロゲナーゼ


分子量: 33312.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Symbiobacterium thermophilum (バクテリア)
株: T / IAM 14863 / 遺伝子: meso-dapdh, STH1425 / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q67PI3, ジアミノピメリン酸デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-API / 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / meso-ジアミノピメリン酸 / ジアミノピメリン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.197 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14N2O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.07 % / Mosaicity: 0.932 °
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, PEG 6000, NADP+, DAP,, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→50 Å / Num. all: 61605 / Num. obs: 61060 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 1.324 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.12-2.23.60.32557301.09193.9
2.2-2.283.70.31261201.153199.8
2.28-2.393.70.25161221.167199.9
2.39-2.513.70.22361301.209199.9
2.51-2.673.70.17161461.244199.8
2.67-2.883.60.14261461.375199.8
2.88-3.173.60.11261171.498199.8
3.17-3.623.50.07561421.513199.6
3.62-4.563.40.06161821.513199.6
4.56-303.40.05762251.509199.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BIO

3bio


解像度: 2.12→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8134 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2546 2910 4.8 %RANDOM
Rwork0.1983 ---
all-61060 --
obs-57533 94.2 %-
溶媒の処理Bsol: 60.4694 Å2
原子変位パラメータBiso max: 88.05 Å2 / Biso mean: 29.0927 Å2 / Biso min: 8.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.66 Å20 Å20.541 Å2
2---7.709 Å2-0 Å2
3---19.369 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6777 0 279 1406 8462
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0552
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8492.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3gol.param
X-RAY DIFFRACTION4NAP.param
X-RAY DIFFRACTION5api.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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