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万見
- PDB-3waq: Hemerythrin-like domain of DcrH I119E mutant (met) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3waq
タイトルHemerythrin-like domain of DcrH I119E mutant (met)
要素Hemerythrin-like domain protein DcrH
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / metal-binding / helix bundle / OXYGEN SENSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


lysozyme activity / signal transduction / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemerythrin-like / Hemerythrin, metal-binding domain / Haemerythrin, iron-binding site / Hemerythrin-like superfamily / : / Hemerythrin family signature. / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain ...Hemerythrin-like / Hemerythrin, metal-binding domain / Haemerythrin, iron-binding site / Hemerythrin-like superfamily / : / Hemerythrin family signature. / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MU-OXO-DIIRON / Methyl-accepting chemotaxis protein DcrH / Hemerythrin-like domain protein DcrH
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Okamoto, Y. / Onoda, A. / Sugimoto, H. / Takano, Y. / Hirota, S. / Kurtz Jr., D.M. / Shiro, Y. / Hayashi, T.
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure, exogenous ligand binding, and redox properties of an engineered diiron active site in a bacterial hemerythrin
著者: Okamoto, Y. / Onoda, A. / Sugimoto, H. / Takano, Y. / Hirota, S. / Kurtz Jr., D.M. / Shiro, Y. / Hayashi, T.
履歴
登録2013年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemerythrin-like domain protein DcrH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3022
ポリマ－16,1741
非ポリマー1281
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.965, 50.859, 76.677
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hemerythrin-like domain protein DcrH


分子量: 16174.239 Da / 分子数: 1 / 変異: I119E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: Hildenborough / 遺伝子: dcrH / プラスミド: pET-16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9REU3, UniProt: Q726F3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: small tubes / pH: 7
詳細: 50mM MOPS, 50mg/mL protein, pH 7.0, SMALL TUBES, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月8日 / 詳細: mirrors
回折測定詳細: 1.00 degrees, 1.8 sec, detector distance 174.547 mm / 手法: \w scans
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.061 / 数: 80030
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 23644 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 25.054
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 4.895 / Rsym value: 0.279 / % possible all: 99.3
Cell measurementReflection used: 80030

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AGT

3agt


解像度: 1.8→19.712 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8027 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 26.43 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1066 4.93 %RANDOM
Rwork0.2068 ---
obs0.2095 21644 99.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.69 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 86.55 Å2 / Biso mean: 27.7712 Å2 / Biso min: 10.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.6156 Å20 Å2-0 Å2
2---0.122 Å20 Å2
3----9.4936 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.712 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1129 0 3 57 1189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151190
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3221629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.091454
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7957-1.87730.31441310.22412464259596
1.8773-1.97620.32351220.22262593271599
1.9762-2.09990.27081410.219725472688100
2.0999-2.26180.24241180.195726332751100
2.2618-2.48910.27581630.189625592722100
2.4891-2.84830.25951450.207826052750100
2.8483-3.5850.23231260.207125762702100
3.585-19.71270.25811200.20712601272199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98460.00210.03232.6646-1.5083.14890.0451-0.0959-0.04960.2828-0.1205-0.2480.01470.14690.1130.1333-0.01920.00310.1324-0.0130.155211.43285.957821.6186
22.6431-0.2514-0.30283.4183-0.28582.3826-0.06770.03660.14690.48060.10380.3561-0.0173-0.3185-0.04450.14380.01660.05110.10290.00720.17923.716511.810518.6489
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 4:70)A4 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 71:201)A71 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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