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万見
- PDB-3wa5: Crystal Structure of type VI peptidoglycan muramidase effector Ts... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wa5
タイトルCrystal Structure of type VI peptidoglycan muramidase effector Tse3 in complex with its cognate immunity protein Tsi3
要素
  • Tse3-specific immunity protein
  • Type VI secretion exported 3
キーワードHYDROLASE / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / muramidase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / lysozyme / lysozyme activity / extracellular region / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #1690 / : / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immune protein Tsi3 / Peptidoglycan muramidase Tse3
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ding, J. / Wang, T. / Liu, W. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Complex structure of type VI peptidoglycan muramidase effector and a cognate immunity protein.
著者: Wang, T. / Ding, J. / Zhang, Y. / Wang, D.C. / Liu, W.
履歴
登録2013年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type VI secretion exported 3
B: Tse3-specific immunity protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,28813
ポリマ－62,6712
非ポリマー61711
水9,458525
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area22300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.970, 109.970, 84.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-959-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Type VI secretion exported 3


分子量: 45741.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA3484 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HYC5
#2: タンパク質 Tse3-specific immunity protein


分子量: 16929.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA3485 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HYC4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% Jaffamine ED-2001, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.18 Å / Num. all: 41634 / Num. obs: 41634 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 28.4 % / Biso Wilson estimate: 14.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 28.8 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 11.8 / Num. unique all: 5971 / Rsym value: 0.335 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX(1.7.3_928)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX(1.7.3_928)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→49.18 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8827 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2021 2090 5.03 %RANDOM
Rwork0.1602 ---
all0.1623 41573 --
obs0.1623 41573 100 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.942 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 95.01 Å2 / Biso mean: 14.39 Å2 / Biso min: 3.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.024 Å20 Å20 Å2
2---0.024 Å2-0 Å2
3---0.048 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4028 0 35 525 4588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074135
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0945607
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8941537
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006748
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.9-1.94420.21111220.16512584
1.9442-1.99280.20081250.14922608
1.9928-2.04670.21021340.15142590
2.0467-2.10690.19851340.15092615
2.1069-2.17490.22291130.15192604
2.1749-2.25270.20281240.15032606
2.2527-2.34290.18991300.15052615
2.3429-2.44950.19171340.15462613
2.4495-2.57860.20641280.1662632
2.5786-2.74020.24111640.16842611
2.7402-2.95170.22071420.16422619
2.9517-3.24870.20441720.17372619
3.2487-3.71870.21831420.16712657
3.7187-4.68450.16871670.14412668
4.6845-49.19650.19071590.17482842

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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