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- PDB-3wa3: Crystal structure of copper amine oxidase from arthrobacter globi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wa3
タイトルCrystal structure of copper amine oxidase from arthrobacter globiformis in N2 condition
要素Phenylethylamine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxidase / copper binding / post-translationally derived quinone cofactor / cytoplassm
機能・相同性
機能・相同性情報


primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
: / AGAO-like N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Copper amine oxidase ...: / AGAO-like N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / NITROGEN MOLECULE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Phenylethylamine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter globiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Murakawa, T. / Hayashi, H. / Sunami, T. / Kurihara, K. / Tamada, T. / Kuroki, R. / Suzuki, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: High-resolution crystal structure of copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis: assignment of bound diatomic molecules as O2
著者: Murakawa, T. / Hayashi, H. / Sunami, T. / Kurihara, K. / Tamada, T. / Kuroki, R. / Suzuki, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.
履歴
登録2013年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylethylamine oxidase
B: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,79450
ポリマ－138,0202
非ポリマー4,77448
水30,7881709
1
A: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,67048
ポリマ－138,0202
非ポリマー4,65046
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area25420 Å2
ΔGint45 kcal/mol
Surface area40170 Å2
手法PISA
2
B: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,91852
ポリマ－138,0202
非ポリマー4,89850
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y,-z1
Buried area24590 Å2
ΔGint63 kcal/mol
Surface area40270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.607, 63.036, 158.006
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.440, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1615-

HOH

21B-1660-

HOH

31B-1661-

HOH

41B-1982-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase


分子量: 69009.836 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-629 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase

-
非ポリマー , 9種, 1757分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-HDZ / NITROGEN MOLECULE


分子量: 28.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1709 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 6.8
詳細: 1.05 M potassium tartrate, 25 mM HEPES, pH 6.8, MICRODIALYSIS, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月24日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 232158 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Χ2: 4.479 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.55-1.614.90.499230581.186195.4
1.61-1.674.80.397229881.354195.2
1.67-1.754.70.32231971.558195.6
1.75-1.844.60.257231641.981195.7
1.84-1.954.50.205232122.776195.9
1.95-2.14.50.165233433.659195.9
2.1-2.324.60.144230664.621195.3
2.32-2.654.90.132228825.639193.9
2.65-3.345.70.118231177.894194.6
3.34-506.20.1072413110.42197.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1iu7

1iu7


解像度: 1.55→29.932 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / FOM work R set: 0.8234 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2099 11543 5.01 %
Rwork0.1811 --
obs0.1826 230420 94.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.06 Å2 / Biso mean: 22.5105 Å2 / Biso min: 8.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→29.932 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9752 0 308 1709 11769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01310501
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.58114206
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1091505
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081878
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2613953
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.5660.28873720.26477182755494
1.566-1.58440.29783740.25447278765295
1.5844-1.60370.27873960.24317314771095
1.6037-1.6240.28823780.24437228760695
1.624-1.64540.26473540.23897304765895
1.6454-1.66790.2563980.22717217761595
1.6679-1.69170.25513740.237294766895
1.6917-1.7170.2613830.22827307769095
1.717-1.74380.27053580.22877337769595
1.7438-1.77240.27893990.21927277767695
1.7724-1.8030.23623580.2147316767495
1.803-1.83570.27383870.20827234762195
1.8357-1.87110.24633800.21187249762995
1.8711-1.90920.22663900.2077282767295
1.9092-1.95070.22553910.19557223761495
1.9507-1.99610.23243790.19737302768195
1.9961-2.0460.21963850.19037355774095
2.046-2.10130.21453630.18357387775095
2.1013-2.16310.20064080.17927264767295
2.1631-2.23290.2254030.18127223762694
2.2329-2.31270.20533950.17377218761394
2.3127-2.40530.20063860.17417200758693
2.4053-2.51470.19274040.17447167757193
2.5147-2.64720.22913660.17277128749492
2.6472-2.81290.19763540.17327151750593
2.8129-3.02990.21513810.17897282766394
3.0299-3.33450.20084150.17167353776895
3.3345-3.81620.17823970.15117492788997
3.8162-4.80480.14083930.1367532792596
4.8048-29.93790.20324220.17467781820398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1503-0.2605-0.15040.46710.23750.13210.25930.21330.1846-0.5051-0.4364-0.2874-0.28010.1626-0.51240.34750.04370.1260.45260.23550.1658172.295210.793234.1443
20.4994-0.4214-0.55671.6127-0.21282.30330.09710.31130.0866-0.3379-0.3165-0.4914-0.41630.4483-0.17370.25310.08480.11220.43240.15250.2372175.23452.212935.7311
30.983-0.01450.33920.129-0.16060.80270.00030.28750.0813-0.0762-0.04030.0172-0.13420.02820.00250.14990.0388-0.01380.19610.0190.1549146.86894.092842.1274
40.5175-0.12840.40630.16560.10411.0257-0.01010.0930.1375-0.0356-0.0755-0.0233-0.25910.08680.06610.1758-0.02560.00330.14660.02610.1724162.24388.94957.6523
50.6851-0.06840.34430.2671-0.06450.7460.01770.1011-0.0119-0.0057-0.0282-0.01310.01810.11610.00620.09830.00720.00770.1145-0.00120.1231162.6035-5.142961.5166
61.0985-0.3065-0.1110.96510.28860.09450.0114-0.11450.01110.1293-0.05010.0062-0.1795-0.30190.00960.17690.07370.03970.2134-0.04910.1305173.6388-20.666435.4744
71.34680.3064-0.86612.0220.74520.9871-0.0707-0.1193-0.14760.1717-0.02450.3996-0.0341-0.4004-0.0130.12620.02530.06580.2337-0.03160.1626170.8059-29.337834.0957
82.79040.44560.45440.12070.21480.3736-0.0574-0.44570.0670.09210.04840.02470.0262-0.03510.00470.13880.0204-0.01730.20970.01540.1297202.3439-32.80438.4965
90.86290.02460.19420.29020.01240.7548-0.0334-0.17950.06840.07830.0089-0.0288-0.16560.03-0.01440.12280.0145-0.00410.092-0.03360.1014198.051-24.355723.273
100.41110.13820.18250.020.02260.9226-0.017-0.05080.05410.0081-0.0091-0.0006-0.1734-0.06260.02870.13950.0330.00750.0969-0.00570.1436184.2437-22.288212.3795
110.39020.07250.21740.1490.03260.8485-0.0047-0.0444-0.05240.00750.01960.00460.0594-0.1131-0.01670.11630.00480.00570.09930.00750.1412183.772-36.28458.2989
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 9 through 44 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 45 through 95 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 96 through 250 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 251 through 368 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resid 369 through 629 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resid 9 through 44 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resid 45 through 95 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resid 96 through 144 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and (resid 145 through 250 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and (resid 251 through 368 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain B and (resid 369 through 629 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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