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- PDB-3w9f: Crystal structure of the ankyrin repeat domain of chicken TRPV4 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w9f
タイトルCrystal structure of the ankyrin repeat domain of chicken TRPV4 in complex with IP3
要素Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ankyrin repeat domain / ARD
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling pathway / monoatomic cation channel activity / phosphatidylinositol binding / adherens junction / calcium channel activity / SH3 domain binding / intracellular calcium ion homeostasis / calmodulin binding / apical plasma membrane / lipid binding ...osmosensory signaling pathway / monoatomic cation channel activity / phosphatidylinositol binding / adherens junction / calcium channel activity / SH3 domain binding / intracellular calcium ion homeostasis / calmodulin binding / apical plasma membrane / lipid binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Ankyrin repeat-containing domain / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Ankyrin repeat-containing domain / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ion transport domain / Ion transport protein / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Itoh, Y. / Hamada-nakahara, S. / Suetsugu, S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: TRPV4 channel activity is modulated by direct interaction of the ankyrin domain to PI(4,5)P2
著者: Takahashi, N. / Hamada-Nakahara, S. / Itoh, Y. / Takemura, K. / Shimada, A. / Ueda, Y. / Kitamata, M. / Matsuoka, R. / Hanawa-Suetsugu, K. / Senju, Y. / Mori, M.X. / Kiyonaka, S. / Kohda, D. ...著者: Takahashi, N. / Hamada-Nakahara, S. / Itoh, Y. / Takemura, K. / Shimada, A. / Ueda, Y. / Kitamata, M. / Matsuoka, R. / Hanawa-Suetsugu, K. / Senju, Y. / Mori, M.X. / Kiyonaka, S. / Kohda, D. / Kitao, A. / Mori, Y. / Suetsugu, S.
履歴
登録2013年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22020年10月21日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: struct / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details ..._struct.title / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
B: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
C: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
D: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,5968
ポリマ－117,9164
非ポリマー1,6804
水8,305461
1
A: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8992
ポリマ－29,4791
非ポリマー4201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8992
ポリマ－29,4791
非ポリマー4201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8992
ポリマ－29,4791
非ポリマー4201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8992
ポリマ－29,4791
非ポリマー4201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
ヘテロ分子

C: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7984
ポリマ－58,9582
非ポリマー8402
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y+1/2,-z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area24330 Å2
手法PISA
6
B: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
ヘテロ分子

D: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7984
ポリマ－58,9582
非ポリマー8402
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.094, 48.343, 132.145
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein


分子量: 29478.891 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 133-382 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TRPV4, VR-OAC / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: Q9DFS3, UniProt: A0A1D5PXA5*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸


分子量: 420.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O15P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 110-120 mM sodium MES-HCl buffer pH 6.5, 1-2% PEG 4000, 11-12% MPD, 55-60 mM KH2PO4, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 103603 / Num. obs: 100702 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 26.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 10249 / Rsym value: 0.619 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JXI

3jxi


解像度: 1.9→32.807 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.06 / FOM work R set: 0.7707 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.24 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE I3P OMIT FO-FC MAP SHOWS CLEAR POSITIVE PEAKS CORRESPONDING TO THE I3P PHOSPHATE GROUPS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2461 2052 2.04 %Random
Rwork0.2179 ---
obs0.2185 100556 96.69 %-
all-103998 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 181.82 Å2 / Biso mean: 64.4097 Å2 / Biso min: 11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.807 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8015 0 96 461 8572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25111314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1153139
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.896-1.94050.32151220.28895770589286
1.9405-1.9890.27911400.27446377651795
1.989-2.04280.27661250.25866347647294
2.0428-2.10290.2751470.24286343649094
2.1029-2.17080.24161310.22966486661797
2.1708-2.24830.24351180.2226478659696
2.2483-2.33830.24871320.21716643677597
2.3383-2.44470.29641300.21616666679698
2.4447-2.57360.25331400.21756649678999
2.5736-2.73470.24021300.22656700683099
2.7347-2.94580.24851420.2267846926100
2.9458-3.2420.24951430.216968016944100
3.242-3.71050.23471300.208468456975100
3.7105-4.67270.20571640.187867926956100
4.6727-32.81220.26441580.22256823698197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9676-0.1875-0.80921.63790.69332.82230.0490.08560.1196-0.1221-0.06230.1775-0.0442-0.14650.07140.1430.02540.00910.0806-0.02030.2856-19.302311.8741-6.7621
22.43860.33550.66351.07670.41852.47970.1256-0.25560.32750.0765-0.22820.3325-0.1738-0.26890.04220.1719-0.02130.06070.164-0.06770.3807-10.68522.84818.6892
31.81330.53370.47962.01930.43441.88570.3153-0.4534-0.16280.4885-0.24870.03690.1341-0.07480.01620.2753-0.09740.0620.22890.04960.21582.23922.655921.8459
45.57460.7868-4.14732.97161.88325.36290.0537-0.5638-0.2405-0.06060.036-0.34930.12370.2926-0.07920.09540.0358-0.00160.2114-0.00580.3756-27.9716-15.04538.9476
51.93670.208-0.0632.0222-1.91872.26980.0774-0.1040.02620.062-0.06340.0124-0.065-0.0456-0.08540.16510.0050.01060.1629-0.0830.3692-36.5118-7.52062.736
64.0009-1.2370.57172.1887-0.7963.46070.05360.63260.3617-0.2984-0.1571-0.1671-0.0917-0.08140.16180.18970.06140.02360.2597-0.06470.3804-42.9172-2.1682-10.5003
72.9631-0.62380.01038.148-0.69861.99350.27570.6353-0.8111-0.44630.02580.23110.2709-0.0676-0.29010.20730.0161-0.09630.3308-0.11520.5407-53.6674-6.8114-11.534
83.4668-0.2075-1.77685.86240.70763.74360.48121.3693-0.1645-0.5425-0.34330.28780.43770.1658-0.11150.33010.1931-0.04360.7458-0.0260.2502-54.62171.0899-23.4899
93.7422.84123.2862.72362.52422.882-0.13530.1788-0.0834-0.1888-0.19950.26270.1984-0.31030.21070.76010.4485-0.02921.2482-0.22790.2953-59.67921.7319-33.5602
102.65511.28512.9192.2986-0.2288.46680.0346-0.3281-0.0849-0.05630.22890.24520.0255-0.7139-0.22511.01910.2857-0.1711.54550.14150.3064-48.026227.0709-65.1172
112.14290.43251.10950.48830.06871.3593-0.1186-0.17050.3146-0.13230.12710.4483-0.22-0.57570.01471.25740.2825-0.5851.72470.11630.3912-46.747526.1371-58.4958
121.01020.59980.60891.7162-1.14432.923-0.2204-0.31780.03230.29770.22070.1968-0.2127-0.6554-0.08491.33480.5481-0.39561.73970.17530.5691-48.1628.6752-49.7178
131.13360.23291.23260.99760.78051.6892-0.18150.5062-0.0419-0.1612-0.0910.03990.0997-0.0586-0.11191.13580.1461-0.37581.33730.05350.3748-33.694717.9571-52.28
142.2742-0.28490.69541.3916-1.8853.3347-0.39680.39580.2448-0.06460.10070.0305-0.2868-0.5399-0.07071.24070.4155-0.4251.0310.0629-0.0134-30.147921.3004-44.9124
154.978-3.35982.66717.5665-1.98874.8994-0.4247-0.26130.33460.34360.5032-0.0505-0.6889-0.90640.02620.7740.2562-0.17380.8243-0.00490.2695-30.713917.233-36.131
161.9471-0.45630.02742.433-0.11843.5347-0.08670.39530.3322-0.3026-0.14150.0745-0.5126-0.16260.18140.73580.1498-0.14320.55880.05090.1726-17.00715.9767-36.9359
173.1390.84513.17241.40690.84253.1941-0.14580.23510.4041-0.1649-0.1120.1084-0.44520.09310.18970.50930.12110.04220.44270.12650.3541-7.107517.2272-29.7898
182.65322.6056-0.8355.5032-0.52362.57610.26730.1075-0.5219-0.5982-0.05720.51650.076-0.1672-0.22881.33170.226-0.68911.69090.36591.45134.599931.9047-64.3198
193.4818-0.0575-1.48443.9449-0.50731.83320.3285-0.2653-0.4832-0.11850.00960.27320.00890.0737-0.18071.0960.1428-0.52321.53970.51261.3566.082131.045-57.5734
202.00060.8798-3.32495.53243.11013.213-0.0935-0.04870.24040.3620.12170.08950.01010.1948-0.02830.93020.0354-0.29761.59140.6051.46994.681233.6157-48.3918
215.28311.292.43675.26693.79365.91970.31531.2729-0.5617-0.2567-0.27460.0229-0.27310.01760.05670.72530.0971-0.27931.30940.20920.978619.09121.9484-52.1482
227.3092-2.4632-0.26361.05440.8663.0076-0.27440.38830.6916-0.2556-0.3001-0.2768-0.50480.47280.46030.82670.027-0.23361.0610.41551.113916.644429.9408-43.3884
235.75541.40422.54865.2913-0.76295.0035-0.51890.15520.3946-0.50850.17340.347-0.40520.02280.08530.57690.0604-0.23761.00370.27910.664726.2822.9201-44.4783
242.882-0.103-0.91991.50940.21533.1761-0.03470.78730.58320.1388-0.20180.0549-0.27290.11910.17530.73770.1973-0.2031.02280.14830.658832.030818.4146-36.3013
252.8181-0.12621.08522.79040.18668.2315-0.04890.74620.5937-0.16060.03660.2707-0.4810.005-0.01860.69490.1960.020.80610.3130.72745.441519.0151-28.4962
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 132 through 213 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 214 through 283 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 284 through 386 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 132 through 161 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 162 through 226 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 227 through 283 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 284 through 309 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 310 through 368 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 369 through 386 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 133 through 146 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 147 through 194 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 195 through 213 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 214 through 236 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 237 through 292 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 293 through 309 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 310 through 368 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 369 through 388 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 133 through 146 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 147 through 194 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 195 through 213 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 214 through 236 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 237 through 255 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 256 through 292 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 293 through 368 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 369 through 389 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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