ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show PHASER位相決定 Show REFMAC精密化 Show PDB_EXTRACT3.11 データ抽出 Show
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1IJ2解像度 : 1.5→47.59 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.943 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.933 / WRfactor Rfree : 0.2477 / WRfactor Rwork : 0.2162 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 1 / FOM work R set : 0.8489 / SU B : 3.357 / SU ML : 0.056 / SU R Cruickshank DPI : 0.0873 / SU Rfree : 0.0881 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.087 / ESU R Free : 0.088 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLYRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2435 846 5.1 % RANDOM Rwork 0.2128 - - - obs 0.2142 15795 96.89 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 43.18 Å2 / Biso mean : 26.326 Å2 / Biso min : 2.94 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.69 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 1.25 Å2 0 Å2 3- - - -1.95 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.5→47.59 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 741 0 48 77 866
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 16) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.029 0.022 786 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.004 0.02 612 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg2.415 2.105 1029 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.198 3 1492 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg3.224 5 92 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg20.381 22.174 23 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg15.068 15 187 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg9.676 15 9 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.182 0.2 123 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.011 0.02 789 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.006 0.02 152 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.33 1.5 474 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_other0.464 1.5 203 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it2.372 2 752 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it3.858 3 312 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it6.143 4.5 277
LS精密化 シェル 解像度 : 1.498→1.537 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.311 65 - Rwork 0.222 1088 - all - 1153 - obs - - 94.51 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.5241 -0.0032 0.8145 0.5135 -2.0285 10.4484 -0.0884 -0.0099 0.1011 0.1502 -0.0785 -0.04 -0.6226 -0.0328 0.1668 0.1578 -0.0185 -0.0161 0.0966 0.038 0.0758 8.9704 3.9736 -14.0217 2 1.0316 0.3939 -1.6646 1.5844 -0.9079 11.2331 -0.084 0.1457 0.0759 -0.1141 0.13 0.0112 0.0812 -0.3793 -0.0461 0.0271 0.0021 0.0008 0.0611 0.0323 0.0316 4.127 -2.8312 -13.9829 3 0.5747 0.0378 0.0009 0.8624 -1.4819 3.2769 0.0485 -0.0228 0.075 -0.0485 -0.1004 -0.0418 -0.061 0.3423 0.0519 0.052 -0.0161 0.0221 0.0905 0.0247 0.0396 13.3811 -3.5968 -14.4884
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 32 2 X-RAY DIFFRACTION 1 A400 3 X-RAY DIFFRACTION 1 A501 - 523 4 X-RAY DIFFRACTION 2 B1 - 32 5 X-RAY DIFFRACTION 2 B401 6 X-RAY DIFFRACTION 2 B501 - 524 7 X-RAY DIFFRACTION 3 C1 - 31 8 X-RAY DIFFRACTION 3 C101 - 102 9 X-RAY DIFFRACTION 3 C201 - 230