PDB-3w93: Crystal Structure Analysis of the synthetic GCN4 Ester coiled coi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3w93

タイトル

Crystal Structure Analysis of the synthetic GCN4 Ester coiled coil peptide

要素

Coiled coil peptide

キーワード

TRANSCRIPTION

機能・相同性

PARA ACETAMIDO BENZOIC ACID

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Shahar, A. / Zarivach, R. / Ashkenasy, G.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: A high-resolution structure that provides insight into coiled-coil thiodepsipeptide dynamic chemistry
著者: Dadon, Z. / Samiappan, M. / Shahar, A. / Zarivach, R. / Ashkenasy, G.

履歴

登録	2013年3月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3w93.cif.gz	51.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3w93.ent.gz	39.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3w93.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/3w93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/3w93	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w8vC 3w92C 1ij2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6xz3-d 3w92-d 3cjk-d 5kp0-d 3n7e-d 3w8v-d 5t7l-d 3kep-1 5b1n-1 2jm5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Coiled coil peptide

B: Coiled coil peptide

C: Coiled coil peptide

ヘテロ分子

11.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.722, 33.881, 95.179
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	Coiled coil peptide 分子量: 3587.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs naturally in GCN4 protein family
#2: 化合物	ChemComp-TYZ / PARA ACETAMIDO BENZOIC ACID / 4-(アセチルアミノ)安息香酸分子量: 179.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.25 % / Mosaicity: 0.563 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 54% Tacsimate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 17203 / Num. obs: 16746 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Χ²: 2.032 / Net I/σ(I): 14.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.53	2.9	0.256	787	1.229	1	96.8
1.53-1.55	2.9	0.284	840	1.112	1	98.2
1.55-1.58	3	0.302	824	1.043	1	98.4
1.58-1.62	3.1	0.25	831	1.188	1	98.2
1.62-1.65	3.1	0.231	823	1.14	1	99.3
1.65-1.69	3.2	0.18	832	1.091	1	99.2
1.69-1.73	3.1	0.177	837	1.267	1	98.7
1.73-1.78	3.1	0.144	858	1.246	1	99.5
1.78-1.83	3.1	0.126	834	1.39	1	99.4
1.83-1.89	3.1	0.109	852	1.47	1	99.5
1.89-1.96	3.1	0.09	838	1.679	1	99.3
1.96-2.04	3.1	0.081	841	2.013	1	99.4
2.04-2.13	3.1	0.072	871	2.485	1	99.4
2.13-2.24	3	0.066	846	3.095	1	99.4
2.24-2.38	3	0.062	838	3.565	1	98.5
2.38-2.56	3	0.06	851	3.535	1	98.4
2.56-2.82	2.9	0.054	860	3.833	1	98.5
2.82-3.23	2.9	0.047	881	3.549	1	98.9
3.23-4.07	2.8	0.033	837	2.755	1	92.9
4.07-50	2.6	0.031	765	2.353	1	78.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IJ2

1ij2

解像度: 1.5→47.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.2477 / WR_factor R_work: 0.2162 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8489 / SU B: 3.357 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.0873 / SU R_free: 0.0881 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2435	846	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2128	-	-	-
obs	0.2142	15795	96.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 43.18 Å² / B_iso mean: 26.326 Å² / B_iso min: 2.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	741	0	48	77	866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.022	786
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.415	2.105	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.198	3	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.224	5	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.381	22.174	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.068	15	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.676	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.182	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	789
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	152
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.33	1.5	474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.464	1.5	203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.372	2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.858	3	312
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.143	4.5	277

LS精密化シェル

解像度: 1.498→1.537 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	65	-
R_work	0.222	1088	-
all	-	1153	-
obs	-	-	94.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5241	-0.0032	0.8145	0.5135	-2.0285	10.4484	-0.0884	-0.0099	0.1011	0.1502	-0.0785	-0.04	-0.6226	-0.0328	0.1668	0.1578	-0.0185	-0.0161	0.0966	0.038	0.0758	8.9704	3.9736	-14.0217
2	1.0316	0.3939	-1.6646	1.5844	-0.9079	11.2331	-0.084	0.1457	0.0759	-0.1141	0.13	0.0112	0.0812	-0.3793	-0.0461	0.0271	0.0021	0.0008	0.0611	0.0323	0.0316	4.127	-2.8312	-13.9829
3	0.5747	0.0378	0.0009	0.8624	-1.4819	3.2769	0.0485	-0.0228	0.075	-0.0485	-0.1004	-0.0418	-0.061	0.3423	0.0519	0.052	-0.0161	0.0221	0.0905	0.0247	0.0396	13.3811	-3.5968	-14.4884

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	400
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501 - 523
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	501 - 524
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 31
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	101 - 102
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	201 - 230

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関連情報:EMDBヘッダ

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