PDB-3w92: Crystal Structure Analysis of the synthetic GCN4 Thioester coiled...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3w92

タイトル

Crystal Structure Analysis of the synthetic GCN4 Thioester coiled coil peptide

要素

Thioester coiled coil peptide

キーワード

TRANSCRIPTION

機能・相同性

ACETATE ION / PARA ACETAMIDO BENZOIC ACID

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Shahar, A. / Zarivach, R. / Ashkenasy, G.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: A high-resolution structure that provides insight into coiled-coil thiodepsipeptide dynamic chemistry
著者: Dadon, Z. / Samiappan, M. / Shahar, A. / Zarivach, R. / Ashkenasy, G.

履歴

登録	2013年3月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3w92.cif.gz	60 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3w92.ent.gz	46.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3w92.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3w92_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3w92_full_validation.pdf.gz	471 KB	表示
XML形式データ	3w92_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	3w92_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/3w92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/3w92	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w8vC 3w93C 1ij2S 1ij3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3w8v-d 5kp0-d 2fws-d 3w93-d 2kqp-d 3n7e-d 4ggn-3 3cjk-d 5t7l-d 4ggn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thioester coiled coil peptide

B: Thioester coiled coil peptide

C: Thioester coiled coil peptide

ヘテロ分子

11.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.760, 33.552, 94.998
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	Thioester coiled coil peptide 分子量: 3603.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in GCN4 family
#2: 化合物	ChemComp-TYZ / PARA ACETAMIDO BENZOIC ACID / 4-(アセチルアミノ)安息香酸分子量: 179.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉NO₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.46 % / Mosaicity: 0.56 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.2M Sodium Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.972 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 23001 / Num. obs: 22947 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 24.8 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 2.3 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.35-1.37	20.1	0.876	1103	1.437	1	99
1.37-1.4	21	0.844	1157	1.461	1	99.9
1.4-1.43	23.1	0.869	1088	1.497	1	100
1.43-1.45	23.8	0.675	1139	1.62	1	99.9
1.45-1.49	25.3	0.497	1131	1.637	1	100
1.49-1.52	25.4	0.358	1129	1.741	1	100
1.52-1.56	26.3	0.375	1110	1.731	1	100
1.56-1.6	26.4	0.358	1154	1.801	1	100
1.6-1.65	26.5	0.296	1133	1.823	1	100
1.65-1.7	26.4	0.251	1129	1.865	1	100
1.7-1.76	26.4	0.216	1150	1.955	1	100
1.76-1.83	26.6	0.184	1119	2.065	1	100
1.83-1.92	26.3	0.157	1150	2.263	1	100
1.92-2.02	26.1	0.124	1145	2.591	1	100
2.02-2.14	25.6	0.109	1148	3.159	1	100
2.14-2.31	24.8	0.089	1171	3.616	1	100
2.31-2.54	24.8	0.082	1149	3.624	1	100
2.54-2.91	24.5	0.065	1188	3.468	1	100
2.91-3.66	24.3	0.047	1194	3.221	1	99.8
3.66-50	22.1	0.042	1260	3.021	1	97.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IJ2, 1IJ3

1ij2

1ij3

解像度: 1.35→47.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8508 / SU B: 2.065 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1895	1174	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1639	-	-	-
obs	0.1653	22857	99.47 %	-
all	-	23001	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.33 Å² / B_iso mean: 21.2541 Å² / B_iso min: 10.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→47.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	753	0	76	115	944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.022	884
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.582	2.156	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.244	3	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.979	5	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.342	22.593	27
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.528	15	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.494	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.178	1.5	494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.65	1.5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.267	2	781
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.374	3	390
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.635	4.5	364
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.202	3	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	17.247	3	115
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	11.686	3	1594

LS精密化シェル

解像度: 1.352→1.387 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	73	-
R_work	0.227	1527	-
all	-	1600	-
obs	-	-	96.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.091	0.0288	0.1193	0.0428	0.064	0.4199	-0.0084	0.0117	-0.0048	-0.0018	0.013	0.002	-0.0055	0.028	-0.0046	0.0309	-0.0025	0.0016	0.0592	-0.0014	0.0167	-3.7191	2.8916	-14.3634
2	0.0281	0.0188	0.0648	0.0823	0.1439	0.2964	0.0029	0.0022	-0.0063	-0.0038	0.0017	0.002	-0.0072	-0.0033	-0.0047	0.0336	-0.001	-0.0006	0.0586	0.0005	0.0112	-13.0777	3.6742	-13.9268
3	0.0154	-0.0199	-0.1223	0.0336	0.1881	1.0943	-0.0015	-0.0028	-0.002	0.0127	0.0048	-0.0007	0.0563	0.0087	-0.0033	0.0352	0.0002	-0.0002	0.0579	-0.0001	0.0172	-9.0157	-4.1332	-14.1241

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	101 - 105
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201 - 241
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	101 - 102
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	201 - 237
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	101 - 102
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	201 - 237

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