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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3w79 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of azoreductase AzrC in complex with sulfone-modified azo dye Orange I | ||||||
![]() | FMN-dependent NADH-azoreductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / azoreductase / azo bond cleavage / FMN-binding / azoreductase-azoreductase substrate complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / FMN-dependent NADH-azoreductase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ogata, D. / Yu, J. / Ooi, T. / Yao, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of AzrA and of AzrC complexed with substrate or inhibitor: insight into substrate specificity and catalytic mechanism. 著者: Yu, J. / Ogata, D. / Gai, Z. / Taguchi, S. / Tanaka, I. / Ooi, T. / Yao, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 326.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 268.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 211 / Label seq-ID: 2 - 211
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22950.822 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: C0STY1, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する #2: 化合物 | ChemComp-FMN / #3: 化合物 | ChemComp-ORI / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 600, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月4日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 39733 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3W77 解像度: 2.4→36.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 16.098 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.541 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.72 Å
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拘束条件 |
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