[日本語] English
万見
- PDB-3w6v: Crystal structure of the DNA-binding domain of AdpA, the global t... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w6v
タイトルCrystal structure of the DNA-binding domain of AdpA, the global transcriptional factor, in complex with a target DNA
要素
  • AdpA
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*TP*CP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*C)-3')
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR/DNA / H-T-H motif / sequence-specific DNA binding transcription factor activity / DNA-binding / intracellular / TRANSCRIPTION ACTIVATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...: / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / AdpA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Yao, M.D. / Ohtsuka, J. / Nagata, K. / Miyazono, K. / Ohnishi, Y. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Complex Structure of the DNA-binding Domain of AdpA, the Global Transcription Factor in Streptomyces griseus, and a Target Duplex DNA Reveals the Structural Basis of Its Tolerant DNA Sequence Specificity
著者: Yao, M.D. / Ohtsuka, J. / Nagata, K. / Miyazono, K. / Zhi, Y. / Ohnishi, Y. / Tanokura, M.
履歴
登録2013年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AdpA
B: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*TP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5423
ポリマ－26,5423
非ポリマー00
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area11160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.510, 100.640, 100.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 AdpA


分子量: 16743.789 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-binding domain, residues 215-340 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
遺伝子: adpA / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9S166
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*C)-3')


分子量: 4828.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*TP*CP*AP*C)-3')


分子量: 4970.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.1M sodium HEPES, 10%(v/v) 2-propanol, 16%(w/v) PEG4000, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月7日 / 詳細: diffraction
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 10045 / Num. obs: 9885 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.93
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Mean I/σ(I) obs: 11.93 / Num. unique all: 10045 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1D5Y, 1BL0

1d5y

1bl0


解像度: 2.95→19.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 15.543 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.655 / ESU R Free: 0.367 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2783 399 4.7 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.23787 8039 99.78 %-
all-8057 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.487 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→19.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数896 650 0 9 1555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8812.4452359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4545110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.58820.20449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.40315147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7241517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4431.5554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8782882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.16631090
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0534.51477
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.025 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 27 -
Rwork0.236 569 -
obs--99.67 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る