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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3w4s | ||||||
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タイトル | Myo-inositol kinase from Thermococcus kodakarensis | ||||||
![]() | Carbohydrate/pyrimidine kinase, PfkB family | ||||||
![]() | TRANSFERASE / kinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fujihashi, M. / Miyamoto, Y. / Miki, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An uncharacterized member of the ribokinase family in Thermococcus kodakarensis exhibits myo-inositol kinase activity. 著者: Sato, T. / Fujihashi, M. / Miyamoto, Y. / Kuwata, K. / Kusaka, E. / Fujita, H. / Miki, K. / Atomi, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 224.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 191.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30341.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK2285 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18-23%(w/v) PEG3350, 0.2M NH4I, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: default / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.6 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 50297 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 38.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 13.4 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.613 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→41.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.777→1.823 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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