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- PDB-3w3s: Crystal structure of A. aeolicus tRNASec in complex with M. kandl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w3s
タイトルCrystal structure of A. aeolicus tRNASec in complex with M. kandleri SerRS
要素
  • Type-2 serine--tRNA ligase
  • selenocysteine tRNA
キーワードLIGASE/RNA / class 2 aminoacyl-tRNA synthetase / transfer RNA / aminoacylation / selenocysteine incorporation / selenium metabolism / LIGASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


selenocysteine biosynthetic process / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / seryl-tRNA aminoacylation / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #1920 / Serine-tRNA ligase type 2, archaea / Serine-tRNA ligase type 2, tRNA-binding domain / tRNA-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. ...Alpha-Beta Plaits - #1920 / Serine-tRNA ligase type 2, archaea / Serine-tRNA ligase type 2, tRNA-binding domain / tRNA-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / : / RNA / RNA (> 10) / Type-2 serine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.095 Å
データ登録者Itoh, Y. / Sekine, S. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Tertiary structure of bacterial selenocysteine tRNA
著者: Itoh, Y. / Sekine, S. / Suetsugu, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2012年12月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-2 serine--tRNA ligase
B: selenocysteine tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,24727
ポリマ－94,0532
非ポリマー4,19325
水00
1
A: Type-2 serine--tRNA ligase
B: selenocysteine tRNA
ヘテロ分子

A: Type-2 serine--tRNA ligase
B: selenocysteine tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,49454
ポリマ－188,1074
非ポリマー8,38750
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation43_455-x-1/2,-z+1/2,-y+1/21
Buried area18180 Å2
ΔGint-346 kcal/mol
Surface area75090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)272.817, 272.817, 272.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Type-2 serine--tRNA ligase / Seryl-tRNA synthetase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser/Sec) synthetase


分子量: 62155.410 Da / 分子数: 1
変異: R55Y, E58Y, E62Y, R116Y, D118Y, E189R, D193R, E379Y, E383R, E497Y, E499Y
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 株: AV19 / 遺伝子: serS / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: Q8TVD2, serine-tRNA ligase
#2: RNA鎖 selenocysteine tRNA


分子量: 31897.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The tRNASec from Aquifex aeolicus VF5 was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase.
由来: (合成) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) / 参照: GenBank: 6626248

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非ポリマー , 4種, 25分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SSA / 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / 5′-O-(L-セリルスルファモイル)アデノシン


分子量: 433.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N7O8S
#5: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100mM trisodium citrate-HCl, 1.3M ammonium sulfate, 210mM potassium sodium tartrate, 50mM imidazole, 400mM NaCl, 10mM MgCl2, 0.5mM 5'-O-[N-(L-seryl)sulfamoyl]adenosine, pH 5.6, VAPOR ...詳細: 100mM trisodium citrate-HCl, 1.3M ammonium sulfate, 210mM potassium sodium tartrate, 50mM imidazole, 400mM NaCl, 10mM MgCl2, 0.5mM 5'-O-[N-(L-seryl)sulfamoyl]adenosine, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
2901
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A10.97848
シンクロトロンPhoton Factory AR-NE3A21.07186, 1.07227, 1.05404
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 315r1CCD2009年11月27日mirrors
ADSC QUANTUM 2702CCD2009年11月4日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SiSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SiMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978481
21.071861
31.072271
41.054041
反射解像度: 3.095→50 Å / Num. all: 31746 / Num. obs: 31714 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 102.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 3.49 / Num. unique all: 3126 / Rsym value: 0.847 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.095→35.823 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.83 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2603 1556 5.01 %random
Rwork0.2036 ---
obs0.2064 31040 97.83 %-
all-31729 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 90.343 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 333.86 Å2 / Biso mean: 128.4284 Å2 / Biso min: 54.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.095→35.823 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4363 2090 85 0 6538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2539799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821133
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007894
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6342898
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0954-3.19520.32091350.306626932828100
3.1952-3.30940.34221440.27622671281599
3.3094-3.44180.37921520.2712596274897
3.4418-3.59830.31341260.24782590271695
3.5983-3.78780.25721330.21582617275096
3.7878-4.02480.24671580.20092568272696
4.0248-4.33510.23371420.17352635277797
4.3351-4.77040.22711180.16192720283899
4.7704-5.45860.22551720.17012715288799
5.4586-6.86940.24531390.19842746288599
6.8694-35.8250.27221370.21082933307099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2925-0.8926-0.97318.71331.61854.0522-0.10980.0570.14750.50280.1596-0.15240.33520.2058-0.0690.52690.0882-0.03080.52680.00350.6431-37.6726-6.6932122.9804
23.46840.2985-0.19452.0961-0.21291.9735-0.29980.10070.91330.06890.1691-0.4845-0.24240.48110.09280.4137-0.0608-0.11540.652-0.02750.8353-57.46436.4384106.9978
35.4662-0.64510.17535.80592.91867.16750.47922.19620.2278-1.8439-0.05910.7965-0.6683-2.8343-0.21572.28190.0839-0.1833.53490.57892.1729-63.0994-22.530477.3505
49.039-0.6016-3.80282.84722.76673.8377-0.43952.09370.8095-1.0907-0.0232-0.59160.74310.3005-0.06951.5880.25010.01061.64220.12991.3921-40.5604-18.11885.2014
56.25720.20212.19131.0257-0.87131.55620.82552.2343-0.1233-0.0255-0.1076-0.35010.5502-0.0693-0.74581.35460.3197-0.10691.1525-0.14071.4186-30.4446-23.925390.5483
62.4727-2.1792.90611.9624-2.69794.52630.31052.40141.2413-1.2346-0.5314-0.8509-0.36151.48460.09071.50280.0644-0.07542.29990.26932.3285-5.6784-20.726381.0229
76.0787-4.45294.64673.2226-3.3943.54620.517-0.33510.6305-0.9330.4090.2249-1.4111-0.1759-0.58331.24070.0623-0.20351.64530.01981.7818-21.2746-20.33891.4766
83.52051.97211.19481.17490.26523.5283-0.29080.40730.2401-0.82760.08410.2419-0.27190.33490.21561.20890.02830.03330.7257-0.051.4098-32.5112-1.2982101.085
94.66871.7423-1.46493.116-2.2275.59870.06680.5762-0.3365-0.92520.29230.51940.4725-1.7978-0.37581.58040.0526-0.24441.379-0.06641.3626-53.4752-21.734598.7411
105.34921.67364.63138.26161.96684.03930.62132.7014-0.8757-0.23970.3280.95610.5604-0.547-0.99672.073-0.6825-0.08993.70180.27721.872-62.3271-20.818168.7175
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:163)A1 - 163
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 164:527)A164 - 527
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESSEQ 1:5A)B1 - 5
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESSEQ 6:12)B6 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 13:31)B13 - 31
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 32:38)B32 - 38
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 39:44)B39 - 44
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 45:50)B45 - 50
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 51:67)B51 - 67
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 67A:75)B67 - 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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