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- PDB-3w3l: Crystal structure of human TLR8 in complex with Resiquimod (R848)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w3l
タイトルCrystal structure of human TLR8 in complex with Resiquimod (R848) crystal form 1
要素Toll-like receptor 8
キーワードIMMUNE SYSTEM / Leucine Rich Repeat / RNA / Glycosylation / RNA Recognition / ssRNA / Receptor / RNA Receptor / Innate Immunity / RNA Binding / Secreted / Resiquimod / Antivirus and Antitumor Drug / Antivirus and Antitumor Drug Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 7/8 (TLR7/8) Cascade / toll-like receptor 8 signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / Trafficking and processing of endosomal TLR / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / immunoglobulin mediated immune response / canonical NF-kappaB signal transduction ...Toll Like Receptor 7/8 (TLR7/8) Cascade / toll-like receptor 8 signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / Trafficking and processing of endosomal TLR / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / immunoglobulin mediated immune response / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of protein phosphorylation / response to virus / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / double-stranded RNA binding / signaling receptor activity / defense response to virus / single-stranded RNA binding / endosome membrane / inflammatory response / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TIR domain / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...TIR domain / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RX8 / Toll-like receptor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Tanji, H. / Ohto, U. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structural reorganization of the Toll-like receptor 8 dimer induced by agonistic ligands
著者: Tanji, H. / Ohto, U. / Shibata, T. / Miyake, K. / Shimizu, T.
履歴
登録2012年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_biol
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 8
B: Toll-like receptor 8
C: Toll-like receptor 8
D: Toll-like receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,31843
ポリマ－371,3414
非ポリマー14,97739
水16,123895
1
A: Toll-like receptor 8
D: Toll-like receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,27022
ポリマ－185,6712
非ポリマー7,59920
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14410 Å2
ΔGint72 kcal/mol
Surface area61340 Å2
手法PISA
2
B: Toll-like receptor 8
C: Toll-like receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,04921
ポリマ－185,6712
非ポリマー7,37819
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14430 Å2
ΔGint71 kcal/mol
Surface area61550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.470, 138.870, 169.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Toll-like receptor 8


分子量: 92835.367 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 27-827 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLR8, UNQ249/PRO286 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: Q9NR97

-
糖 , 3種, 27分子

#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 907分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-RX8 / 1-[4-amino-2-(ethoxymethyl)-1H-imidazo[4,5-c]quinolin-1-yl]-2-methylpropan-2-ol / R848, Resiquimod / R-848


分子量: 314.382 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22N4O2 / コメント: 抗ウイルス剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 895 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 14%(w/v) PEG3350, 0.1M MES, 0.15M ammonium sulfate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→59.26 Å / Num. obs: 159473 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 41.27 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 9.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→45.075 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8167 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2391 7995 5.01 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.1982 159443 93.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.03 Å2 / Biso mean: 43.7859 Å2 / Biso min: 5.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→45.075 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24143 0 986 895 26024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00625720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27734959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1054153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.5629830
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.33-2.35340.35641890.30743931412072
2.3534-2.38110.3752210.29934054427575
2.3811-2.41020.33812090.28684214442377
2.4102-2.44070.32362170.27034270448780
2.4407-2.47280.31192280.26514480470882
2.4728-2.50670.30372460.25744561480785
2.5067-2.54250.32022260.25874698492486
2.5425-2.58040.31052620.25644734499688
2.5804-2.62070.33232840.24884877516190
2.6207-2.66370.27942480.24064891513991
2.6637-2.70960.29882720.23395042531493
2.7096-2.75890.27772520.23175048530094
2.7589-2.81190.27432780.21275212549096
2.8119-2.86930.27532620.22055237549997
2.8693-2.93170.26862630.22745282554598
2.9317-2.99990.28142520.2285367561998
2.9999-3.07490.28122590.22135369562898
3.0749-3.1580.24872820.22135367564999
3.158-3.25090.2793230.219553205643100
3.2509-3.35580.25413100.20954185728100
3.3558-3.47570.2473050.200154135718100
3.4757-3.61480.2573150.189353715686100
3.6148-3.77930.21292650.169754415706100
3.7793-3.97840.19722820.16154315713100
3.9784-4.22750.19923170.158653845701100
4.2275-4.55360.19952920.152954495741100
4.5536-5.01130.19282870.158954155702100
5.0113-5.73520.20923040.166254305734100
5.7352-7.2210.20852960.182554745770100
7.221-45.08310.20842490.19385268551794
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.6321 Å / Origin y: -23.6671 Å / Origin z: 41.2484 Å
111213212223313233
T0.1696 Å20.0258 Å20.0025 Å2-0.1805 Å2-0.0774 Å2--0.0472 Å2
L0.377 °20.4121 °2-0.2407 °2-1.2094 °2-0.7035 °2--0.5347 °2
S-0.0895 Å °0.1438 Å °-0.0753 Å °-0.3815 Å °0.1092 Å °-0.0921 Å °0.192 Å °-0.0892 Å °-0.0099 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA31 - 818
2X-RAY DIFFRACTION1allD - A900 - 1032
3X-RAY DIFFRACTION1allB31 - 818
4X-RAY DIFFRACTION1allC - B900 - 1032
5X-RAY DIFFRACTION1allC31 - 818
6X-RAY DIFFRACTION1allB - C900 - 1032
7X-RAY DIFFRACTION1allD31 - 818
8X-RAY DIFFRACTION1allD900 - 1032
9X-RAY DIFFRACTION1allC - A1 - 1019
10X-RAY DIFFRACTION1allD - A1 - 1369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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