PDB-3w34: Ternary complex of Thermus thermophilus HB8 uridine-cytidine kina...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3w34

タイトル

Ternary complex of Thermus thermophilus HB8 uridine-cytidine kinase with substrates

要素

Uridine kinase

キーワード

TRANSFERASE / kinase / nucleoside

機能・相同性

機能・相同性情報

uridine/cytidine kinase / CTP salvage / uridine kinase activity / cytidine kinase activity / UMP salvage / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Tomoike, F. / Nakagawa, N. / Masui, R. / Kuramitsu, S.

引用

ジャーナル: Protein J. / 年: 2015
タイトル: Structural and Biochemical Studies on the Reaction Mechanism of Uridine-Cytidine Kinase
著者: Tomoike, F. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Masui, R.

履歴

登録	2012年12月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3w34.cif.gz	100.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3w34.ent.gz	75.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3w34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3w34_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3w34_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3w34_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	3w34_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/3w34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/3w34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3w8r-d 2wwh-2 2wwf-2 1uj2-d 1xiw-1 3asz-d 2bww-d 3beb-d 6kto-d 4a63-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uridine kinase

B: Uridine kinase

ヘテロ分子

48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.730, 126.952, 61.726
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Uridine kinase / Cytidine monophosphokinase / Uridine monophosphokinase 分子量: 23709.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: udk, TTHA0578 / プラスミド: pET 11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q5SKR5, uridine/cytidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-CTN / 4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE / CYTIDINE / シチジン分子量: 243.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₃O₅
#3: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.68 % / Mosaicity: 0.772 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 50% of No 46 (0.1M sodium chloride, 0.1M BICINE, pH 9.0, 20% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 550) from Crystal Screen 2 (Hampton Research), VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.91→24 Å / Num. obs: 42233 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Χ²: 1.447 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.91-1.93	6.7	0.528	2074	0.962	1	100
1.93-1.97	6.7	0.432	2082	0.847	1	100
1.97-2.01	6.7	0.363	2103	0.854	1	100
2.01-2.05	6.7	0.312	2095	0.874	1	99.9
2.05-2.09	6.7	0.273	2082	1.002	1	100
2.09-2.14	6.8	0.214	2111	0.896	1	99.7
2.14-2.19	6.7	0.187	2085	0.95	1	99.7
2.19-2.25	6.7	0.172	2085	1.272	1	100
2.25-2.32	6.7	0.138	2069	1.094	1	99.5
2.32-2.39	6.7	0.126	2095	1.094	1	99.7
2.39-2.48	6.7	0.113	2126	1.129	1	99.5
2.48-2.58	6.8	0.095	2081	1.212	1	99.7
2.58-2.7	6.8	0.086	2122	1.298	1	99.5
2.7-2.84	6.8	0.073	2082	1.363	1	98.8
2.84-3.01	6.8	0.067	2101	1.59	1	98.9
3.01-3.25	6.8	0.067	2112	2.119	1	98.1
3.25-3.57	6.7	0.064	2108	2.893	1	98.3
3.57-4.09	6.6	0.06	2140	3.323	1	98.7
4.09-5.14	7	0.041	2174	2.313	1	99.9
5.14-24	6.7	0.031	2306	1.732	1	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.91→24 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2434	4251	9.8 %
R_work	0.2093	37933	-
obs	-	42184	97.3 %

溶媒の処理

B_sol: 27.7672 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 140.03 Å² / B_iso mean: 27.4543 Å² / B_iso min: 9.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.546 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3268	0	60	201	3529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.786	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.996	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.486	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.304	2.4

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 49

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.91-1.93	0.3307	66	0.2395	682	748
1.93-1.94	0.3297	96	0.2696	746	842
1.94-1.95	0.308	88	0.2596	767	855
1.95-1.97	0.2876	86	0.2519	775	861
1.97-1.98	0.3075	76	0.255	769	845
1.98-2	0.3008	86	0.2528	763	849
2-2.01	0.2764	93	0.2261	782	875
2.01-2.03	0.2409	79	0.2157	743	822
2.03-2.05	0.2732	100	0.2248	762	862
2.05-2.06	0.2805	81	0.2262	783	864
2.06-2.08	0.2898	92	0.2282	756	848
2.08-2.1	0.2705	87	0.2333	763	850
2.1-2.12	0.2476	91	0.2031	764	855
2.12-2.14	0.2872	97	0.2143	758	855
2.14-2.16	0.2484	107	0.2166	749	856
2.16-2.18	0.2618	89	0.2131	761	850
2.18-2.2	0.2187	87	0.1855	790	877
2.2-2.23	0.2349	90	0.205	738	828
2.23-2.25	0.2717	91	0.2106	771	862
2.25-2.28	0.2604	78	0.2217	783	861
2.28-2.3	0.2898	68	0.2087	792	860
2.3-2.33	0.2193	83	0.2062	752	835
2.33-2.36	0.2694	91	0.1982	791	882
2.36-2.39	0.2454	98	0.2123	743	841
2.39-2.43	0.2158	85	0.2081	773	858
2.43-2.46	0.3003	96	0.2307	762	858
2.46-2.5	0.2362	70	0.2202	798	868
2.5-2.54	0.2419	82	0.2067	759	841
2.54-2.58	0.2246	75	0.2078	806	881
2.58-2.62	0.2153	82	0.1951	757	839
2.62-2.67	0.2456	99	0.2106	775	874
2.67-2.72	0.2695	80	0.2252	774	854
2.72-2.78	0.2737	80	0.2265	775	855
2.78-2.84	0.2214	89	0.2129	762	851
2.84-2.9	0.2274	80	0.2095	781	861
2.9-2.98	0.2827	94	0.2298	756	850
2.98-3.06	0.2533	103	0.2326	746	849
3.06-3.15	0.2528	81	0.2228	786	867
3.15-3.25	0.2389	99	0.2272	761	860
3.25-3.36	0.2603	65	0.2198	792	857
3.36-3.5	0.2592	87	0.2114	755	842
3.5-3.66	0.1986	85	0.2024	800	885
3.66-3.85	0.2466	85	0.1845	787	872
3.85-4.09	0.2561	78	0.1874	791	869
4.09-4.4	0.1908	79	0.1689	818	897
4.4-4.84	0.1924	91	0.1685	789	880
4.84-5.53	0.224	87	0.1982	817	904
5.53-6.94	0.2317	91	0.2251	832	923
6.94-24	0.2257	100	0.2081	862	962

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein.param
X-RAY DIFFRACTION	2	water.param
X-RAY DIFFRACTION	3	ctn.param
X-RAY DIFFRACTION	4	acp.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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