PDB-3w2x: Crystal structure of DNA uridine endonuclease Mth212

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3w2x

タイトル

Crystal structure of DNA uridine endonuclease Mth212

要素

Exodeoxyribonuclease

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta-sandwich / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease activity / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Tabata, N. / Shida, T. / Arai, R.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of DNA uridine endonuclease Mth212
著者: Tabata, N. / Shida, T. / Arai, R.

履歴

登録	2012年12月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3w2x.cif.gz	125.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3w2x.ent.gz	97.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3w2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3w2x_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3w2x_full_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示
XML形式データ	3w2x_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	3w2x_validation.cif.gz	18.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/3w2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/3w2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w2yC 3fziS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6rug-d 3f67-d 6ql3-d 6yzq-d 5lyo-2 1f0p-d 6yzn-d 4qiy-4 6yzo-d 3s75-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (3) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (3) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Exodeoxyribonuclease

ヘテロ分子

30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.481, 61.481, 132.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Exodeoxyribonuclease 分子量: 30671.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 株: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H 遺伝子: MTH212, MTH_212 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O26314, exodeoxyribonuclease III
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.9 % / Mosaicity: 0.621 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10% PEG3350, 50mM Magnesium formate dihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月19日

放射

モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 36324 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 1.006 / Net I/σ(I): 13.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.6-1.66	11	0.598	4.8	3752	0.918	100
1.66-1.72	11.2	0.437	6.8	3723	0.949	100
1.72-1.8	11.2	0.357	8.7	3737	0.995	100
1.8-1.9	10.7	0.357	8.1	3725	1.141	100
1.9-2.02	11.1	0.171	13.5	3728	1.068	100
2.02-2.17	11.3	0.098	25.2	3743	1	100
2.17-2.39	10.2	0.092	18.4	3609	1.022	96.4
2.39-2.74	11.3	0.057	37.3	3728	0.971	100
2.74-3.45	11	0.051	35.9	3752	0.987	99.9
3.45-50	7.7	0.049	23.2	2827	1.027	74.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FZI

3fzi

解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.707 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2387	1778	5 %	RANDOM
R_work	0.2131	-	-	-
obs	0.2144	35667	95.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 48.72 Å² / B_iso mean: 29.457 Å² / B_iso min: 5.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.83 Å²	0.41 Å²	0 Å²
2-	-	0.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2137	0	10	187	2334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2211
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.228	1.941	2978
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.45	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.82	22.81	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.821	15	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.275	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.505	1.5	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.878	2	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.441	3	933
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.177	4.5	915

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	145	-
R_work	0.23	2629	-
all	-	2774	-
obs	-	2774	99.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7535	-0.4287	0.1043	1.7783	0.0673	2.5123	0.0787	-0.0582	-0.1547	-0.1494	-0.0432	0.2494	0.0884	-0.107	-0.0355	0.1257	-0.0236	-0.0429	0.0982	-0.0029	0.1561	-40.23	4.567	18.3468
2	1.2887	-1.0021	-0.811	2.4236	0.3246	3.2122	0.0521	-0.0203	-0.1985	-0.1901	-0.0263	0.2822	0.0928	-0.1611	-0.0258	0.1392	-0.0108	-0.0452	0.1277	-0.009	0.1714	-39.8566	8.3152	17.1073
3	9.1012	-1.3765	-1.5443	3.4251	-0.6303	8.4015	0.3614	1.1374	-0.6027	-0.9931	-0.1892	0.527	0.2449	-0.8216	-0.1722	0.3605	0.0537	-0.2117	0.2109	-0.0893	0.1688	-44.1715	8.4299	5.2263
4	3.2957	-0.8375	-0.699	2.4925	0.2007	3.1117	0.0873	0.194	-0.0908	-0.3974	-0.1024	0.0553	0.1342	0.0367	0.0151	0.2193	0.0081	-0.028	0.1296	-0.0068	0.1147	-36.0625	12.4048	8.6273
5	0.8975	-0.6011	0.5143	1.9494	-0.6363	1.1871	0.0325	0.1103	0.1031	-0.2125	-0.1355	-0.1788	-0.0293	0.2051	0.1031	0.1382	-0.006	0.0144	0.154	0.0082	0.1314	-29.241	17.0084	12.6681
6	5.3567	4.9777	4.3797	8.4967	0.7957	6.361	-0.1616	-0.282	0.3958	0.3706	-0.0771	0.4227	-0.564	-0.3814	0.2387	0.179	-0.0091	-0.0251	0.1195	-0.0374	0.1329	-35.505	24.2783	22.6618
7	2.0713	-0.9514	0.3253	2.5688	-0.1823	2.2846	0.022	0.2181	-0.002	-0.2254	-0.1936	-0.4562	0.1037	0.494	0.1717	0.0618	-0.0205	0.0423	0.2117	0.0577	0.1648	-17.4709	10.6771	17.0965
8	1.4819	-0.6536	0.2276	3.7189	0.1973	0.7907	-0.0868	-0.0128	0.2671	-0.0055	-0.0784	-0.2635	-0.2317	0.1481	0.1653	0.1564	-0.0633	-0.0504	0.1418	-0.001	0.1486	-24.9383	20.4821	23.9294
9	2.6932	0.1493	0.0445	3.0036	-0.6772	2.8836	-0.0265	-0.0217	-0.1944	0.1373	-0.1838	-0.4414	0.213	0.4479	0.2104	0.0671	0.0044	-0.0481	0.2004	0.0392	0.1678	-17.2567	-1.6804	31.4457
10	0.9071	-1.165	-0.3587	6.8529	0.3778	2.5171	0.0231	-0.1178	0.0649	0.1933	-0.3055	-0.5872	-0.2404	0.4267	0.2825	0.0416	-0.0749	-0.0726	0.2099	0.0614	0.2087	-15.8856	11.1979	28.5515
11	0.587	-0.2606	0.2263	2.7289	-0.3839	0.9506	-0.0577	-0.0246	-0.0103	0.0918	0.0324	-0.066	0.0229	0.0595	0.0253	0.1425	-0.019	-0.0184	0.1656	-0.0048	0.1335	-28.108	2.2736	29.9968
12	1.0437	-0.3987	0.7849	3.9066	0.4912	2.4256	-0.0567	-0.2138	-0.0271	0.2118	0.1044	0.2477	-0.0007	-0.1068	-0.0478	0.1034	-0.0239	-0.0099	0.1519	0.003	0.1324	-35.6733	7.9647	29.3238
13	15.9492	-3.154	-1.4757	23.8608	2.889	6.5256	-0.1836	-0.475	0.9826	-0.1327	-0.0839	-0.0972	-0.603	-1.6572	0.2676	0.1624	0.1632	-0.0103	0.4804	-0.1248	0.107	-40.6989	20.2076	32.9463

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	26 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	44 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	54 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	68 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	102 - 107
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	108 - 135
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	136 - 154
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	155 - 170
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	171 - 189
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	190 - 229
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	230 - 253
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	254 - 257

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)