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- PDB-3w1w: Protein-drug complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w1w
タイトルProtein-drug complex
要素Ferrochelatase, mitochondrial
キーワードLYASE / heme synthesis inhibition / FERROCHELATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protoporphyrinogen IX metabolic process / regulation of hemoglobin biosynthetic process / detection of UV / iron-responsive element binding / response to platinum ion / protoporphyrin ferrochelatase / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / ferrochelatase activity / very-low-density lipoprotein particle assembly ...protoporphyrinogen IX metabolic process / regulation of hemoglobin biosynthetic process / detection of UV / iron-responsive element binding / response to platinum ion / protoporphyrin ferrochelatase / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / ferrochelatase activity / very-low-density lipoprotein particle assembly / heme B biosynthetic process / response to methylmercury / response to arsenic-containing substance / response to insecticide / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / response to light stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / cholesterol metabolic process / Mitochondrial protein degradation / erythrocyte differentiation / generation of precursor metabolites and energy / ferrous iron binding / response to lead ion / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to ethanol / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / heme binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Ferrochelatase / Ferrochelatase, active site / Ferrochelatase, C-terminal / Ferrochelatase, N-terminal / Ferrochelatase / Ferrochelatase signature. / Rossmann fold - #1400 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLIC ACID / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / Ferrochelatase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.006 Å
データ登録者Ishii, R. / Gupta, V. / Yamaguchi, Y. / Handa, H. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2013
タイトル: Salicylic Acid induces mitochondrial injury by inhibiting ferrochelatase heme biosynthesis activity
著者: Gupta, V. / Liu, S. / Ando, H. / Ishii, R. / Tateno, S. / Kaneko, Y. / Yugami, M. / Sakamoto, S. / Yamaguchi, Y. / Nureki, O. / Handa, H.
履歴
登録2012年11月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrochelatase, mitochondrial
B: Ferrochelatase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,17915
ポリマ－85,2962
非ポリマー3,88213
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10640 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area27740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.531, 93.627, 110.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ferrochelatase, mitochondrial / Heme synthase / Protoheme ferro-lyase


分子量: 42648.051 Da / 分子数: 2 / 変異: R115L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FECH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22830, EC: 4.99.1.1

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非ポリマー , 5種, 430分子

#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#4: 化合物 ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1M PCB, 10% PEG1500, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月3日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator , Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 61183 / Num. obs: 60939 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 6.14 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HRC

2hrc


解像度: 2.006→34.281 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2294 3079 5.06 %5%
Rwork0.191 ---
obs0.193 60798 99.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.079 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0331 Å2-0 Å20 Å2
2---0.1677 Å20 Å2
3---0.2008 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.006→34.281 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5776 0 258 417 6451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3368398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4272319
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09957
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051047
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.006-2.0370.29871270.2275235990
2.037-2.07040.26731380.2119257499
2.0704-2.10610.25121410.2082254899
2.1061-2.14440.23541420.1988261199
2.1444-2.18560.25561270.2074260099
2.1856-2.23020.2531320.2069261199
2.2302-2.27870.27741400.2112257599
2.2787-2.33170.24521350.20472623100
2.3317-2.390.27181390.19312615100
2.39-2.45460.25551470.19692626100
2.4546-2.52680.23771290.19142624100
2.5268-2.60830.27771390.19572652100
2.6083-2.70150.24721370.20762613100
2.7015-2.80960.24541570.19892621100
2.8096-2.93740.21821330.20672669100
2.9374-3.09220.25351440.19492616100
3.0922-3.28580.19641570.1962657100
3.2858-3.53930.23841370.19112660100
3.5393-3.8950.23191370.17912691100
3.895-4.45760.19491430.15652684100
4.4576-5.61210.20131500.16672713100
5.6121-34.28580.18151480.1949277797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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