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- PDB-3w05: Crystal structure of Oryza sativa DWARF14 (D14) in complex with PMSF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w05
タイトルCrystal structure of Oryza sativa DWARF14 (D14) in complex with PMSF
要素Dwarf 88 esterase
キーワードSIGNALING PROTEIN / STRIGOLACTONE SIGNALING / ALPHA/BETA HYDROLASE / STRIGOLACTONE Hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
phenylmethanesulfonic acid / Strigolactone esterase D14
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLREP / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Kagiyama, M. / Hirano, Y. / Mori, T. / Kim, S.Y. / Kyozuka, J. / Seto, Y. / Yamaguchi, S. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: Genes Cells / 年: 2013
タイトル: Structures of D14 and D14L in the strigolactone and karrikin signaling pathways
著者: Kagiyama, M. / Hirano, Y. / Mori, T. / Kim, S.Y. / Kyozuka, J. / Seto, Y. / Yamaguchi, S. / Hakoshima, T.
履歴
登録2012年10月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dwarf 88 esterase
B: Dwarf 88 esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,16211
ポリマ－58,3832
非ポリマー7799
水7,764431
1
A: Dwarf 88 esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6126
ポリマ－29,1921
非ポリマー4205
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dwarf 88 esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5505
ポリマ－29,1921
非ポリマー3584
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.300, 88.518, 118.884
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dwarf 88 esterase / Hydrolase / alpha/beta fold family protein / expressed / Os03g0203200 protein


分子量: 29191.555 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 55-318 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: D88, LOC_Os03g10620, Os03g0203200 / プラスミド: PET47B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3) / 参照: UniProt: Q10QA5
#2: 化合物 ChemComp-PMS / phenylmethanesulfonic acid / ベンゼンメタンスルホン酸


分子量: 172.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O3S
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 8% PEG6000, 5% MPD, 0.1M Na-HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator , Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. all: 70618 / Num. obs: 69842 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.095
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 3 % / Num. unique all: 6484 / Rsym value: 0.493 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: MOLREP
開始モデル: 1WOM

1wom


解像度: 1.58→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.096 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19434 3501 5 %RANDOM
Rwork0.16622 ---
obs0.16763 66026 98.46 %-
all-70614 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.551 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4086 0 48 431 4565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224385
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.9655994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8185574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.25522.083192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12615688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7771544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7891.52737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.78724445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.33431648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4524.51534
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 253 -
Rwork0.232 4445 -
obs-4698 91.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.440.1027-0.08870.425-0.0170.478-0.0541-0.04110.0312-0.01110.0404-0.00110.01190.01040.01360.00780.0098-0.00330.029-0.00560.0242-18.525914.8312-18.4063
20.2883-0.07820.06540.6649-0.16790.51550.02960.02970-0.0998-0.02610.00250.09490.0042-0.00350.03580.0086-0.00480.0101-0.00460.0034-33.1848-8.92948.5619
30.07440.0946-0.04830.1859-0.17410.4014-0.00790.00970.0019-0.02910.0177-0.00560.05810.0076-0.00980.02720.01460.00220.0165-0.00430.0189-24.81083.623-7.2421
40.79120.0490.00610.12990.12210.1169-0.0010.01890.02160.05010.0294-0.01220.04580.0415-0.02830.06190.03430.00540.0817-0.04560.0396-27.1910.7032-4.6171
50.09260.1661-0.15230.6239-0.51170.49230.0542-0.00260.02810.00090.0470.1470.04160.0099-0.10120.10770.0189-0.00480.05540.00890.0527-27.97552.2993-7.3628
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A55 - 318
2X-RAY DIFFRACTION2B55 - 318
3X-RAY DIFFRACTION3A501 - 728
4X-RAY DIFFRACTION3B501 - 703
5X-RAY DIFFRACTION4A401
6X-RAY DIFFRACTION4B401
7X-RAY DIFFRACTION5A402 - 405
8X-RAY DIFFRACTION5B402 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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