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Yorodumi- PDB-3vza: Crystal structure of the chicken Spc24-Spc25 globular domain in c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vza | ||||||
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Title | Crystal structure of the chicken Spc24-Spc25 globular domain in complex with CENP-T peptide | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / RWD domain / kinetochore component / chromosome segregation / Ndc80 complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Mitotic Prometaphase / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / kinetochore => GO:0000776 / Ndc80 complex / kinetochore assembly ...Mitotic Prometaphase / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / kinetochore => GO:0000776 / Ndc80 complex / kinetochore assembly / chromosome segregation / kinetochore / mitotic cell cycle / cell cycle / protein heterodimerization activity / cell division / DNA binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.898 Å | ||||||
Authors | Nishino, T. / Fukagawa, T. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2013 Title: CENP-T provides a structural platform for outer kinetochore assembly Authors: Nishino, T. / Rago, F. / Hori, T. / Tomii, K. / Cheeseman, I.M. / Fukagawa, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3vza.cif.gz | 165.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3vza.ent.gz | 131.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3vza.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vza | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3vz9SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 12466.171 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RWD domain, globular domain, UNP residues 132-234 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: SPC25 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1C4Y2 #2: Protein | Mass: 8455.313 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RWD domain, globular domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: R4GRT4*PLUS #3: Protein/peptide | Mass: 4421.001 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: CENP-T Spc24-25 interacting region, residues 63-98 Mutation: T72D, S88D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: CENPT / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: F1NPG5 #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN D, C DOES NOT CURRENTLY EXIST. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.02M Na/K phosphate, 0.1M Bis Tris propane, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL38B1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 5, 2011 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.898→50 Å / Num. all: 36984 / Num. obs: 36934 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 26.09 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 30.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.55 / Rsym value: 0.536 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3vz9 Resolution: 1.898→30.409 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8737 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.97 / Phase error: 20.37 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.654 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 133.01 Å2 / Biso mean: 35.375 Å2 / Biso min: 11.14 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.898→30.409 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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