PDB-3vza: Crystal structure of the chicken Spc24-Spc25 globular domain in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vza

タイトル

Crystal structure of the chicken Spc24-Spc25 globular domain in complex with CENP-T peptide

要素

Centromere protein Tセントロメア
Spc24 protein
Uncharacterized protein

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) / RWD domain /

kinetochore component (動原体) /

chromosome segregation /

Ndc80 complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Mitotic Prometaphase / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / kinetochore => GO:0000776 /

Ndc80 complex /

kinetochore assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.898 Å

データ登録者

Nishino, T. / Fukagawa, T.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: CENP-T provides a structural platform for outer kinetochore assembly
著者: Nishino, T. / Rago, F. / Hori, T. / Tomii, K. / Cheeseman, I.M. / Fukagawa, T.

履歴

登録	2012年10月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vza.cif.gz	165.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vza.ent.gz	131.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vza.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vza	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3vz9SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o1e-2 3n7t-d 5g4n-2 4hl2-1 2ybg-4 5bxv-1 2aky-d 4iby-1 6ex7-2 3hbk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Uncharacterized protein

D: Spc24 protein

A: Uncharacterized protein

C: Spc24 protein

E: Centromere protein T

F: Centromere protein T

50.7 kDa, 6 ポリマー
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1

B: Uncharacterized protein

D: Spc24 protein

F: Centromere protein T

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.3 kDa, 3 ポリマー
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2

A: Uncharacterized protein

C: Spc24 protein

E: Centromere protein T

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.3 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.321, 61.321, 111.275
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 134:231 )
2	1	CHAIN A AND (RESSEQ 134:231 )
1	2	CHAIN D AND (RESSEQ 134:195 )
2	2	CHAIN C AND (RESSEQ 134:195 )
1	3	CHAIN E AND (RESSEQ 63:93 )
2	3	CHAIN F AND (RESSEQ 63:93 )

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	LYS	LYS	CHAIN B AND (RESSEQ 134:231 )	B	A	134 - 231	5 - 102
2	1	ARG	ARG	LYS	LYS	CHAIN A AND (RESSEQ 134:231 )	A	C	134 - 231	5 - 102
1	2	ALA	ALA	TRP	TRP	CHAIN D AND (RESSEQ 134:195 )	D	B	134 - 195	12 - 73
2	2	ALA	ALA	TRP	TRP	CHAIN C AND (RESSEQ 134:195 )	C	D	134 - 195	12 - 73
1	3	ASN	ASN	GLN	GLN	CHAIN E AND (RESSEQ 63:93 )	E	E	63 - 93	3 - 33
2	3	ASN	ASN	GLN	GLN	CHAIN F AND (RESSEQ 63:93 )	F	F	63 - 93	3 - 33

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Uncharacterized protein / Spc25 protein 分子量: 12466.171 Da / 分子数: 2 / 断片: RWD domain, globular domain, UNP residues 132-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SPC25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1C4Y2
#2: タンパク質	Spc24 protein / 分子量: 8455.313 Da / 分子数: 2 / 断片: RWD domain, globular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R4GRT4*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド	Centromere protein T / セントロメア / CENP-T 分子量: 4421.001 Da / 分子数: 2 / 断片: CENP-T Spc24-25 interacting region, residues 63-98 / Mutation: T72D, S88D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CENPT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1NPG5
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN D, C DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.02M Na/K phosphate, 0.1M Bis Tris propane, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月5日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.898→50 Å / Num. all: 36984 / Num. obs: 36934 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.09 Å² / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 30.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.55 / R_sym value: 0.536 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3vz9

3vz9

解像度: 1.898→30.409 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8737 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	1994	5.4 %	random
R_work	0.1669	-	-	-
all	0.1695	36934	-	-
obs	0.1695	36934	99.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.654 Å² / k_sol: 0.347 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.01 Å² / B_iso mean: 35.375 Å² / B_iso min: 11.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1906 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1906 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.6568 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.898→30.409 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3175	0	0	357	3532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.022	3253
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.923	4402
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.146	471
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	572
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.548	1224

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	B	820	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.093
1	2	A	820	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.093
2	1	D	516	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
2	2	C	516	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
3	1	E	247	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.082
3	2	F	247	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.082

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8982-1.9457	0.2337	140	0.2214	2455	2595	100
1.9457-1.9983	0.2451	144	0.2015	2548	2692	100
1.9983-2.0571	0.1917	145	0.18	2471	2616	100
2.0571-2.1234	0.2126	144	0.1664	2511	2655	100
2.1234-2.1993	0.2136	144	0.1733	2490	2634	100
2.1993-2.2873	0.2306	148	0.1643	2519	2667	100
2.2873-2.3914	0.2644	134	0.1705	2459	2593	100
2.3914-2.5174	0.1668	152	0.1694	2496	2648	100
2.5174-2.6751	0.2238	143	0.171	2527	2670	100
2.6751-2.8815	0.2453	139	0.1754	2470	2609	100
2.8815-3.1712	0.2288	144	0.1664	2526	2670	100
3.1712-3.6294	0.2077	138	0.1629	2508	2646	100
3.6294-4.5701	0.1863	141	0.1402	2496	2637	100
4.5701-30.4127	0.2293	138	0.1749	2464	2602	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0431	0.949	-1.3974	1.7965	1.0296	5.5499	0.0564	-0.2669	-1.034	0.6351	-0.0677	-0.2537	0.8591	0.0734	0.2176	0.4315	-0.1497	-0.0567	0.3548	0.1573	0.4949	2.6185	-2.8226	21.6963
2	1.7902	0.4049	0.2613	2.0698	-0.3087	0.4301	-0.0626	-0.069	-0.0794	-0.0182	-0.0842	-0.1434	0.0212	0.0558	0.0311	0.2764	-0.1908	0.0473	0.2169	0.0554	0.2161	-2.1692	7.0165	21.4578
3	4.1744	2.5292	-0.6433	5.0958	-1.1565	0.7073	0.1242	-0.3372	0.0167	0.2345	-0.027	0.0538	-0.1756	-0.0873	-0.0316	0.2784	-0.1284	0.0581	0.2344	-0.0236	0.153	-12.1411	7.0679	23.7746
4	5.0718	2.1015	-1.1045	6.4317	3.4091	8.1859	0.1087	-0.2743	0.2852	0.1902	-0.0952	0.186	-0.2935	0.1404	-0.0164	0.5832	-0.2536	0.085	0.4741	-0.1197	0.2471	-0.1008	19.5724	29.585
5	3.6408	3.0785	3.8626	3.8335	1.8271	5.7791	0.4308	-0.475	0.2017	0.5861	-0.334	0.2096	0.0488	-0.0123	-0.1063	0.3845	-0.1778	0.1124	0.2348	-0.0608	0.2407	-10.0807	14.8019	25.4803
6	2.1558	1.2023	0.2624	1.7768	0.4701	1.7294	-0.0297	0.0018	0.3156	-0.2537	0.0627	0.4158	-0.2936	-0.0922	-0.0169	0.2938	-0.0799	0.0075	0.1205	-0.0094	0.2487	-16.5633	12.4515	12.5537
7	6.0792	3.6516	-1.426	6.1016	-0.1371	3.6122	0.1151	-0.5265	-0.8356	0.2102	-0.2829	-0.8897	0.2476	0.4033	0.1211	0.296	-0.098	0.0582	0.159	0.0576	0.3733	5.1329	2.4022	14.73
8	5.4173	2.6736	0.123	5.5304	1.3993	4.584	-0.3946	0.6572	0.3278	-0.5113	-0.0373	-0.2137	-0.4523	0.6794	0.3997	0.2896	-0.0457	0.0797	0.2011	0.0951	0.3245	8.7991	8.5813	7.2896
9	3.7882	1.8133	0.6839	4.1314	-0.6516	3.0251	0.1616	-0.2868	-0.0498	0.3491	-0.2463	-0.3472	-0.1093	0.3488	-0.0192	0.3029	-0.2103	0.0877	0.1565	-0.0157	0.2354	3.8551	15.1403	16.4981
10	7.8893	3.9075	-2.049	8.3347	0.7184	5.9924	-0.2868	0.7286	-0.1164	-0.7406	0.2507	0.86	0.0955	-0.6412	0.1451	0.5175	-0.0777	-0.1838	0.2462	-0.0291	0.3963	-33.4004	-16.3602	-0.0702
11	0.4153	-0.1985	-0.2662	2.7019	1.6075	1.2162	-0.0332	0.0631	-0.0181	-0.011	-0.0271	0.1544	0.0191	0.0605	0.0392	0.3622	-0.0799	-0.0035	0.1151	-0.0639	0.1794	-22.1856	-24.2448	-1.3584
12	3.8217	2.5048	0.2318	8.6298	-0.9166	1.3427	-0.0302	0.2864	0.1237	-0.619	0.2011	-0.0288	0.0048	0.1079	-0.1043	0.3397	-0.105	0.0613	0.1836	-0.0333	0.1527	-17.3243	-21.0448	-1.2613
13	2.2518	0.9772	-2.7927	2.2485	-2.0099	5.0213	-0.0134	-0.0728	0.0511	-0.2519	-0.0174	-0.221	-0.2806	0.3384	0.0501	0.7177	-0.2172	0.118	0.335	-0.0068	0.2675	-13.3858	-9.0258	-7.7352
14	1.1192	1.9187	-1.4891	8.4296	-5.9833	5.7002	-0.0435	0.0757	-0.0175	-0.6665	0.1794	-0.1105	0.1716	-0.0131	-0.1129	0.2989	-0.0825	0.0598	0.1452	-0.0435	0.1869	-14.3961	-26.3305	1.8065
15	2.5165	1.3075	-1.0166	3.4182	-1.7091	3.5154	0.1189	-0.1671	-0.4115	-0.0477	-0.2015	-0.6165	-0.0507	0.4547	0.1234	0.2299	-0.0867	0.0218	0.2052	-0.027	0.3168	-9.1068	-27.9412	7.3819
16	1.487	0.8396	-0.3485	3.3338	-0.9748	1.3053	0.1454	-0.1732	-0.0264	0.2283	-0.1335	-0.301	-0.0652	0.0924	0.1947	0.3078	-0.22	0.0357	0.135	-0.0013	0.1894	-13.3443	-21.1786	12.3285
17	3.1627	1.8703	-0.7533	8.732	1.9605	2.7508	-0.014	0.1528	0.4428	-0.6674	-0.1517	1.1704	-0.2867	-0.3668	0.0749	0.2914	-0.1125	-0.019	0.1679	-0.071	0.3756	-31.1463	-12.0548	7.1748
18	3.2423	0.9463	-0.3054	6.6595	-0.7597	4.3761	-0.2099	-0.4216	0.4204	0.6599	-0.2479	-0.0178	-0.7648	-0.0707	0.4602	0.2861	-0.0642	-0.0605	0.2254	-0.1276	0.358	-27.6302	-5.7913	14.6154
19	8.1629	6.2297	1.4026	6.3781	-0.97	8.0579	0.0071	0.4635	0.7373	-1.1063	0.0855	0.3777	-1.2214	-0.4803	-0.1357	0.6501	-0.041	-0.0754	0.2795	0.0675	0.2827	-23.0865	-1.1415	-2.4323
20	1.2773	0.8178	0.5176	1.8885	0.2422	0.3993	-0.0582	-0.0027	0.1166	-0.0328	-0.0246	0.0163	-0.0574	-0.0055	-0.0038	0.3313	-0.1812	0.0696	0.1137	-0.0859	0.2388	-17.751	-9.494	9.1456

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN B AND (RESSEQ 134:147)	B	134 - 147
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND (RESSEQ 148:153)	B	148 - 153
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESSEQ 154:169)	B	154 - 169
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 170:174)	B	170 - 174
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 175:179)	B	175 - 179
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 180:223)	B	180 - 223
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN D AND (RESSEQ 137:161)	D	137 - 161
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN D AND (RESSEQ 162:174)	D	162 - 174
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN D AND (RESSEQ 175:195)	D	175 - 195
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESSEQ 135:147)	A	135 - 147
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESSEQ 148:158)	A	148 - 158
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN A AND (RESSEQ 159:169)	A	159 - 169
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN A AND (RESSEQ 170:175)	A	170 - 175
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN A AND (RESSEQ 176:184)	A	176 - 184
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN A AND (RESSEQ 185:206)	A	185 - 206
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN A AND (RESSEQ 207:224)	A	207 - 224
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESSEQ 137:161)	C	137 - 161
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN C AND (RESSEQ 162:174)	C	162 - 174
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN C AND (RESSEQ 175:181)	C	175 - 181
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN C AND (RESSEQ 182:195)	C	182 - 195

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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