PDB-3vyc: Crystal structure of unliganded Saccharomyces cerevisiae CRM1 (Xpo1p)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vyc

タイトル

Crystal structure of unliganded Saccharomyces cerevisiae CRM1 (Xpo1p)

要素

Exportin-1

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / HEAT repeat / nuclear export

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA re-export from nucleus / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / nuclear export signal receptor activity / tRNA export from nucleus / protein localization to kinetochore / U4 snRNA binding / spindle pole body / nuclear export / nuclear import signal receptor activity / MAPK6/MAPK4 signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Saito, N. / Matsuura, Y.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: A 2.1- angstrom -resolution crystal structure of unliganded CRM1 reveals the mechanism of autoinhibition
著者: Saito, N. / Matsuura, Y.

履歴

登録	2012年9月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vyc.cif.gz	408.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vyc.ent.gz	333.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vyc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/3vyc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/3vyc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6b3e-d 3zh8-d 4hzk-1 6db5-d 3vo9-d 3oq5-d 5efq-d 4x7m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (15) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Exportin-1

119 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.782, 116.782, 118.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124 分子量: 118758.406 Da / 分子数: 1 変異: a deletion mutant in which residues 377-413 and 971-984 are deleted 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: CRM1 / プラスミド: pGEX-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P30822
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124

分子量: 118758.406 Da / 分子数: 1
変異: a deletion mutant in which residues 377-413 and 971-984 are deleted
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: CRM1 / プラスミド: pGEX-TEV / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P30822

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.42	63.99
2

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.2M KF, 16% PEG3350, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL41XU	1	1
シンクロトロン	SPring-8	BL41XU	2	0.97896, 0.97927, 0.96405

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RAYONIX MX225HE	1	CCD	2010年7月14日
RAYONIX MX225HE	2	CCD	2010年7月14日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111	SIGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.97896	1
3	0.97927	1
4	0.96405	1

反射

解像度: 2.1→48.34 Å / Num. all: 93284 / Num. obs: 93097 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 2.1→2.21 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
BSS		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→41.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.53 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2166	4716	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1867	-	-	-
obs	0.1882	93065	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 175.29 Å² / B_iso mean: 62.498 Å² / B_iso min: 24.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.68 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7802	0	0	378	8180

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	7943
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.685	1.963	10758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.601	5	969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.496	25.112	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.528	15	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.958	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	5817

LS精密化シェル

解像度: 2.096→2.151 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	326	-
R_work	0.277	6280	-
all	-	6606	-
obs	-	-	96.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1309	0.0631	-0.1444	0.0308	-0.0688	0.1634	0.0825	-0.134	-0.0151	0.0427	-0.0589	-0.013	-0.0849	0.1734	-0.0235	0.2744	-0.0634	-0.2338	0.4018	-0.1575	0.4242	11.3225	-1.8505	1.4027
2	4.1736	-3.2531	-2.0375	5.4829	0.3153	1.797	0.2197	0.44	-0.8336	-1.1833	-0.4031	1.0447	0.5354	-0.1261	0.1835	0.5924	0.1885	-0.3488	0.1788	-0.2542	0.4058	14.8637	5.8534	4.3253
3	0.3016	0.8931	-0.0041	5.2984	0.8503	0.286	0.0327	-0.0391	-0.0777	-0.6643	-0.1938	0.338	-0.2208	0.0088	0.1611	0.5043	0.3557	-0.2913	0.4155	-0.1926	0.2867	18.1497	15.8546	6.2454
4	0.4245	-1.4206	1.3164	23.4662	-0.5972	5.1855	0.0154	-0.1114	-0.3499	0.1998	1.3555	-1.6714	-0.5908	-0.6318	-1.3709	0.2205	0.3774	-0.034	0.7213	-0.2892	0.8153	35.2555	21.5329	14.382
5	3.1305	0.9769	-0.0939	4.4478	1.5064	0.5796	-0.065	0.2316	-0.307	-1.0567	-0.0128	0.3822	-0.3829	0.0404	0.0778	0.6068	0.3471	-0.1407	0.5339	-0.1308	0.1401	20.4593	33.0922	9.4689
6	0.829	-0.2469	0.6161	0.4289	0.3617	1.308	0.1537	0.1878	-0.0518	-0.1943	-0.1432	0.0526	-0.1255	0.0663	-0.0105	0.3691	0.114	0.0585	0.3313	-0.0067	0.2014	20.797	42.9704	26.5347
7	0.6313	-0.1576	0.5365	0.0801	-0.3053	1.741	0.1076	0.0653	-0.0733	-0.0825	0.0034	-0.0173	0.0409	-0.0036	-0.1109	0.2949	0.0545	0.0654	0.2642	-0.0104	0.3012	26.9427	40.8477	46.1871
8	0.4591	-0.4988	0.2856	0.5761	-0.2921	0.4352	-0.0803	-0.1107	-0.0456	0.0836	0.1676	-0.0372	-0.1657	-0.1487	-0.0874	0.2852	0.0682	0.0384	0.292	0.0222	0.311	25.6691	41.4614	65.7124
9	0.2857	-0.3353	-0.0663	1.1773	-0.0736	0.2663	-0.0971	-0.1366	0.0282	0.1323	0.1393	0.0469	-0.027	-0.0487	-0.0422	0.2761	0.028	0.0321	0.3165	0.0031	0.2791	37.399	20.2035	80.4018
10	0.2335	0.3009	-0.2023	0.96	0.2282	0.8159	-0.075	-0.0147	-0.0028	0.0622	-0.0343	0.0173	0.1064	-0.196	0.1094	0.2988	-0.0354	0.0383	0.3369	0.0178	0.2771	34.7866	0.642	70.998
11	0.9855	0.103	0.0577	0.1405	0.386	1.1711	-0.0174	0.0707	-0.0539	0.0486	-0.0319	-0.0033	0.1121	-0.0043	0.0494	0.3179	-0.0095	0.0053	0.2718	-0.0044	0.2646	47.5498	0.0781	61.5177
12	1.1934	-0.0451	-1.9845	0.0022	0.0751	3.3056	-0.1162	-0.102	-0.0623	0.0093	0.0026	0.011	0.1501	0.1819	0.1136	0.3289	-0.0097	0.0019	0.3313	-0.0608	0.2378	54.829	-2.3554	46.0121
13	0.1428	-0.0552	-0.5132	0.2511	0.161	1.8665	0.0479	0.0129	0.0091	0.0493	-0.0168	-0.0032	-0.1153	-0.0246	-0.0311	0.341	-0.0178	0.0162	0.2882	-0.0425	0.2378	54.9497	1.6811	28.9824
14	0.0646	-0.0809	-0.3238	2.2252	1.6714	2.475	0.0138	-0.0177	0.0623	0.0213	0.115	-0.0346	0.1364	0.1543	-0.1288	0.2255	0.1822	0.0293	0.3501	-0.1217	0.3601	43.0962	24.9494	39.2292

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	47 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	111 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	167 - 187
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	188 - 249
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	250 - 356
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	357 - 485
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	486 - 607
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	608 - 727
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	728 - 777
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	778 - 874
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	875 - 930
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	931 - 1037
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	1038 - 1084

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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