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万見
- PDB-3vxt: T36-5 TCR specific for HLA-A24-Nef134-10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vxt
タイトルT36-5 TCR specific for HLA-A24-Nef134-10
要素
  • T36-5 TCR alpha chain
  • T36-5 TCR beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / NEF / T CELL RECEPTOR / IMMUNOGLOBURIN DOMAIN / TCR / IMMUNE RESPONSE
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shimizu, A. / Fukai, S. / Yamagata, A. / Iwamoto, A.
引用ジャーナル: SCI REP / 年: 2013
タイトル: Structure of TCR and antigen complexes at an immunodominant CTL epitope in HIV-1 infection
著者: Shimizu, A. / Kawana-Tachikawa, A. / Yamagata, A. / Han, C. / Zhu, D. / Sato, Y. / Nakamura, H. / Koibuchi, T. / Carlson, J. / Martin, E. / Brumme, C.J. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Brumme, Z.L. / ...著者: Shimizu, A. / Kawana-Tachikawa, A. / Yamagata, A. / Han, C. / Zhu, D. / Sato, Y. / Nakamura, H. / Koibuchi, T. / Carlson, J. / Martin, E. / Brumme, C.J. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Brumme, Z.L. / Fukai, S. / Iwamoto, A.
履歴
登録2012年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: T36-5 TCR alpha chain
D: T36-5 TCR beta chain
A: T36-5 TCR alpha chain
B: T36-5 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6854
ポリマ－100,6854
非ポリマー00
水1,946108
1
C: T36-5 TCR alpha chain
D: T36-5 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3432
ポリマ－50,3432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21480 Å2
手法PISA
2
A: T36-5 TCR alpha chain
B: T36-5 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3432
ポリマ－50,3432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.768, 65.036, 92.275
Angle α, β, γ (deg.)91.300, 94.190, 105.930
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 T36-5 TCR alpha chain


分子量: 22764.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET21A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: タンパク質 T36-5 TCR beta chain


分子量: 27577.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET21A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 % / Mosaicity: 0.596 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M potassium sulfate, 0.1M MES, 15% PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 32447 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.038 / Χ2: 1.675 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.591.90.22228671.149181.6
2.59-2.692.10.19929681.161183.6
2.69-2.822.20.15930231.166186.5
2.82-2.962.50.11931461.378188.7
2.96-3.152.80.08932671.573192.9
3.15-3.393.30.06134401.648196.7
3.39-3.733.60.04734731.837198.5
3.73-4.273.60.03634711.904197.9
4.27-5.383.70.02834771.769198.7
5.38-503.70.02833151.983193.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.3精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KXF

3kxf


解像度: 2.5→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 3220 9.1 %RANDOM
Rwork0.2304 ---
obs-32246 91.5 %-
溶媒の処理Bsol: 48.6118 Å2
原子変位パラメータBiso max: 144.81 Å2 / Biso mean: 69.1722 Å2 / Biso min: 8.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.055 Å2-10.952 Å2-1.108 Å2
2--10.097 Å2-11.829 Å2
3----12.151 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6972 0 0 108 7080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.6871.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9422
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.0212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1242.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 --
Rwork0.388 --
obs-456 79 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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