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- PDB-3vwi: High resolution crystal structure of FraC in the monomeric form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vwi
タイトルHigh resolution crystal structure of FraC in the monomeric form
要素Fragaceatoxin C
キーワードTOXIN / beta-sandwich / amphipathic alpha-helix / actinoporin / pore-forming toxin / citolysin / Membrane lipids / secreted protein / LIPID RAFT
機能・相同性
機能・相同性情報


nematocyst / pore complex assembly / cytolysis in another organism / other organism cell membrane / channel activity / pore complex / monoatomic cation transport / toxin activity / lipid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Sea anemone actinoporin-like / Sea anemone cytotoxic protein / Cytolysin/lectin / Cytolysin/lectin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / DELTA-actitoxin-Afr1a
類似検索 - 構成要素
生物種Actinia fragacea (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tanaka, K. / Morante, K. / Caaveiro, J.M.M. / Gonzalez-Manas, J.M. / Tsumoto, K.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for self-assembly of a cytolytic pore lined by protein and lipid
著者: Tanaka, K. / Caaveiro, J.M.M. / Morante, K. / Gonzalez-Manas, J.M. / Tsumoto, K.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural insights into the oligomerization and architecture of eukaryotic membrane pore-forming toxins
著者: Mechaly, A.E. / Bellomio, A. / Gil-Carton, D. / Morante, K. / Valle, M. / Gonzalez-Manas, J.M. / Guerin, D.M.
履歴
登録2012年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22016年8月3日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fragaceatoxin C
B: Fragaceatoxin C
C: Fragaceatoxin C
D: Fragaceatoxin C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,20618
ポリマ－79,5104
非ポリマー69614
水13,007722
1
A: Fragaceatoxin C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9313
ポリマ－19,8771
非ポリマー532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fragaceatoxin C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2647
ポリマ－19,8771
非ポリマー3876
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Fragaceatoxin C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9664
ポリマ－19,8771
非ポリマー893
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Fragaceatoxin C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0444
ポリマ－19,8771
非ポリマー1673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.170, 44.290, 114.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Fragaceatoxin C / fraC


分子量: 19877.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinia fragacea (イソギンチャク)
遺伝子: FraC / プラスミド: pGEM-T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: B9W5G6

-
非ポリマー , 5種, 736分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 % / Mosaicity: 0.6 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20% Jeffamine, 0.1M HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月21日
詳細: Collimating and focusing mirrors: Rhodium coated silicon single crystals
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→114.573 Å / Num. all: 80105 / Num. obs: 80105 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.792.90.3480.2912.62676091900.1880.3480.2913.375.1
1.79-1.93.30.2510.2123.536105109870.1320.2510.2125.193.4
1.9-2.033.50.1660.1415.236650105770.0860.1660.1417.795.6
2.03-2.193.50.1240.1056.93514499980.0650.1240.1051096.9
2.19-2.43.60.0970.0838.63296092700.0510.0970.08312.597.5
2.4-2.693.60.0820.079.73057784350.0420.0820.0714.897.9
2.69-3.13.70.0660.05610.82792875100.0340.0660.05618.698.6
3.1-3.83.70.0540.04612.22391563800.0280.0540.04623.998.6
3.8-5.383.70.0550.04712.21842049910.0280.0550.04729.498.9
5.38-36.6813.60.0680.0589.3992727670.0350.0680.05829.897.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LIM

3lim


解像度: 1.7→114.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.1959 / WRfactor Rwork: 0.1564 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8962 / SU B: 3.604 / SU ML: 0.061 / SU R Cruickshank DPI: 0.096 / SU Rfree: 0.0989 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1936 3182 4 %RANDOM
Rwork0.1533 ---
all0.1549 80105 --
obs0.1549 80105 93.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.27 Å2 / Biso mean: 19.4017 Å2 / Biso min: 8.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å20 Å2-0.03 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3---0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→114.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5536 0 32 722 6290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.025882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9541.938010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9615767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.21622.768271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60415961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8911544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024560
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 175 -
Rwork0.202 3976 -
all-4151 -
obs--65.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6170.1685-0.21931.2184-0.14341.6955-0.007-0.1533-0.05220.087-0.0156-0.020.0064-0.00910.02260.01550.00240.00240.02450.01120.006826.91890.145612.0713
22.7428-0.4888-0.27140.8313-0.16781.30490.03620.05280.187-0.0309-0.0764-0.0343-0.00030.06620.04020.0130.00230.00290.00930.00620.015613.837818.6943-9.2654
31.28230.30550.31711.55860.46921.9887-0.009-0.0786-0.05290.11630.0053-0.04270.031-0.00070.00370.02830.0019-0.00260.0264-0.00690.007814.42047.9559-45.1453
43.1791-0.41930.11720.85520.16481.19590.04940.1434-0.2262-0.0462-0.09420.03910.0043-0.05730.04480.02680.003-0.00210.0183-0.01740.024927.5623-10.7163-66.4412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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