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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vwi | ||||||
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タイトル | High resolution crystal structure of FraC in the monomeric form | ||||||
![]() | Fragaceatoxin C | ||||||
![]() | TOXIN / beta-sandwich / amphipathic alpha-helix / actinoporin / pore-forming toxin / citolysin / Membrane lipids / secreted protein / LIPID RAFT | ||||||
機能・相同性 | ![]() nematocyst / pore complex assembly / cytolysis in another organism / other organism cell membrane / channel activity / pore complex / monoatomic cation transport / toxin activity / lipid binding / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tanaka, K. / Morante, K. / Caaveiro, J.M.M. / Gonzalez-Manas, J.M. / Tsumoto, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for self-assembly of a cytolytic pore lined by protein and lipid 著者: Tanaka, K. / Caaveiro, J.M.M. / Morante, K. / Gonzalez-Manas, J.M. / Tsumoto, K. #1: ![]() タイトル: Structural insights into the oligomerization and architecture of eukaryotic membrane pore-forming toxins 著者: Mechaly, A.E. / Bellomio, A. / Gil-Carton, D. / Morante, K. / Valle, M. / Gonzalez-Manas, J.M. / Guerin, D.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 302.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 246.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 19877.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: FraC / プラスミド: pGEM-T / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 736分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
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![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 % / Mosaicity: 0.6 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% Jeffamine, 0.1M HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月21日 詳細: Collimating and focusing mirrors: Rhodium coated silicon single crystals | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→114.573 Å / Num. all: 80105 / Num. obs: 80105 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 12.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3LIM 解像度: 1.7→114.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.1959 / WRfactor Rwork: 0.1564 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8962 / SU B: 3.604 / SU ML: 0.061 / SU R Cruickshank DPI: 0.096 / SU Rfree: 0.0989 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 60.27 Å2 / Biso mean: 19.4017 Å2 / Biso min: 8.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→114.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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