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万見
- PDB-3vvw: NDP52 in complex with LC3C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vvw
タイトルNDP52 in complex with LC3C
要素
  • Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2
  • Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C
キーワードPROTEIN TRANSPORT / autophagy adaptor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein exit from endoplasmic reticulum / aggrephagy / xenophagy / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of autophagosome maturation / cellular response to nitrogen starvation / Macroautophagy / organelle membrane / autophagosome membrane / autophagosome assembly ...protein exit from endoplasmic reticulum / aggrephagy / xenophagy / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of autophagosome maturation / cellular response to nitrogen starvation / Macroautophagy / organelle membrane / autophagosome membrane / autophagosome assembly / autophagosome maturation / response to type II interferon / viral process / mitophagy / endomembrane system / autophagosome / cellular response to starvation / macroautophagy / PML body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic vesicle / microtubule / cytoskeleton / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein 1A/1B light chain 3C / Immunoglobulin-like - #2840 / SKICH domain / : / SKICH domain / CALCOCO1/2, zinc finger UBZ1-type / Zinc finger UBZ1-type profile. / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 ...Microtubule-associated protein 1A/1B light chain 3C / Immunoglobulin-like - #2840 / SKICH domain / : / SKICH domain / CALCOCO1/2, zinc finger UBZ1-type / Zinc finger UBZ1-type profile. / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2 / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Akutsu, M. / Muhlinen, N.V. / Randow, F. / Komander, D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: LC3C, bound selectively by a noncanonical LIR motif in NDP52, is required for antibacterial autophagy
著者: Muhlinen, N.V. / Akutsu, M. / Ravenhill, B.J. / Foeglein, A. / Bloor, S. / Rutherford, T.J. / Freund, S.M. / Komander, D. / Randow, F.
履歴
登録2012年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2
B: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4112
ポリマ－29,4112
非ポリマー00
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.720, 37.420, 40.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.660, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-201-

HOH

21B-212-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2 / Antigen nuclear dot 52 kDa protein / Nuclear domain 10 protein NDP52 / Nuclear domain 10 protein 52 ...Antigen nuclear dot 52 kDa protein / Nuclear domain 10 protein NDP52 / Nuclear domain 10 protein 52 / Nuclear dot protein 52


分子量: 14598.341 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-141 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALCOCO2, NDP52 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13137
#2: タンパク質 Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C / Autophagy-related protein LC3 C / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 C / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 C / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 C / MAP1 light chain 3-like protein 3 / MAP1A/MAP1B light chain 3 C / MAP1A/MAP1B LC3 C / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 gamma


分子量: 14812.286 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-126 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BXW4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 16% PEG6000, 0.01M sodium citrate , pH 7.0, Vapor Diffusion, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.77 Å / Num. all: 10306 / Num. obs: 10306 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 3.2 / Observed criterion σ(I): 3.2 / Biso Wilson estimate: 31.68 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.5-2.644.10.4463.214721100
7.91-48.773.60.0617.6350198.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_723精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→40.147 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7883 / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.35 / σ(I): 3.2 / 位相誤差: 27.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 487 4.73 %RANDOM
Rwork0.2101 ---
obs0.2121 10302 99.7 %-
all-10302 --
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.695 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 86.52 Å2 / Biso mean: 35.3352 Å2 / Biso min: 5.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4455 Å20 Å24.6395 Å2
2--11.0554 Å20 Å2
3----4.6099 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1861 0 0 41 1902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0462588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.422704
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.86180.34841640.270132203384100
2.8618-3.60520.27111540.211832513405100
3.6052-40.1520.21071690.18873344351399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.538-2.1307-3.59956.6519-2.61736.3141-0.06960.86280.3244-0.57030.220.58130.2403-0.3937-0.14220.3234-0.0225-0.07430.13840.05150.18942.25223.956524.054
20.42940.3507-0.91251.6165-0.23613.737-0.18570.0761-0.0447-0.2107-0.0453-0.3846-0.00960.77830.27540.2552-0.10920.05810.47820.18080.385360.19084.651423.4644
31.3150.3257-0.03510.50280.03591.1315-0.18410.27090.3617-0.1813-0.1377-0.3468-0.20280.11730.26150.28110.04840.02410.12310.07570.178148.21237.806728.3484
47.21160.98331.16913.93083.65255.19130.05140.60760.4372-0.2192-0.10240.4597-0.3736-0.1180.13390.0422-0.0166-0.03460.11160.02340.199136.24074.102633.2892
52.83451.3-0.55222.94382.53553.9643-0.05240.4259-0.5329-0.4777-0.0205-0.35850.38130.0231-0.16590.2980.01440.0560.1108-0.0530.118250.0628-7.914728.6537
61.46551.00380.30823.3072-0.49420.6302-0.07060.1104-0.1737-0.1859-0.057-0.27370.28490.0425-0.03920.23080.01470.07650.04970.01440.152251.1327-5.838135.4286
72.3420.4894-1.3890.38850.38583.0160.00890.22390.4493-0.2556-0.00960.1836-0.4509-0.283-0.34680.25060.0584-0.0960.08680.03420.170942.968910.977636.8899
83.2759-3.02362.6463.4132-1.76574.2016-0.1106-0.17870.7370.0288-0.0944-0.3886-0.35080.40020.17380.1759-0.03750.04530.1716-0.03950.204356.59164.694734.5693
93.1919-3.2771-3.10956.22242.8733.0649-0.1930.1613-0.5210.17490.5396-0.61040.65340.9511-0.25840.30860.12430.12750.3874-0.06470.297162.18-6.177925.0878
100.3969-0.090.75452.28720.00631.44850.02870.0755-0.00140.0070.06940.08590.2293-0.0584-0.01060.24590.00810.02040.04410.00720.040844.813-3.559830.4045
112.3704-1.8717-0.87413.76213.69934.28640.31490.15660.11270.02370.17280.2435-0.4748-0.58-0.39120.23090.12460.08270.55120.00280.298175.73966.677211.936
120.7468-1.69510.6993.8722-1.33043.2390.0759-0.8915-0.75980.8747-0.1529-0.74310.68240.48470.08780.66980.0267-0.19560.72830.36480.706279.369-10.79212.4444
132.19090.88330.430.53740.03790.28770.0453-0.5735-0.13350.0847-0.143-0.02440.1745-0.13750.00970.06-0.06090.01860.36820.09550.217273.7684-2.09896.843
144.4375-0.66490.00841.85440.33541.535-0.0278-0.34180.30930.16830.0315-0.1516-0.0059-0.03120.00410.0791-0.0174-0.00760.31730.03140.141888.92065.36329.0102
152.6513-0.76040.65720.8008-0.80712.8219-0.15840.1648-0.0174-0.11520.12870.050.20460.06330.03990.1268-0.0333-0.02190.31830.03490.244186.7317-1.80220.0702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 21:26)A21 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 27:37)A27 - 37
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 38:44)A38 - 44
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 45:54)A45 - 54
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resseq 55:65)A55 - 65
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and (resseq 66:74)A66 - 74
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and (resseq 75:88)A75 - 88
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and (resseq 89:97)A89 - 97
9X-RAY DIFFRACTION9chain A and (resseq 98:104)A98 - 104
10X-RAY DIFFRACTION10chain A and (resseq 105:115)A105 - 115
11X-RAY DIFFRACTION11chain A and (resseq 130:137)A130 - 137
12X-RAY DIFFRACTION12chain B and (resseq 13:18)B13 - 18
13X-RAY DIFFRACTION13chain B and (resseq 19:43)B19 - 43
14X-RAY DIFFRACTION14chain B and (resseq 44:91)B44 - 91
15X-RAY DIFFRACTION15chain B and (resseq 92:126)B92 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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