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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vvu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of reconstructed bacterial ancestral NDK, Bac1 | ||||||
要素 | Nucleoside diphosphate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / NDK / BACTERIA / ANCESTOR | ||||||
機能・相同性 | Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Nemoto, N. / Miyazono, K. / Kimura, M. / Yokobori, S. / Akanuma, S. / Tanokura, M. / Yamagishi, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Experimental evidence for the thermophilicity of ancestral life 著者: Akanuma, S. / Nakajima, Y. / Yokobori, S. / Kimura, M. / Nemoto, N. / Mase, T. / Miyazono, K. / Tanokura, M. / Yamagishi, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vvu.cif.gz | 117.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vvu.ent.gz | 93.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vvu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/3vvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/3vvu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15622.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: There is no natural source since this sequence is estimated as bacterial ancestral NDK sequence by phylogenetic analysis. Host is Escherichia coli BL21(DE3) and plasmid is pET21c 参照: nucleoside-diphosphate kinase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M SODIUM CACODYLATE, 1.4M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 73 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 17316 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 59.774 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 11.052 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.793 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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