PDB-3vvg: The Crystal Structure of Cellulase-Inhibitor Complex.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vvg

タイトル

The Crystal Structure of Cellulase-Inhibitor Complex.

要素

458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Cellulase Inhibition / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Ishikawa, K. / Maeno, Y. / Kataoka, M.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Crystal Structure of Cellulase-Inhibitor Complex.
著者: Ishikawa, K. / Maeno, Y. / Kataoka, M.

履歴

登録	2012年7月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vvg.cif.gz	244.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vvg.ent.gz	206.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vvg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vvg_validation.pdf.gz	481.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vvg_full_validation.pdf.gz	530.4 KB	表示
XML形式データ	3vvg_validation.xml.gz	55.8 KB	表示
CIF形式データ	3vvg_validation.cif.gz	79.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/3vvg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/3vvg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3w6m-2 4dm1-2 3w6l-1 2zun-1 4dm1-1 3axx-1 4dm2-2 6ko0-1 6fet-3 4dm1-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase

B: 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase

C: 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase

ヘテロ分子

131 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.566, 58.433, 138.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.01, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase 分子量: 43290.621 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 34-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT-3 / 遺伝子: PH1171 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58925
#2: 化合物	ChemComp-ZGB / 3-(4-methoxy-3-methylphenyl)propanoic acid / 3-メチル-4-メトキシベンゼンプロピオン酸分子量: 194.227 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2M zinc acetate, 0.1M MES buffer pH6.0, 15%(v/v) ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→130.19 Å / Num. all: 208594 / Num. obs: 95782 / % possible obs: 98.7 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 17

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
REFMAC	5.5.0066	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 4.317 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28559	4855	5 %	RANDOM
R_work	0.21951	-	-	-
obs	0.22278	91820	99.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.722 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1 Å²	0 Å²	0.83 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9207	0	56	680	9943

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	9585
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.937	1.928	13083
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.143	5	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.808	24.418	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.938	15	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.971	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	7539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.207	1.5	5607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.926	2	9071
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.943	3	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.03	4.5	4012
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	342	-
R_work	0.264	6346	-
obs	-	-	93.56 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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