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- PDB-3vvb: Crystal Structure of Capsular Polysaccharide Synthesizing Enzyme ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vvb
タイトルCrystal Structure of Capsular Polysaccharide Synthesizing Enzyme CapE from Staphylococcus aureus in apo form
要素CapE
キーワードLYASE / Rossmann fold / Short-chain dehydrogenase/reductase / capsular polysaccharide synthesis / oxidase / epimerase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucose 4-epimerase / UDP-glucose 4-epimerase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-glucose 4-epimerase CapD, C-terminal domain / Polysaccharide biosynthesis protein C-terminal / : / Polysaccharide biosynthesis protein, CapD-like domain / Polysaccharide biosynthesis protein / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / UDP-glucose 4-epimerase / Galactowaldenase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Miyafusa, T. / Caaveiro, J.M. / Tanaka, Y. / Tsumoto, K.
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the capsular polysaccharide synthesizing protein CapE of Staphylococcus aureus.
著者: Miyafusa, T. / Caaveiro, J.M. / Tanaka, Y. / Tanner, M.E. / Tsumoto, K.
履歴
登録2012年7月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CapE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7002
ポリマ－40,9571
非ポリマー7431
水543
1
A: CapE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,20012
ポリマ－245,7396
非ポリマー4,4606
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/21
crystal symmetry operation11_454-x+y-1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/21
Buried area23240 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area65680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.180, 125.180, 101.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 CapE


分子量: 40956.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: capE / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7A2Y4, UniProt: A0A0H3JPH0*PLUS, UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (configuration-inverting)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.24 % / Mosaicity: 0.24 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sodium succinate, Potassium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→108.409 Å / Num. all: 12014 / Num. obs: 12014 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.958.30.8550.8010.91425317160.2960.8550.8012.9100
2.95-3.138.20.5320.4981.51346516350.1850.5320.4984.5100
3.13-3.358.20.3320.3112.41259615270.1150.3320.3116.699.9
3.35-3.618.20.1920.184.21174714410.0670.1920.1810.199.9
3.61-3.968.10.1280.1261073613210.0450.1280.1214.299.7
3.96-4.4380.0980.0917.8966512110.0340.0980.09118.499.7
4.43-5.117.90.0890.0838845210760.0310.0890.08320.999.7
5.11-6.267.50.1050.0986.769379300.0380.1050.09819.699.6
6.26-8.857.40.0560.05211.553857270.020.0560.05226.399.1
8.85-34.05470.050.04711.430284300.0180.050.04732.896.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å34.05 Å
Translation2.8 Å34.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
精密化開始モデル: 4G5H

4g5h


解像度: 2.8→34.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 27.991 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.618 / ESU R Free: 0.345 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2756 575 4.8 %RANDOM
Rwork0.23583 ---
obs0.23777 11439 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.813 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2137 0 48 3 2188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022239
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3631.9873025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1915270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.50924.757103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.73915410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2111513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 33 -
Rwork0.272 719 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.10770.53530.72625.1269-1.06313.94440.2757-0.6358-0.20530.7062-0.1341-0.80190.32260.4972-0.14170.1813-0.0306-0.12790.4478-0.0950.2541-41.103833.8221-12.6939
27.52390.6710.12196.8117-1.84132.8970.06530.0174-0.1267-0.6803-0.2033-1.28470.18491.03020.1380.3599-0.1769-0.07210.8245-0.14390.8051-22.591345.1598-16.5607
39.0011-4.67670.308211.8278-2.09654.05610.4455-0.38360.2553-0.513-0.6948-2.24650.83861.34730.24920.5753-0.0716-0.12031.1343-0.12350.9448-17.215637.8624-15.9896
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 163
2X-RAY DIFFRACTION1A201 - 225
3X-RAY DIFFRACTION2A166 - 199
4X-RAY DIFFRACTION2A227 - 282
5X-RAY DIFFRACTION3A283 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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