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- PDB-3vub: CCDB, A TOPOISOMERASE POISON FROM E. COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vub
タイトルCCDB, A TOPOISOMERASE POISON FROM E. COLI
要素CCDB
キーワードCCDB / TOPOISOMERASE POISON
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication / toxin-antitoxin complex / plasmid maintenance / transcription repressor complex / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Toxin CcdB / CcdB protein / SH3 type barrels. - #110 / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Loris, R. / Dao-Thi, M.-H. / Bahasi, E.M. / Van Melderen, L. / Poortmans, F. / Liddington, R. / Couturier, M. / Wyns, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of CcdB, a topoisomerase poison from E. coli.
著者: Loris, R. / Dao-Thi, M.-H. / Bahassi, E.M. / Van Melderen, L. / Poortmans, F. / Liddington, R. / Couturier, M. / Wyns, L.
履歴
登録1998年4月17日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCDB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7572
ポリマ－11,7221
非ポリマー351
水2,396133
1
A: CCDB
ヘテロ分子

A: CCDB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5144
ポリマ－23,4432
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area11000 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.870, 36.890, 36.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-346-

HOH

21A-347-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CCDB


分子量: 11721.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MS501 / 遺伝子: CCDB / プラスミド: PULB2250 / 遺伝子 (発現宿主): CCDB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MS501 / 参照: UniProt: P62554
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.14 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.6-5.0 mg/mlprotein1drop
26-12 %PEG60001reservoir
310-20 %mPEG50001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR590 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1996年9月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→35 Å / Num. obs: 16670 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 22.18
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.18 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 83.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 57148 / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.1 % / Rmerge(I) obs: 0.388

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
MADNESデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PRELIMINARY MIR MODEL IN DIFFERENT CRYSTAL FORM

解像度: 1.4→35 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1321 8 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.188 14825 93 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数821 0 1 133 955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.231
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.95
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.099
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.46 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 152 8 %
Rwork0.29 1754 -
obs--83.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.95
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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