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万見
- PDB-3vu8: Metionyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vu8
タイトルMetionyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus complexed with methionyl-adenylate analogue
要素Methionine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / protein Met-AMP complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 ...Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Beta Complex / Nucleic acid-binding, OB-fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[METHIONYL]-N'-[ADENOSYL]-DIAMINOSULFONE / Methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Konno, M. / Kato-Murayama, M. / Toma-Fukai, S. / Uchikawa, E. / Nureki, O. / Yokoyama, S.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: The modeling of structures of specific conformation of homosysteine-AMP leading to thiolactone-formation on class Ia aminoacyl-tRNA synthetases
著者: Konno, M. / Kato-Murayama, M. / Takeda, R. / Takasaka, R. / Uchikawa, E. / Toma-Fukai, S. / Ishii, R. / Nureki, O. / Yokoyama, S.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: The 2.0 A crystal structure of Thermus thermophilus methionyl-tRNA synthetase reveals two RNA-binding modules
著者: Sugiura, I. / Nureki, O. / Ugaji-Yoshikawa, Y. / Kuwabara, S. / Shimada, A. / Tateno, M. / Lorber, B. / Giege, R. / Moras, D. / Yokoyama, S. / Konno, M.
履歴
登録2012年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7633
ポリマ－58,2211
非ポリマー5422
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.823, 82.682, 120.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS


分子量: 58220.645 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-502 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: metS / プラスミド: pK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P23395, methionine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MDS / N-[METHIONYL]-N'-[ADENOSYL]-DIAMINOSULFONE


分子量: 476.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N8O6S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG6000, DTT, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月14日 / 詳細: mirrors
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 23727 / Num. obs: 23727 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.05 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 7.69
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 911 / % possible all: 70.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A8H

1a8h


解像度: 2.2→8 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 1084 -RANDOM
Rwork0.2 ---
all0.21 22452 --
obs0.205 22452 86.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4095 0 11 157 4263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.366
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.673
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3605 128
Rwork0.2545 -
obs-2330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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