ソフトウェア 名称 バージョン 分類 ADSCQuantumデータ収集 MOLREP位相決定 REFMAC5.6.0117精密化 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 2DTD解像度 : 2.3→44.79 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.96 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.928 / SU B : 13.348 / SU ML : 0.153 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.3 / ESU R Free : 0.228 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUTRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.23201 2342 5.1 % RANDOM Rwork 0.16682 - - - obs 0.17007 43989 99.85 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 37.351 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1.13 Å2 -0.57 Å2 -0 Å2 2- - -1.13 Å2 0 Å2 3- - - 1.7 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.3→44.79 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 7633 0 0 87 7720
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.017 0.019 7749 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg2.042 1.966 10514 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg7.075 5 1002 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg38.543 24.478 297 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg21.247 15 1349 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg22.719 15 44 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.152 0.2 1262 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.009 0.021 5664
LS精密化 シェル 解像度 : 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.266 194 - Rwork 0.197 3227 - obs - - 99.16 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.1578 -0.4554 -0.1372 0.9604 -0.1346 0.8413 0.0174 -0.057 0.2216 0.0648 -0.0142 -0.2271 -0.1602 0.1146 -0.0032 0.0875 0.0182 -0.0192 0.062 -0.0404 0.1143 -13.9084 27.2167 -0.2117 2 1.3499 -0.2347 0.0147 0.6812 -0.2174 0.7585 -0.0014 0.0682 -0.2777 -0.0502 -0.0036 0.0494 0.1862 -0.0615 0.005 0.0605 0.0058 -0.0251 0.0986 -0.0396 0.1113 -30.3378 -3.8395 -18.6315 3 1.0291 -0.1449 0.4858 1.1883 -0.0598 1.4792 0.0375 -0.2551 -0.0698 0.2714 -0.0084 0.3188 0.0399 -0.4204 -0.0291 0.0889 0.0016 0.0467 0.1705 -0.0203 0.1187 -34.8548 8.4347 8.2387 4 1.1774 0.0846 -0.2596 1.0385 0.3675 1.5826 -0.0292 0.2159 0.3121 -0.2651 0.0577 0.1604 -0.4063 -0.2087 -0.0285 0.1445 0.0393 -0.0499 0.1128 0.03 0.1274 -26.5992 24.0259 -27.0316
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A2 - 256 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B2 - 256 3 X-RAY DIFFRACTION 3 C2 - 256 4 X-RAY DIFFRACTION 4 D2 - 256