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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vsn | ||||||
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タイトル | The crystal structure of novel chondroition lyase ODV-E66, baculovirus envelope protein | ||||||
要素 | Occlusion-derived virus envelope protein E66 | ||||||
キーワード | LYASE ACTIVATOR / alpha/alpha troid / beta-sandwich | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / host cell cytoplasm / lyase activity / viral envelope / host cell nucleus / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kawaguchi, Y. / Sugiura, N. / Kimata, K. / Kimura, M. / Kakuta, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of novel chondroition lyase ODV-E66, baculovirus envelope protein 著者: Kawaguchi, Y. / Sugiura, N. / Kimata, K. / Kimura, M. / Kakuta, Y. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012 タイトル: Crystallization and X-ray diffraction analysis of chondroitin lyase from baculovirus: envelope protein ODV-E66. 著者: Kawaguchi, Y. / Sugiura, N. / Onishi, M. / Kimata, K. / Kimura, M. / Kakuta, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vsn.cif.gz | 157.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vsn.ent.gz | 120.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vsn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3vsn_validation.pdf.gz | 451.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3vsn_full_validation.pdf.gz | 460.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3vsn_validation.xml.gz | 31.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3vsn_validation.cif.gz | 48.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/3vsn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/3vsn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74368.164 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 67-704 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス) 遺伝子: P79 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00704 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE EXPERIMENT | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50mM Tri-HCl pH8.0, 100mM NaCl, 0.02M citric acid, 0.08M Bis-Tris propane pH8.8, 18% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1.3 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 86407 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.133 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→8.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.876 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.671 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
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