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- PDB-3vsj: Crystal structure of 1,6-APD (2-ANIMOPHENOL-1,6-DIOXYGENASE) comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vsj
タイトルCrystal structure of 1,6-APD (2-ANIMOPHENOL-1,6-DIOXYGENASE) complexed with intermediate products
要素(2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CNBC / 2-HIS-1-CARBOXYLATE FACIAL TRIAD MOTIF / EXTRADIOL DIOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase / 2-aminophenol 1,6-dioxygenase / : / dioxygenase activity / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
2-aminophenol 1,6-dioxygenase, beta subunit / Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain B / LigB-like / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class III enzyme, subunit B / Catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3E)-3-iminooxepin-2(3H)-one / (2Z,4Z)-2-imino-6-oxohex-4-enoic acid / : / HYDROXIDE ION / 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha / 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta / 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha / 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Li, D.F. / Hou, Y.J. / Hu, Y. / Wang, D.C. / Liu, W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structures of aminophenol dioxygenase in complex with intermediate, product and inhibitor
著者: Li, D.F. / Zhang, J.Y. / Hou, Y.J. / Liu, L. / Hu, Y. / Liu, S.J. / Wang, D.C. / Liu, W.
履歴
登録2012年4月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase alpha subunit
B: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase beta subunit
C: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase alpha subunit
D: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,19110
ポリマ－128,7624
非ポリマー4286
水18,6461035
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8680 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area40170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)270.240, 48.390, 108.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase alpha subunit


分子量: 29298.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Comamonas testosteroni (バクテリア) / 株: CNB-1
参照: UniProt: Q38M40, UniProt: Q6J1Z5*PLUS, プロトカテク酸-4,5-ジオキシゲナーゼ
#2: タンパク質 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase beta subunit


分子量: 35083.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Comamonas testosteroni (バクテリア) / 株: CNB-1
参照: UniProt: Q38M41, UniProt: Q6J1Z6*PLUS, プロトカテク酸-4,5-ジオキシゲナーゼ

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非ポリマー , 6種, 1041分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-2XP / (2Z,4Z)-2-imino-6-oxohex-4-enoic acid


分子量: 141.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7NO3
#6: 化合物 ChemComp-2X7 / (3E)-3-iminooxepin-2(3H)-one / (4Z,6Z)-3-iminooxepin-2(3H)-one


分子量: 123.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2
#7: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド / Hydroxide


分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1035 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M SODIUM CHLORIDE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年4月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.87 Å / Num. all: 59609 / Num. obs: 55311 / % possible obs: 97.76 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.456 / % possible all: 86.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VSG

3vsg


解像度: 2.3→39.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 6.553 / SU ML: 0.16 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.358 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23397 2947 5.1 %RANDOM
Rwork0.18962 ---
all0.192 59609 --
obs0.19188 55311 97.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.072 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å2-0.91 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.74 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8892 0 23 1035 9950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0229140
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0331.95512423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.828315003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6651138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.90323.563407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.964151469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5241562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2911.55679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0381.52315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5629117
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.75233461
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.34.53306
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 171 -
Rwork0.235 3339 -
obs--80.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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