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万見
- PDB-3vs8: Crystal structure of type III PKS ArsC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vs8
タイトルCrystal structure of type III PKS ArsC
要素Type III polyketide synthase
キーワードTRANSFERASE / Thiolase Fold / Condensing enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type III polyketide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Satou, R. / Miyanaga, A. / Ozawa, H. / Funa, N. / Miyazono, K. / Tanokura, M. / Ohnishi, Y. / Horinouchi, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for cyclization specificity of two Azotobacter type III polyketide synthases: a single amino acid substitution reverses their cyclization specificity
著者: Satou, R. / Miyanaga, A. / Ozawa, H. / Funa, N. / Katsuyama, Y. / Miyazono, K. / Tanokura, M. / Ohnishi, Y. / Horinouchi, S.
履歴
登録2012年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22014年4月30日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III polyketide synthase
B: Type III polyketide synthase
C: Type III polyketide synthase
D: Type III polyketide synthase
E: Type III polyketide synthase
F: Type III polyketide synthase
G: Type III polyketide synthase
H: Type III polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,27616
ポリマ－361,0928
非ポリマー1848
水48,2082676
1
A: Type III polyketide synthase
C: Type III polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3194
ポリマ－90,2732
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area29910 Å2
手法PISA
2
B: Type III polyketide synthase
H: Type III polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3194
ポリマ－90,2732
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area28870 Å2
手法PISA
3
D: Type III polyketide synthase
E: Type III polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3194
ポリマ－90,2732
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area29730 Å2
手法PISA
4
F: Type III polyketide synthase
G: Type III polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3194
ポリマ－90,2732
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area29440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.318, 143.388, 129.623
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Type III polyketide synthase


分子量: 45136.520 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
株: OP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1DM33*PLUS, chalcone synthase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS THE SAME AS DESCRIBED IN DATABASE C1DM33 (C1DM33_AZOVD). THE N- ...THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS THE SAME AS DESCRIBED IN DATABASE C1DM33 (C1DM33_AZOVD). THE N-TERMINAL RESIDUE HIS IS EXPRESSION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M imidazole-HCl, 0.15M calcium acetate, 12.5% polyethylene glycol 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月19日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. all: 345492 / Num. obs: 345492 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / % possible all: 80.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.76→37.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.081 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23014 16976 5.1 %RANDOM
Rwork0.18273 ---
all0.18513 345492 --
obs0.18513 318817 97.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.328 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å2-0.07 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→37.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24691 0 8 2676 27375
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.02225245
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.111.96634219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.38653178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.75123.5961090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.918154242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.36815167
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1790.23844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02119099
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2651.515907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.026225621
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.50339338
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3054.58598
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.761→1.807 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 1065 -
Rwork0.293 18947 -
obs--79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4002-0.1426-0.10330.57680.20810.33190.00850.0171-0.033-0.0338-0.0107-0.0120.01320.00270.00220.0078-0.0011-0.00730.0459-0.00510.02752.635-3.83754.157
20.52520.15690.00930.60320.14060.7401-0.0336-0.00440.0105-0.0516-0.022-0.0569-0.36120.03340.05560.2402-0.0451-0.05030.06640.02250.020934.73145.698116.41
30.38-0.0061-0.05750.79380.18010.16310.0062-0.01220.0949-0.0909-0.01290.0206-0.0441-0.02120.00670.01650.0044-0.00940.0478-0.01610.048643.76525.11660.182
40.45970.0015-0.0350.79550.14690.1932-0.0050.00760.0939-0.0972-0.03490.0391-0.0506-0.02080.040.02170.0089-0.0240.0487-0.01870.0662-7.29524.9960.08
50.6997-0.2761-0.06640.72840.18460.45680.00750.0715-0.0563-0.0421-0.0467-0.00380.01890.0180.03930.00620.0009-0.00070.0386-0.00560.03211.613-3.91654.271
60.51620.0967-0.05210.5577-0.27890.4137-0.0168-0.05450.08970.06840.00540.0497-0.14820.02250.01130.1363-0.0071-0.03930.098-0.01010.031-13.93445.186116.351
70.7152-0.00740.05561.0309-0.27230.6392-0.0029-0.1608-0.14120.02060.00760.03030.10170.0029-0.00460.0862-0.0204-0.01020.09530.03930.0321-12.77716.387126.229
80.55930.1532-0.00841.5991-0.29430.6978-0.009-0.0783-0.17940.0621-0.1055-0.332-0.02650.1090.11440.0471-0.0273-0.03090.07810.06460.124737.85617.944127.763
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 409
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 409
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 409
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 409
5X-RAY DIFFRACTION5E6 - 409
6X-RAY DIFFRACTION6F6 - 409
7X-RAY DIFFRACTION7G6 - 409
8X-RAY DIFFRACTION8H6 - 409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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