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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vrh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ph0300 | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein PH0300 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / ATPase / tRNA modification enzyme / thiolation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルフルトランスキナーゼ類 / cytosolic tRNA wobble base thiouridylase complex / tRNA wobble position uridine thiolation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / transferase activity / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Nakagawa, H. / Kuratani, M. / Goto-Ito, S. / Ito, T. / Sekine, S.I. / Yokoyama, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2013 タイトル: Crystallographic and mutational studies on the tRNA thiouridine synthetase TtuA. 著者: Nakagawa, H. / Kuratani, M. / Goto-Ito, S. / Ito, T. / Katsura, K. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Sekine, S.I. / Shigi, N. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vrh.cif.gz | 70.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vrh.ent.gz | 55.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vrh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3vrh_validation.pdf.gz | 436.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3vrh_full_validation.pdf.gz | 437.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3vrh_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3vrh_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/3vrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/3vrh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35691.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT-3 / 遺伝子: PH0300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58038 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BCN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.39 % 解説: The entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 12% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 10% N,N-dimethylformamide, 0.1 M Bicine-NaOH, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 70 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 19954 / Num. obs: 19923 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 25.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→46.236 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 24.03 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: The entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.677 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.236 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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