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万見
- PDB-3vrh: Crystal structure of ph0300 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vrh
タイトルCrystal structure of ph0300
要素Putative uncharacterized protein PH0300
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ATPase / tRNA modification enzyme / thiolation
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルフルトランスキナーゼ類 / cytosolic tRNA wobble base thiouridylase complex / tRNA wobble position uridine thiolation / transferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 1 / tRNA thiolation protein, TtcA/Ctu1 type / : / 2-thiouridine synthetase TtuA, N-terminal LIM domain / tRNA(Ile)-lysidine/2-thiocytidine synthase, N-terminal / PP-loop family / Rhodanese-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold ...Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 1 / tRNA thiolation protein, TtcA/Ctu1 type / : / 2-thiouridine synthetase TtuA, N-terminal LIM domain / tRNA(Ile)-lysidine/2-thiocytidine synthase, N-terminal / PP-loop family / Rhodanese-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-5-methyluridine(54) 2-sulfurtransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nakagawa, H. / Kuratani, M. / Goto-Ito, S. / Ito, T. / Sekine, S.I. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Crystallographic and mutational studies on the tRNA thiouridine synthetase TtuA.
著者: Nakagawa, H. / Kuratani, M. / Goto-Ito, S. / Ito, T. / Katsura, K. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Sekine, S.I. / Shigi, N. / Yokoyama, S.
履歴
登録2012年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein PH0300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9864
ポリマ－35,6921
非ポリマー2943
水1,44180
1
A: Putative uncharacterized protein PH0300
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein PH0300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9718
ポリマ－71,3832
非ポリマー5886
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area3020 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area30080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.071, 70.071, 128.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein PH0300


分子量: 35691.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT-3 / 遺伝子: PH0300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58038
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.39 %
解説: The entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 12% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 10% N,N-dimethylformamide, 0.1 M Bicine-NaOH, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 19954 / Num. obs: 19923 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 25.1
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.1-2.18199.7
2.18-2.26199.9
2.26-2.371100
2.37-2.491100
2.49-2.651100
2.65-2.851100
2.85-3.141100
3.14-3.591100
3.59-4.52199.9
4.52-50199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→46.236 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 24.03 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2443 1832 5.14 %RANDOM
Rwork0.2061 ---
all0.208 ---
obs0.208 19923 99.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.677 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.2624 Å20 Å2-0 Å2
2--8.2624 Å2-0 Å2
3----5.3799 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.236 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2411 0 13 80 2504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082474
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0383314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.624955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005414
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1004-2.15720.36121120.2728259398
2.1572-2.22070.26891560.26752574100
2.2207-2.29240.32581650.23852573100
2.2924-2.37430.26491510.22542589100
2.3743-2.46940.23881220.20142632100
2.4694-2.58180.3381710.2222567100
2.5818-2.71790.25881440.23562602100
2.7179-2.88810.31291200.23142623100
2.8881-3.11110.31541630.22692601100
3.1111-3.42410.27461320.22092608100
3.4241-3.91930.25091310.18822617100
3.9193-4.9370.16511360.1762616100
4.937-46.24760.16381290.18292605100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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