PDB-3vr1: Crystal structure analysis of the translation factor RF3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vr1

タイトル

Crystal structure analysis of the translation factor RF3

要素

Peptide chain release factor 3

キーワード

TRANSLATION / release factor / GTPase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / translation release factor activity, codon nonspecific / GTPase activity / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kihira, K. / Shomura, Y. / Shibata, N. / Kitamura, M. / Higuchi, Y.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure analysis of the translation factor RF3 (release factor 3)
著者: Kihira, K. / Shimizu, Y. / Shomura, Y. / Shibata, N. / Kitamura, M. / Nakagawa, A. / Ueda, T. / Ochi, K. / Higuchi, Y.

履歴

登録	2012年4月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月31日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3vr1.ent.gz	681.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/3vr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/3vr1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vqtSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4uf6-3 3eb7-1 4qx0-d 6wpc-1 3vqt-1 4ary-4 4dv8-d 4uf6-2 4pks-d 5jhg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (7) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (7) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (4) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (6) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Peptide chain release factor 3

B: Peptide chain release factor 3

C: Peptide chain release factor 3

D: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

248 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Peptide chain release factor 3

B: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
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6

C: Peptide chain release factor 3

D: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.202, 83.461, 114.245
Angle α, β, γ (deg.)	72.98, 74.18, 89.78
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 550
2	1	1	4	B	1 - 550
3	1	1	4	C	1 - 550
4	1	1	4	D	1 - 550

#1: タンパク質	Peptide chain release factor 3 / RF-3 分子量: 61370.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) 株: Miyazaki F / 遺伝子: DvMF_2372, prfC / プラスミド: pUT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8DIL5
#2: 化合物	ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₅O₁₇P₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG 8000, 0.3M NaCl, 10mM alanine, 10mM arginine, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月5日

放射

モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator , Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→50 Å / Num. all: 54175 / Num. obs: 52309 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

解像度 (Å)	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
3.02-3.12	5293	1	92.5
3.12-3.24	5133	1	97.4
3.24-3.37	4920	1	97.3
3.37-3.56	5859	1	97.3
3.56-3.79	5538	1	97.1
3.79-4.07	5185	1	97.2
4.07-4.51	5779	1	97
4.51-5.12	5116	1	96.5
5.12-6.52	5761	1	94.4
6.52-50	5591	1	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3vqt

3vqt

解像度: 3→41.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.872 / SU B: 41.087 / SU ML: 0.346 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.46
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25875	2654	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2182	-	-	-
obs	0.22025	49645	96.57 %	-
all	-	51408	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.132 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.96 Å²	0.11 Å²	-0.09 Å²
2-	-	-0.63 Å²	0.14 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→41.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16252	0	144	0	16396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	16740
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.969	22664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.9	5	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.698	23.232	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.392	15	2856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.351	15	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	12712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.395	1.5	10260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.617	2	16508
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.5	3	6480
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.52	4.5	6156
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 4064 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.33	0.5
B	medium positional	0.31	0.5
C	medium positional	0.36	0.5
D	medium positional	0.32	0.5
A	medium thermal	1.7	2
B	medium thermal	1.79	2
C	medium thermal	2.02	2
D	medium thermal	2.23	2

LS精密化シェル

解像度: 3.004→3.081 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	196	-
R_work	0.304	3481	-
obs	-	-	91.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6487	0.5055	0.3697	2.6137	0.1349	2.0753	-0.1257	0.1296	0.1239	-0.2158	0.0942	-0.0868	-0.1006	0.0518	0.0315	0.0979	-0.0098	-0.0061	0.0455	0.0052	0.0547	19.883	18.367	23.501
2	3.8941	-3.0425	-0.5889	5.1519	-8.2679	5.8788	-0.3824	0.0358	0.1374	1.182	-0.0617	-0.3488	0.6244	-0.5575	0.4441	0.771	-0.2978	-0.1316	0.4236	-0.1085	0.2513	34.53	6.918	14.85
3	2.7454	0.1991	1.1892	2.11	0.1867	1.817	-0.0834	0.0896	0.0994	0.1394	0.0512	-0.0424	-0.0217	-0.0316	0.0322	0.2105	0.0598	0.0264	-0.001	0.0076	0.0013	14.709	14.327	29.204
4	4.1919	-0.0784	-1.8599	2.0887	-1.5305	5.671	0.0323	-0.2555	0.2623	-0.0481	-0.1288	-0.1399	-0.1101	0.2572	0.0965	0.1375	0.0394	-0.0538	-0.0074	-0.0203	0.0302	32.313	-8.961	43.754
5	1.343	-0.431	0.5767	3.3776	-0.0178	1.6637	-0.0597	-0.1338	-0.2008	0.1222	0.1355	-0.2062	-0.0056	0.0149	-0.0757	0.0842	-0.0306	0.0069	0.0614	0.0217	0.0424	28.661	4.024	-8.038
6	-1.2995	6.0633	-2.0097	3.6527	-7.1816	-6.0421	-0.222	0.2923	-0.2125	-0.1981	-0.0867	-0.133	0.4839	-0.509	0.3087	0.1516	0.2169	-0.0051	0.9966	-0.2319	0.2817	36.751	15.668	7.432
7	3.3695	-0.5622	-0.1455	2.3938	0.1284	0.8175	-0.0499	-0.0102	-0.1306	-0.0345	0.0797	-0.2584	0.0348	0.013	-0.0298	0.1795	-0.0526	0.0164	0.007	0.0032	0.0341	27.221	8.121	-15.532
8	1.6412	0.1595	0.5583	5.4596	-0.6539	7.4607	0.1256	0.157	-0.2135	0.1077	-0.1932	-0.7299	-0.3884	0.7686	0.0676	0.0664	-0.1249	0.0723	0.1284	0.0041	0.3319	50.056	31.173	-19.158
9	1.9398	0.3513	0.6505	1.9135	0.8057	1.4615	-0.0865	0.1883	-0.284	-0.2396	0.1648	0.2233	-0.0572	-0.0251	-0.0783	0.1413	0.0076	-0.0129	0.0622	-0.0138	0.0956	5.728	-37.614	19.487
10	2.5919	2.6745	0.8841	0.3227	7.5435	8.7611	0.577	-0.0514	-0.0376	0.5556	-0.5496	-0.1916	0.0203	-0.1478	-0.0273	0.1776	0.0867	-0.0242	0.4327	0.2118	0.433	-2.34	-26.364	4.387
11	3.5137	0.4497	0.0712	2.2612	0.033	1.0347	-0.065	0.0067	-0.1548	0.0372	0.0721	0.2406	0.0299	-0.0065	-0.0071	0.157	0.0327	0.0373	0.0009	0.0013	0.0335	7.238	-33.505	27.014
12	2.8884	0.0788	1.2637	4.9986	1.093	7.6533	0.0383	-0.162	-0.1308	-0.0404	-0.3088	0.9257	-0.4198	-0.7433	0.2705	0.0781	0.1128	0.0741	0.1111	-0.062	0.4015	-15.383	-10.312	30.62
13	1.9064	-0.6853	1.3612	0.8879	0.2448	1.4685	-0.1212	-0.1242	-0.0096	0.0645	0.0485	0.0711	-0.135	-0.0275	0.0728	0.2005	0.0042	0.0032	0.0361	-0.0162	0.026	14.658	-23.384	-12.009
14	-8.7228	0.3981	0.3988	6.4713	11.8668	10.769	0.4585	-0.284	0.4539	-1.2563	-0.1264	-0.73	1.1281	-1.1325	-0.3321	0.9769	-0.1972	-0.2636	1.0159	0.4423	0.1169	-0.09	-34.767	-3.329
15	2.5118	-0.298	1.1885	2.1483	-0.1606	1.978	-0.0882	-0.1406	0.0411	-0.154	0.0649	0.0303	-0.036	0.015	0.0233	0.2039	-0.056	0.0169	0.0039	-0.0073	-0.0089	19.828	-27.44	-17.694
16	4.0076	-1.0221	-1.7882	2.4731	1.7411	6.1203	0.1271	0.087	0.1121	0.0914	-0.3121	0.1618	-0.1306	-0.2967	0.185	0.1467	-0.0452	-0.0579	-0.0041	0.0011	0.0493	2.007	-50.542	-32.215

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	52 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	71 - 392
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	393 - 529
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 51
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	52 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	70 - 392
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	393 - 529
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 51
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	52 - 70
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	71 - 392
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	393 - 529
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 51
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	52 - 70
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	71 - 392
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	393 - 529

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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