PDB-3vqt: Crystal structure analysis of the translation factor RF3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vqt

タイトル

Crystal structure analysis of the translation factor RF3

要素

Peptide chain release factor 3

キーワード

TRANSLATION / release factor / GTPase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / translation release factor activity, codon nonspecific / GTPase activity / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kihira, K. / Shomura, Y. / Shibata, N. / Kitamura, M. / Higuchi, Y.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure analysis of the translation factor RF3 (release factor 3)
著者: Kihira, K. / Shimizu, Y. / Shomura, Y. / Shibata, N. / Kitamura, M. / Nakagawa, A. / Ueda, T. / Ochi, K. / Higuchi, Y.

履歴

登録	2012年3月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月31日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vqt.cif.gz	816.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vqt.ent.gz	674.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vqt_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vqt_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3vqt_validation.xml.gz	79.8 KB	表示
CIF形式データ	3vqt_validation.cif.gz	113.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/3vqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/3vqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vr1C 2h5eS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vr1-4 3vr1-3 3vr1-1 6ikm-5 6wpc-1 5jzj-d 6ikm-9 3vr1-2 6ikm-8 4cw0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (7) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (7) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (4) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (6) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Peptide chain release factor 3

B: Peptide chain release factor 3

C: Peptide chain release factor 3

D: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

247 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

A: Peptide chain release factor 3

B: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

C: Peptide chain release factor 3

D: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.387, 82.795, 148.293
Angle α, β, γ (deg.)	104.210, 89.780, 89.630
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Peptide chain release factor 3 / RF-3 分子量: 61370.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) 株: Miyazaki F / 遺伝子: DvMF_2372, prfC / プラスミド: pUT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8DIL5
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 967 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG 8000, 0.2M calcium acetate, 0.1M sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月10日

放射

モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator , Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.52→50 Å / Num. all: 336322 / Num. obs: 244843 / % possible obs: 72.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Χ²: 2.425 / Net I/σ(I): 12.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
1.52-1.57	1	4709	1.43	1	14
1.57-1.64	1.2	11010	1.221	1	32.7	0.769
1.64-1.71	1.5	16986	1.053	1	50.6	0.52
1.71-1.8	1.7	23218	1.003	1	69	0.386
1.8-1.92	1.8	28800	1.074	1	85.6	0.271
1.92-2.06	1.9	31518	1.291	1	93.6	0.163
2.06-2.27	1.9	32037	1.716	1	95.3	0.105
2.27-2.6	2	32300	2.377	1	96	0.076
2.6-3.27	2	32271	3.53	1	96	0.052
3.27-50	2	31994	5.259	1	95	0.037

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2h5e

2h5e

解像度: 1.8→33.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.739 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.124
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2178	9597	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1769	-	-	-
obs	0.179	189405	93.54 %	-
all	-	202485	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.68 Å² / B_iso mean: 32.1961 Å² / B_iso min: 13.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0.02 Å²	-0.02 Å²
2-	-	0.07 Å²	0.15 Å²
3-	-	-	0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15528	0	112	967	16607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	15966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.926	1.969	21614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.927	5	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.517	23.408	763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.461	15	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.885	15	139
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.153	0.2	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	12157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.263	1.5	9789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.117	2	15765
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.342	3	6177
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.277	4.5	5849

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	628	-
R_work	0.232	11560	-
all	-	12188	-
obs	-	-	81.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8134	0.0789	-0.2989	2.3732	0.1977	2.0327	-0.0073	-0.0668	-0.0364	0.2112	0.0214	-0.2731	-0.0573	0.213	-0.0141	0.0178	0.0025	-0.0163	0.0433	-0.0189	0.0578	-16.48	16.059	28.691
2	1.0922	-0.1431	-0.2928	1.6179	0.2464	1.8544	0.0468	0.1732	-0.0144	-0.3025	-0.0077	-0.175	0.0267	0.0673	-0.0391	0.0566	0.0122	0.0425	0.0443	-0.032	0.064	-18.485	8.631	8.061
3	0.8962	-0.1362	-0.7212	1.131	0.792	2.651	0.0198	-0.1585	-0.0076	0.124	-0.0102	-0.0533	-0.0701	0.0808	-0.0097	0.0186	-0.0009	-0.0018	0.028	-0.0071	0.0443	-25	19.336	34.061
4	2.8964	-0.8018	1.0749	2.1517	-0.5744	2.8538	0.0497	-0.1479	-0.0381	-0.0435	-0.0267	0.159	0.0496	-0.1239	-0.023	0.0159	0.0071	0.0069	0.0279	-0.0129	0.0057	-29.364	-8.298	45.72
5	0.8787	-0.1531	0.6704	1.1182	-0.1658	2.8181	-0.0729	0.1306	0.0339	-0.1435	-0.0535	-0.1826	-0.2214	0.2437	0.1264	0.0512	-0.0151	0.0069	0.0231	0.0118	0.0277	-18.697	-30.76	14.941
6	1.9122	-1.2417	0.6699	2.0081	-1.175	3.3396	-0.3037	-0.2295	0.0034	0.3292	0.0596	-0.2481	-0.3694	0.2534	0.244	0.114	-0.001	-0.0664	0.0514	0.0147	0.0571	-13.729	-29.92	37.217
7	0.6453	-0.1975	0.8022	1.0167	-0.3836	2.5552	0.0486	0.0744	-0.0401	-0.1569	-0.0212	0.0249	0.2191	-0.0298	-0.0275	0.043	-0.0033	0.0154	0.0238	-0.0116	0.0258	-27.151	-36.946	8.972
8	2.6983	0.2611	-0.5273	1.8831	0.124	2.2023	0.0534	0.1204	0.1174	-0.1202	-0.0549	0.0279	-0.1062	0.0197	0.0015	0.0123	0.0158	-0.0012	0.0202	-0.0161	0.0109	-33.502	-10.089	-2.672
9	0.8631	0.1218	0.6761	1.8239	0.4133	2.6344	-0.0632	-0.1344	0.0629	0.1129	-0.0964	0.2309	-0.1795	-0.2777	0.1596	0.0212	0.0162	0.0045	0.0369	-0.0389	0.0354	-6.696	-35.872	-47.049
10	2.4626	1.4093	0.799	1.9272	1.1606	2.9846	-0.3456	0.2488	0.0451	-0.3928	0.0884	0.2653	-0.3712	-0.2402	0.2572	0.1913	0.0089	-0.0793	0.093	-0.0267	0.1281	-11.642	-34.835	-69.429
11	0.8712	0.2365	0.842	1.3614	0.2159	2.668	0.052	-0.1041	-0.0119	0.1737	-0.047	-0.0307	0.1942	-0.0166	-0.005	0.0461	-0.0045	0.0234	0.0372	-0.0263	0.0548	1.735	-42.826	-41.488
12	2.7149	0.0093	-0.6093	1.6797	-0.0477	2.435	0.013	-0.1214	0.0067	0.0414	-0.0566	-0.0461	-0.0298	-0.0226	0.0436	0.0008	-0.0103	0.0097	0.0196	-0.013	-0.0025	8.75	-15.344	-29.89
13	0.9242	0.0262	-0.2872	1.4473	-0.1534	1.6467	-0.0263	0.0807	0.0144	-0.1713	0.0128	0.2128	-0.0722	-0.1779	0.0135	0.0374	-0.0107	-0.0071	0.0733	-0.0118	0.075	-8.153	11.071	-60.976
14	0.7259	0.1777	-0.2489	1.4911	-0.4953	1.926	-0.0046	-0.0873	-0.0592	0.2139	-0.0107	0.1465	0.0178	-0.0573	0.0153	0.0268	-0.005	0.0345	0.0372	-0.0023	0.0381	-4.77	5.765	-42.689
15	1.5733	0.1315	-0.4306	1.848	-0.4727	2.3431	0.0068	0.3051	0.0223	-0.3054	0.0119	0.1199	-0.0261	-0.1743	-0.0187	0.0565	-0.0022	-0.0208	0.077	0.0016	0.0076	0.1	15.533	-77.176
16	2.8698	0.8965	1.1579	2.2553	0.4155	2.8549	0.1006	0.1659	-0.0893	0.0593	-0.0551	-0.208	0.1237	0.1163	-0.0455	0.0173	-0.0062	0.0013	0.0203	-0.0046	0.0096	4.111	-13.989	-78.271

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	113 - 228
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	229 - 388
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	389 - 529
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	151 - 224
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	225 - 394
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	395 - 528
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 150
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	151 - 224
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	225 - 390
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	391 - 529
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	2 - 112
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	113 - 280
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	281 - 392
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	393 - 528

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)