+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vqk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Small heat shock protein hsp14.0 of wild type | ||||||
![]() | Small heat shock protein StHsp14.0 | ||||||
![]() | CHAPERONE / alpha-crystallin domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / response to salt stress / response to hydrogen peroxide / unfolded protein binding / protein folding / protein complex oligomerization / response to heat 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hanazono, Y. / Takeda, K. / Miki, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies on the oligomeric transition of a small heat shock protein, StHsp14.0 著者: Hanazono, Y. / Takeda, K. / Yohda, M. / Miki, K. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 110.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14064.229 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10% PEG2000MME, 4% glycerol, 4% sucrose, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月16日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.5→50 Å / Num. obs: 4122 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 42.6 |
反射 シェル | 解像度: 4.5→4.66 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 350 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 76.1 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3AAB 解像度: 4.5→37.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Data cutoff high absF: 4571134.27 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 189.635 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 278.2 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.5→37.13 Å
| |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 4.5→4.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.102 / Total num. of bins used: 6
| |||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|