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- PDB-3vqk: Small heat shock protein hsp14.0 of wild type -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vqk
タイトルSmall heat shock protein hsp14.0 of wild type
要素Small heat shock protein StHsp14.0
キーワードCHAPERONE / alpha-crystallin domain
機能・相同性Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Small heat shock protein StHsp14.0
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Hanazono, Y. / Takeda, K. / Miki, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural studies on the oligomeric transition of a small heat shock protein, StHsp14.0
著者: Hanazono, Y. / Takeda, K. / Yohda, M. / Miki, K.
履歴
登録2012年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Small heat shock protein StHsp14.0
B: Small heat shock protein StHsp14.0
C: Small heat shock protein StHsp14.0
D: Small heat shock protein StHsp14.0
E: Small heat shock protein StHsp14.0
F: Small heat shock protein StHsp14.0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3856
ポリマ－84,3856
非ポリマー00
水00
1
A: Small heat shock protein StHsp14.0
B: Small heat shock protein StHsp14.0
C: Small heat shock protein StHsp14.0
D: Small heat shock protein StHsp14.0
E: Small heat shock protein StHsp14.0
F: Small heat shock protein StHsp14.0

A: Small heat shock protein StHsp14.0
B: Small heat shock protein StHsp14.0
C: Small heat shock protein StHsp14.0
D: Small heat shock protein StHsp14.0
E: Small heat shock protein StHsp14.0
F: Small heat shock protein StHsp14.0

A: Small heat shock protein StHsp14.0
B: Small heat shock protein StHsp14.0
C: Small heat shock protein StHsp14.0
D: Small heat shock protein StHsp14.0
E: Small heat shock protein StHsp14.0
F: Small heat shock protein StHsp14.0

A: Small heat shock protein StHsp14.0
B: Small heat shock protein StHsp14.0
C: Small heat shock protein StHsp14.0
D: Small heat shock protein StHsp14.0
E: Small heat shock protein StHsp14.0
F: Small heat shock protein StHsp14.0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,54124
ポリマ－337,54124
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area64420 Å2
ΔGint-271 kcal/mol
Surface area129350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.428, 117.428, 115.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質
Small heat shock protein StHsp14.0


分子量: 14064.229 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: 7 / 遺伝子: hsp14.0, ST1653 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q970D9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% PEG2000MME, 4% glycerol, 4% sucrose, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月16日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→50 Å / Num. obs: 4122 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 42.6
反射 シェル解像度: 4.5→4.66 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 350 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 76.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AAB

3aab


解像度: 4.5→37.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Data cutoff high absF: 4571134.27 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.404 216 5.2 %RANDOM
Rwork0.333 ---
obs0.34 4119 87.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 189.635 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 278.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å20 Å20 Å2
2---1.56 Å20 Å2
3---3.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error1.08 Å1.09 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-1.76 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→37.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5124 0 0 0 5124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 4.5→4.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.102 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5 24 4.1 %
Rwork0.501 561 -
all-585 -
obs--74.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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