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万見
- PDB-3vq1: Crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid IVa complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vq1
タイトルCrystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid IVa complex
要素
  • Lymphocyte antigen 96
  • Toll-like receptor 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / Leucine rich repeat MD-2 related lipid recognition / receptor innate immunity / lipid binding / glycosylation / secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


MyD88-independent TLR4 cascade / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Heme signaling / nitric oxide production involved in inflammatory response / Regulation of TLR by endogenous ligand / TRIF-mediated programmed cell death / MHC class II biosynthetic process / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex ...MyD88-independent TLR4 cascade / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Heme signaling / nitric oxide production involved in inflammatory response / Regulation of TLR by endogenous ligand / TRIF-mediated programmed cell death / MHC class II biosynthetic process / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / lipopolysaccharide immune receptor activity / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Toll-like receptor 4 binding / mast cell activation / lipopolysaccharide receptor complex / detection of lipopolysaccharide / positive regulation of lymphocyte proliferation / regulation of dendritic cell cytokine production / negative regulation of interleukin-23 production / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / lymphocyte proliferation / wound healing involved in inflammatory response / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / intestinal epithelial structure maintenance / positive regulation of interleukin-1 production / positive regulation of interleukin-13 production / macrophage activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / astrocyte development / microglia differentiation / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of macrophage activation / positive regulation of platelet activation / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of macrophage cytokine production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to lipoteichoic acid / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / B cell proliferation / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / phagocytosis / phagocytic cup / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of chemokine production / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / JNK cascade / ruffle / neurogenesis / positive regulation of B cell proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of interleukin-12 production / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of JNK cascade / response to bacterium / lipopolysaccharide binding / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / defense response to Gram-negative bacterium
類似検索 - 分子機能
Lymphocyte antigen 96 / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Toll-like receptor / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) ...Lymphocyte antigen 96 / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Toll-like receptor / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Alpha-Beta Horseshoe / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LP4 / Chem-LP5 / Lymphocyte antigen 96 / Toll-like receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ohto, U. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis of species-specific endotoxin sensing by innate immune receptor TLR4/MD-2
著者: Ohto, U. / Fukase, K. / Miyake, K. / Shimizu, T.
履歴
登録2012年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 4
C: Lymphocyte antigen 96
B: Toll-like receptor 4
D: Lymphocyte antigen 96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,24613
ポリマ－170,6824
非ポリマー4,5639
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15610 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area60800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.160, 150.519, 181.847
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Toll-like receptor 4 / TLR4


分子量: 68713.336 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-627 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tlr4 / Cell (発現宿主): S2 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: Q9QUK6
#2: タンパク質 Lymphocyte antigen 96 / Ly-96 / ESOP-1 / Protein MD-2


分子量: 16627.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Md2 / Cell (発現宿主): S2 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: Q9JHF9

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糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 41分子

#5: 化合物 ChemComp-LP4 / 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose


分子量: 711.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H66NO12P
#6: 化合物 ChemComp-LP5 / (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE / 脂質X


分子量: 711.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H66NO12P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG4000, 0.2M Na acetate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→116 Å / Num. obs: 54275 / Rsym value: 0.147

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z64

2z64


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 27.394 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.947 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27743 2877 5 %RANDOM
Rwork0.23427 ---
obs0.23645 54275 96.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.119 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å2-0 Å20 Å2
2---1.25 Å20 Å2
3---3.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11682 0 298 37 12017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0212396
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4241.98216788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.742372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.30651468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.67724.982554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.569152096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4761536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21949
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219099
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.697→2.767 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 200 -
Rwork0.32 3678 -
obs--95.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1650.12010.03660.2250.01090.01540.0273-0.044-0.01710.0132-0.0222-0.0006-0.0145-0.0095-0.00510.0857-0.00690.00310.12550.02680.109714.745318.194229.5376
20.55770.19730.24940.40340.11270.28730.0631-0.03630.05660.008-0.16230.0792-0.0268-0.01040.09920.0690.01310.01380.1045-0.05840.1431-1.245135.09520.3753
30.0811-0.0341-0.06510.1196-0.01250.09040.0222-0.0187-0.0048-0.0898-0.02920.02830.0038-0.00810.0070.11070.0275-0.01330.10290.02010.1211-7.2332-4.428-13.5706
40.4041-0.19560.09840.20830.07140.740.06140.0314-0.0033-0.0141-0.0775-0.03260.1727-0.02750.0160.18170.00590.02030.03190.0140.11019.2528-20.9925-4.8714
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 625
2X-RAY DIFFRACTION2C21 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3B27 - 625
4X-RAY DIFFRACTION4D21 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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